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万見
- PDB-8hco: Substrate-engaged TOM complex from yeast -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hco
タイトルSubstrate-engaged TOM complex from yeast
要素
  • (Mitochondrial import receptor subunit ...) x 5
  • sfGFP
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Mitochondrial protein import (ミトコンドリア) / TOM / protein translocation
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial outer membrane translocase complex assembly / mitochondrial outer membrane translocase complex / protein transmembrane transport / protein import into mitochondrial matrix / protein targeting to mitochondrion / protein insertion into mitochondrial outer membrane / porin activity / pore complex / protein transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport ...mitochondrial outer membrane translocase complex assembly / mitochondrial outer membrane translocase complex / protein transmembrane transport / protein import into mitochondrial matrix / protein targeting to mitochondrion / protein insertion into mitochondrial outer membrane / porin activity / pore complex / protein transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / ミトコンドリア / mitochondrial outer membrane / ミトコンドリア / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial import receptor subunit Tom6 / Mitochondrial import receptor subunit Tom22, fungi / Mitochondrial import receptor subunit Tom6, fungal / Mitochondrial import receptor subunit Tom40, fungi / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / Mitochondrial import receptor subunit TOM7 / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / TOM7 family / Mitochondrial outer membrane translocase complex, subunit Tom5 / Mitochondrial import receptor subunit or translocase ...Mitochondrial import receptor subunit Tom6 / Mitochondrial import receptor subunit Tom22, fungi / Mitochondrial import receptor subunit Tom6, fungal / Mitochondrial import receptor subunit Tom40, fungi / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / Mitochondrial import receptor subunit TOM7 / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / TOM7 family / Mitochondrial outer membrane translocase complex, subunit Tom5 / Mitochondrial import receptor subunit or translocase / Tom40 / Eukaryotic porin/Tom40 / Eukaryotic porin / Porin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial import receptor subunit TOM40 / Mitochondrial import receptor subunit TOM6 / Mitochondrial import receptor subunit TOM22 / Mitochondrial import receptor subunit TOM7 / Mitochondrial import receptor subunit TOM5
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Zhou, X.Y. / Yang, Y.Q. / Wang, G.P. / Wang, S.S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870835 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Molecular pathway of mitochondrial preprotein import through the TOM-TIM23 supercomplex.
著者: Xueyin Zhou / Yuqi Yang / Guopeng Wang / Shanshan Wang / Dongjie Sun / Xiaomin Ou / Yuke Lian / Long Li /
要旨: Over half of mitochondrial proteins are imported from the cytosol via the pre-sequence pathway, controlled by the TOM complex in the outer membrane and the TIM23 complex in the inner membrane. The ...Over half of mitochondrial proteins are imported from the cytosol via the pre-sequence pathway, controlled by the TOM complex in the outer membrane and the TIM23 complex in the inner membrane. The mechanisms through which proteins are translocated via the TOM and TIM23 complexes remain unclear. Here we report the assembly of the active TOM-TIM23 supercomplex of Saccharomyces cerevisiae with translocating polypeptide substrates. Electron cryo-microscopy analyses reveal that the polypeptide substrates pass the TOM complex through the center of a Tom40 subunit, interacting with a glutamine-rich region. Structural and biochemical analyses show that the TIM23 complex contains a heterotrimer of the subunits Tim23, Tim17 and Mgr2. The polypeptide substrates are shielded from lipids by Mgr2 and Tim17, which creates a translocation pathway characterized by a negatively charged entrance and a central hydrophobic region. These findings reveal an unexpected pre-sequence pathway through the TOM-TIM23 supercomplex spanning the double membranes of mitochondria.
履歴
登録2022年11月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12023年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial import receptor subunit TOM40
B: Mitochondrial import receptor subunit TOM22
C: Mitochondrial import receptor subunit TOM5
D: Mitochondrial import receptor subunit TOM6
E: Mitochondrial import receptor subunit TOM7
G: sfGFP
I: Mitochondrial import receptor subunit TOM40
J: Mitochondrial import receptor subunit TOM22
K: Mitochondrial import receptor subunit TOM5
L: Mitochondrial import receptor subunit TOM6
M: Mitochondrial import receptor subunit TOM7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,82211
ポリマ－217,82211
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Mitochondrial import receptor subunit ... , 5種, 10分子 AIBJCKDLEM

#1: タンパク質 Mitochondrial import receptor subunit TOM40


分子量: 42071.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P23644
#2: タンパク質 Mitochondrial import receptor subunit TOM22 / Mitochondrial 17 kDa assembly protein / Mitochondrial 22 kDa outer membrane protein / Protein MAS17 ...Mitochondrial 17 kDa assembly protein / Mitochondrial 22 kDa outer membrane protein / Protein MAS17 / Translocase of outer membrane 22 kDa subunit


分子量: 16801.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P49334
#3: タンパク質・ペプチド Mitochondrial import receptor subunit TOM5 / Translocase of outer membrane 5 kDa subunit


分子量: 5993.924 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P80967
#4: タンパク質 Mitochondrial import receptor subunit TOM6 / Mitochondrial import site protein ISP6 / Translocase of outer membrane 6 kDa subunit


分子量: 6410.460 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33448
#5: タンパク質 Mitochondrial import receptor subunit TOM7


分子量: 6876.955 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P53507

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タンパク質 , 1種, 1分子 G

#6: タンパク質 sfGFP


分子量: 61514.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Substrate-engaged TOM complex from yeast / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: EPU / バージョン: 2.12.1.2782REL / カテゴリ: 画像取得
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 103262 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0067706
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.9210464
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.8552732
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0571183
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0081344

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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