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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hd7 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | The intermediate pre-Tet-S1 state of G264A mutated Tetrahymena group I intron with 6nt 3'/5'-exon and 2-aminopurine nucleoside | ||||||||||||||||||||||||
![]() | The intermediate pre-Tet-S1 state molecule of co-transcriptional folded G264A mutant Tetrahymena group I intron with 6nt 3'/5'-exon and 2-aminopurine nucleoside | ||||||||||||||||||||||||
![]() | RNA / Catalytic RNA / G264A mutated Tetrahymena group I intron | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | SPERMIDINE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)![]() | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.52 Å | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Luo, B. / Zhang, C. / Ling, X. / Mukherjee, S. / Jia, G. / Xie, J. / Jia, X. / Liu, L. / Baulin, E.F. / Luo, Y. ...Luo, B. / Zhang, C. / Ling, X. / Mukherjee, S. / Jia, G. / Xie, J. / Jia, X. / Liu, L. / Baulin, E.F. / Luo, Y. / Jiang, L. / Dong, H. / Wei, X. / Bujnicki, J.M. / Su, Z. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM reveals dynamics of Tetrahymena group I intron self-splicing 著者: Luo, B. / Zhang, C. / Ling, X. / Mukherjee, S. / Jia, G. / Xie, J. / Jia, X. / Liu, L. / Baulin, E.F. / Luo, Y. / Jiang, L. / Dong, H. / Wei, X. / Bujnicki, J.M. / Su, Z. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 210.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 154.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 34671MC ![]() 7xd3C ![]() 7xd4C ![]() 7xd5C ![]() 7xd6C ![]() 7xd7C ![]() 8hd6C ![]() 8i7nC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 135155.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: GenBank: JN547815 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-SPD / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-MG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Co-transcriptional folded G264A mutated Tetrahymena group I intron with 6-nt 3'/5'-exon and 2-aminopurine nucleoside タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 165000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最低温度: 79.3 K |
撮影 | 電子線照射量: 55 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 30 / 利用したフレーム数/画像: 1-30 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 4012136 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 111196 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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