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万見
- PDB-8hd5: The crystal structure of Hu protein in Staphylococcus aureus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hd5
タイトルThe crystal structure of Hu protein in Staphylococcus aureus
要素DNA-binding protein HU
キーワードDNA BINDING PROTEIN / protein structure / bacterial protein
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome condensation / structural constituent of chromatin / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Histone-like DNA-binding protein, conserved site / Bacterial histone-like DNA-binding proteins signature. / Histone-like DNA-binding protein / Bacterial DNA-binding protein / bacterial (prokaryotic) histone like domain / Integration host factor (IHF)-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding protein HU
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Liu, Y.H. / Chen, H. / Li, Y. / Liu, B.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences2020M682420 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of Hu protein in Staphylococcus aureus
著者: Liu, Y.H. / Li, Y. / Liu, B.
履歴
登録2022年11月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02025年8月20日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / atom_type / cell / entity / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_contact_author / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / software
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _cell.angle_beta ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _cell.angle_beta / _cell.volume / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id / _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_starting_model / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.number_obs / _software.version
解説: Atomic clashes / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding protein HU
C: DNA-binding protein HU
B: DNA-binding protein HU
D: DNA-binding protein HU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5684
ポリマ－38,5684
非ポリマー00
水1,53185
1
A: DNA-binding protein HU
C: DNA-binding protein HU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2842
ポリマ－19,2842
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3820 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area10890 Å2
手法PISA
2
B: DNA-binding protein HU
D: DNA-binding protein HU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2842
ポリマ－19,2842
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area10780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.427, 82.369, 61.633
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.157, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
DNA-binding protein HU


分子量: 9642.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: hup, SAV1473
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpGUT1 (その他)
参照: UniProt: Q99U17
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.82 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1M MES, 15% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→29.19 Å / Num. obs: 22354 / % possible obs: 97.95 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 41.23 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.62
反射 シェル解像度: 2.14→2.22 Å / Num. unique obs: 2190 / CC1/2: 0.819

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.14→29.19 Å / SU ML: 0.229 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.9788
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2526 1090 4.89 %
Rwork0.2033 21220 -
obs0.2056 22310 98.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→29.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2704 0 0 85 2789
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00732728
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88423648
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0478412
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051484
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.43911720
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.14-2.240.27731570.26722601X-RAY DIFFRACTION97.39
2.24-2.360.25571080.24192632X-RAY DIFFRACTION97.2
2.36-2.510.24541320.2272637X-RAY DIFFRACTION97.84
2.51-2.70.2841550.22882618X-RAY DIFFRACTION97.88
2.7-2.970.29921350.25052679X-RAY DIFFRACTION98.39
2.97-3.40.27811490.22272651X-RAY DIFFRACTION98.66
3.4-4.280.24081340.18962672X-RAY DIFFRACTION98.46
4.28-100.21921200.16852730X-RAY DIFFRACTION98.21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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