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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hdl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ASFV trans geranylgeranyl diphosphate synthase B318L | ||||||
要素 | Trans-prenyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / ASFV | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 geranylfarnesyl diphosphate synthase activity / geranylgeranyl diphosphate biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate synthase / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / farnesyltranstransferase activity / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity ...geranylfarnesyl diphosphate synthase activity / geranylgeranyl diphosphate biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate synthase / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / farnesyltranstransferase activity / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / host cell endoplasmic reticulum / host cell membrane / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.198 Å | ||||||
データ登録者 | Zhao, H.F. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023 タイトル: Exploring AlphaFold2's Performance on Predicting Amino Acid Side-Chain Conformations and Its Utility in Crystal Structure Determination of B318L Protein. 著者: Zhao, H. / Zhang, H. / She, Z. / Gao, Z. / Wang, Q. / Geng, Z. / Dong, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hdl.cif.gz | 118.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hdl.ent.gz | 91.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hdl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8hdl_validation.pdf.gz | 432.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8hdl_full_validation.pdf.gz | 437.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8hdl_validation.xml.gz | 11.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8hdl_validation.cif.gz | 14.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/8hdl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/8hdl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32329.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) African swine fever virus (strain Badajoz 1971 Vero-adapted) (ウイルス) 遺伝子: Ba71V-074, B318L / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q65164, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -, dimethylallyltranstransferase, geranylgeranyl diphosphate synthase, (2E,6E)- ...参照: UniProt: Q65164, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -, dimethylallyltranstransferase, geranylgeranyl diphosphate synthase, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.57 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 4.3 M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.198→48.21 Å / Num. obs: 6579 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 31.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.297 / Net I/σ(I): 15.6 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.28 Å / Num. unique obs: 472 / CC1/2: 0.718 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: AlphaFold2 解像度: 3.198→48.21 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.34 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.198→48.21 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 11.0849 Å / Origin y: 14.7343 Å / Origin z: -14.278 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |