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万見
- PDB-8hdd: Complex structure of catalytic, small, and a partial electron tra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hdd
タイトルComplex structure of catalytic, small, and a partial electron transfer subunits from Burkholderia cepacia FAD glucose dehydrogenase
要素
  • Glucose dehydrogenase
  • Glucose dehydrogenase beta subunit
  • Twin-arginine translocation pathway signal
キーワードOXIDOREDUCTASE / Glucose dehydrogenase / FAD / Burkholderia cepacia / cytochrome c / HEM
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
FAD-containing D-sorbitol dehydrogenase small subunit / Membrane bound FAD containing D-sorbitol dehydrogenase / Membrane-bound alcohol dehydrogenase, cytochrome c subunit / : / : / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain / FAD binding domain / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal ...FAD-containing D-sorbitol dehydrogenase small subunit / Membrane bound FAD containing D-sorbitol dehydrogenase / Membrane-bound alcohol dehydrogenase, cytochrome c subunit / : / : / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain / FAD binding domain / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Twin-arginine translocation pathway signal / Glucose dehydrogenase beta subunit / Glucose dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cepacia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Yoshida, H. / Sode, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Other privateNA (sponsorship research) 日本
引用
ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Microgravity environment grown crystal structure information based engineering of direct electron transfer type glucose dehydrogenase.
著者: Okuda-Shimazaki, J. / Yoshida, H. / Lee, I. / Kojima, K. / Suzuki, N. / Tsugawa, W. / Yamada, M. / Inaka, K. / Tanaka, H. / Sode, K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: X-ray structure of the direct electron transfer-type FAD glucose dehydrogenase catalytic subunit complexed with a hitchhiker protein.
著者: Yoshida, H. / Kojima, K. / Shiota, M. / Yoshimatsu, K. / Yamazaki, T. / Ferri, S. / Tsugawa, W. / Kamitori, S. / Sode, K.
履歴
登録2022年11月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucose dehydrogenase
B: Glucose dehydrogenase beta subunit
C: Twin-arginine translocation pathway signal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,4566
ポリマ－124,7583
非ポリマー1,6983
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9770 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area27890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)204.015, 71.797, 114.221
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Glucose dehydrogenase


分子量: 59906.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GB:AAN39686.1
由来: (組換発現) Burkholderia cepacia (バクテリア)
遺伝子: gdhAlpha / プラスミド: pTrc99A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8GQE7, EC: 1.1.5.9
#2: タンパク質 Glucose dehydrogenase beta subunit


分子量: 51796.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GB:AAQ06608.1
由来: (組換発現) Burkholderia cepacia (バクテリア)
プラスミド: plasmid / 詳細 (発現宿主): pTrc99A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q71JE9
#3: タンパク質 Twin-arginine translocation pathway signal


分子量: 13053.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GB:CAZ78686.1
由来: (組換発現) Burkholderia cepacia (バクテリア)
遺伝子: BMULJ_04411 / プラスミド: plasmid / 詳細 (発現宿主): pTrc99A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3KLY3

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非ポリマー , 3種, 3分子

#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: counter-diffusion / pH: 5.6 / 詳細: tacsimate, PEG 3350, DDM, sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 34334 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Rrim(I) all: 0.179 / Net I/σ(I): 10.34
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
3-3.080.73224430.9610.7911
3.08-3.160.64624630.9650.6981
3.16-3.250.50323760.9740.5441
3.25-3.350.40722800.9840.441
3.35-3.460.33322670.9870.3611
3.46-3.590.25821600.9920.2811
3.59-3.720.2220770.9920.2411
3.72-3.870.21320230.9940.231
3.87-4.050.15519360.9970.1671
4.05-4.240.13118920.9980.1421
4.24-4.470.11617630.9980.1261
4.47-4.740.09716780.9980.1051
4.74-5.070.10815890.9970.1171
5.07-5.480.10314840.9970.1141
5.48-60.11213860.9980.1211
6-6.710.10412450.9970.1131
6.71-7.750.07311060.9980.081
7.75-9.490.059670.9990.0541
9.49-13.420.0337520.9990.0361
13.42-500.0344710.0331

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
REFMAC5.8.0258精密化
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6A2U

6a2u


解像度: 3→49.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 94.265 / SU ML: 0.633 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.425 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32335 1725 5 %RANDOM
Rwork0.27531 ---
obs0.27778 32619 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 74.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.01 Å2-0 Å2-0 Å2
2---5.86 Å20 Å2
3---12.87 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3→49.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5935 0 103 0 6038
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0136202
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0175679
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1351.6678450
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0211.58213190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.155765
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.24522.182307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.74315989
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.431540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0280.2800
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.026963
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021271
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.937.983069
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.937.983068
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.80811.9613831
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.80811.9613832
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.458.0623133
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.448.0623131
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.93712.0324613
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.18295.9637427
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.18395.9657428
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.352311881
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.495 116 -
Rwork0.415 2327 -
obs--99.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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