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- PDB-8hcu: Crystal structure of BCOR/PCGF1/KDM2B complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hcu
タイトルCrystal structure of BCOR/PCGF1/KDM2B complex
要素
  • BCL-6 corepressor
  • Polycomb group RING finger protein 1
  • cDNA FLJ55590, highly similar to JmjC domain-containing histone demethylation protein 1B
キーワードTRANSCRIPTION / complex / PRC1
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tooth mineralization / BCOR complex / specification of axis polarity / PRC1 complex / blastocyst hatching / negative regulation of bone mineralization / PcG protein complex / unmethylated CpG binding / odontogenesis / roof of mouth development ...negative regulation of tooth mineralization / BCOR complex / specification of axis polarity / PRC1 complex / blastocyst hatching / negative regulation of bone mineralization / PcG protein complex / unmethylated CpG binding / odontogenesis / roof of mouth development / heat shock protein binding / promoter-specific chromatin binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / histone deacetylase binding / transcription corepressor activity / heart development / DNA-binding transcription factor binding / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
BCL-6 corepressor, non-ankyrin-repeat domain / BCL-6 co-repressor, non-ankyrin-repeat region / BCL-6 corepressor, PCGF1 binding domain / PCGF Ub-like fold discriminator superfamily / : / BCORL-PCGF1-binding domain / PHD-finger / RAWUL domain / RAWUL domain RING finger- and WD40-associated ubiquitin-like / F-box domain ...BCL-6 corepressor, non-ankyrin-repeat domain / BCL-6 co-repressor, non-ankyrin-repeat region / BCL-6 corepressor, PCGF1 binding domain / PCGF Ub-like fold discriminator superfamily / : / BCORL-PCGF1-binding domain / PHD-finger / RAWUL domain / RAWUL domain RING finger- and WD40-associated ubiquitin-like / F-box domain / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile. / F-box domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / Leucine-rich repeat domain superfamily / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / cDNA FLJ55590, highly similar to JmjC domain-containing histone demethylation protein 1B / BCL-6 corepressor / Polycomb group RING finger protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Shen, F. / Chen, R. / Xu, J. / Liu, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Basic Research Program of China (973 Program)2017YFA0504104 中国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of BCOR/PCGF1/KDM2B complex
著者: Shen, F. / Chen, R. / Xu, J. / Liu, J.
履歴
登録2022年11月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cDNA FLJ55590, highly similar to JmjC domain-containing histone demethylation protein 1B
B: Polycomb group RING finger protein 1
C: BCL-6 corepressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3235
ポリマ－55,2033
非ポリマー1202
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.291, 67.291, 252.035
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 cDNA FLJ55590, highly similar to JmjC domain-containing histone demethylation protein 1B


分子量: 26469.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B4DSN4
#2: タンパク質 Polycomb group RING finger protein 1 / Nervous system Polycomb-1 / NSPc1 / RING finger protein 68


分子量: 12636.700 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCGF1, NSPC1, RNF68 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BSM1
#3: タンパク質 BCL-6 corepressor / BCoR


分子量: 16096.708 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCOR, KIAA1575 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6W2J9
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 % / Mosaicity: 0.14 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.2
詳細: 0.1M magnesium acetate, 0.1M sodium citrate pH6.2, 4% PEG5000MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→126.02 Å / Num. obs: 30637 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.122 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 421860
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 1.218 / Num. measured all: 37997 / Num. unique obs: 2605 / CC1/2: 0.936 / Rpim(I) all: 0.329 / Rrim(I) all: 1.262 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I) obs: 2.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0415精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JH5, 4HPL

5jh5

4hpl


解像度: 2.2→65.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 15.499 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.222 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2384 1522 5 %RANDOM
Rwork0.20023 ---
obs0.20214 29020 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 65.831 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.79 Å20 Å20 Å2
2--2.79 Å20 Å2
3----5.58 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→65.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3522 0 8 62 3592
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0123594
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163500
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1691.6444864
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3821.5758053
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1265433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.533529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.31410663
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.2563
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024193
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02823
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6014.4231749
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5894.4191747
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8457.9332175
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8477.9352176
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5344.8951845
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5334.8961846
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.5118.8182690
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.17543.233850
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.17743.243851
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 124 -
Rwork0.308 2104 -
obs--99.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.380.7420.23431.5265-0.16733.8181-0.03230.08980.05720.02380.0137-0.1406-0.06920.58960.01860.0242-0.0133-0.00190.1014-0.01170.035426.76481.651513.2679
23.5216-0.6471-0.1265.49550.5786.63810.02470.29520.3379-0.39340.01470.0068-0.6583-0.2207-0.03940.1425-0.03910.04120.1137-0.03810.0946-7.7802-33.723720.7636
31.3396-1.58220.55264.1705-0.53693.4686-0.0873-0.08960.05940.19870.12480.0044-0.0859-0.2232-0.03750.0421-0.0410.03870.1061-0.04540.0883-0.9816-51.637216.0674
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1102 - 1335
2X-RAY DIFFRACTION2B162 - 254
3X-RAY DIFFRACTION3C1619 - 1746

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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