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万見
- PDB-8hdf: Full length crystal structure of mycobacterium tuberculosis FadD2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hdf
タイトルFull length crystal structure of mycobacterium tuberculosis FadD23 in complex with ANP and PLM
要素Long-chain-fatty-acid--AMP ligase FadD23
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Long-chain-fatty-acid--AMP ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


long-chain fatty acid adenylase/transferase FadD23 / adenylyltransferase activity / sulfolipid biosynthetic process / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / ligase activity / fatty acid biosynthetic process / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fatty acyl-AMP ligase /fatty acyl-CoA ligase / ANL, N-terminal domain / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / PALMITIC ACID / Long-chain-fatty-acid--AMP ligase FadD23
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Yan, M.R. / Liu, X. / Zhang, W. / Rao, Z.H.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81520108019 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32100142 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171259 中国
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2023
タイトル: The Key Roles of Mycobacterium tuberculosis FadD23 C-terminal Domain in Catalytic Mechanisms.
著者: Yan, M. / Cao, L. / Zhao, L. / Zhou, W. / Liu, X. / Zhang, W. / Rao, Z.
履歴
登録2022年11月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Long-chain-fatty-acid--AMP ligase FadD23
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9653
ポリマ－65,2021
非ポリマー7632
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.837, 72.837, 457.908
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Long-chain-fatty-acid--AMP ligase FadD23 / FAAL23 / Long-chain fatty acid adenylyltransferase FadD23 / Long-chain-fatty-acid adenylase/transferase FadD23


分子量: 65202.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
遺伝子: fadD23, Rv3826 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P9WQ47, long-chain fatty acid adenylase/transferase FadD23
#2: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.99 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 70 mM Tris pH 8.5, 140 mM sodium citrate tribasic dihydrate, 140 mM ammonium phosphate monobasic, 35% w/v (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol, and 14% (w/v) polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→50 Å / Num. obs: 36391 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.13 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 21.13
反射 シェル解像度: 2.24→2.38 Å / Num. unique obs: 10499 / CC1/2: 0.865 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.20.1精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 3.0E+53 / 解像度: 2.24→45.41 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2564 1803 4.98 %
Rwork0.2059 --
obs0.2083 36228 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→45.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4115 0 49 70 4234
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084254
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9775803
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.036601
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055671
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006748
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.24-2.30.33511340.2892539X-RAY DIFFRACTION99
2.3-2.370.33871300.27272585X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.450.35261520.26472566X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.530.30551300.25482581X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.630.29971400.25562588X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.750.29151400.24862590X-RAY DIFFRACTION100
2.75-2.90.27821330.25132622X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.080.311390.25492618X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.320.26991460.23492659X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.650.2651420.21192647X-RAY DIFFRACTION100
3.65-4.180.22921290.18292687X-RAY DIFFRACTION100
4.18-5.270.23531340.16012770X-RAY DIFFRACTION100
5.27-45.410.22131540.19162973X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.67660.00540.19961.44180.19322.47750.00130.094-0.1982-0.20930.1185-0.12470.27210.0155-0.0010.3583-0.01550.02730.5496-0.10050.529844.703816.9839215.2789
20.48510.1015-0.17991.2711-0.07310.9417-0.13430.1185-0.084-0.21910.11050.1338-0.0602-0.15910.00020.2724-0.059-0.04460.6706-0.04170.435827.585832.2806216.055
30.6879-0.3747-0.28471.7426-0.16540.848-0.021-0.5490.1556-0.13110.0905-0.1718-0.24250.0540.00050.3267-0.0304-0.01590.565-0.14520.409340.743451.3242222.2754
40.46310.11930.28320.7262-0.42390.4863-0.2638-0.0406-0.15390.5969-0.4137-0.27460.1627-0.1249-0.12310.7232-0.04790.19640.5028-0.1480.519436.999153.2155202.6597
51.39560.2697-0.41311.92030.51111.7856-0.33130.0181-0.03560.6356-0.05260.25030.8289-0.0433-0.00660.73590.01550.16260.45-0.08950.507637.004449.3885192.768
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 179 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 180 through 348 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 349 through 459 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 460 through 496 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 497 through 575 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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