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- PDB-8hcm: zebrafish IRF-11 DBD complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hcm
タイトルzebrafish IRF-11 DBD complex with DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*C)-3')
  • Interferon regulatory factor
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / zebrafish / IRF / DBD / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


immune system process / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Interferon regulatory factor-1/2 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / Interferon regulatory factor DNA-binding domain / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Interferon regulatory factor
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Wang, Z.X. / Zhang, Y.A. / Ouyang, S.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31725026; 82225028; 82172287 中国
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2024
タイトル: Crystal Structures of DNA-bound Fish IRF10 and IRF11 Reveal the Determinants of IFN Regulation.
著者: Wang, Z.X. / Liu, B. / Xie, H. / Liu, X. / Li, X. / Shi, F. / Ouyang, S. / Zhang, Y.A.
履歴
登録2022年11月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年9月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon regulatory factor
B: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*C)-3')
C: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3373
ポリマ－21,3373
非ポリマー00
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area9990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.118, 61.118, 220.054
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6

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要素

#1: タンパク質 Interferon regulatory factor


分子量: 12778.608 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: irf1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1RLP9
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*AP*AP*AP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*C)-3')


分子量: 4361.880 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*TP*A)-3')


分子量: 4196.739 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.12 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.6 M sodium/potassium phosphate pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 298.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年10月26日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→30.27 Å / Num. obs: 12847 / % possible obs: 94.81 % / 冗長度: 1.6 % / Biso Wilson estimate: 42.74 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 18.29
反射 シェル解像度: 2.59→2.69 Å / Num. unique obs: 614 / CC1/2: 0.926

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158位相決定
PHENIX1.19.2_4158精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IRF

2irf


解像度: 2.59→30.27 Å / SU ML: 0.344 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.8553
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2742 1295 10.09 %
Rwork0.2312 11543 -
obs0.2356 12838 90.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→30.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数839 574 0 6 1419
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111506
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.30022155
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0773229
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0227178
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d33.3591381
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.59-2.70.3955750.2914632X-RAY DIFFRACTION44
2.7-2.820.39581190.38461058X-RAY DIFFRACTION75
2.82-2.970.35191460.30611345X-RAY DIFFRACTION94
2.97-3.160.38461610.28511412X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.40.31281600.24081442X-RAY DIFFRACTION100
3.4-3.740.2391560.21271405X-RAY DIFFRACTION100
3.74-4.280.22541660.19491423X-RAY DIFFRACTION100
4.28-5.390.21741590.19941427X-RAY DIFFRACTION100
5.39-30.270.27591530.21511399X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.362371007350.3497449921861.628830704964.22345525206-1.369726122875.878559342220.410444641858-0.148169157981-0.843140541812-1.039560932790.173488259930.3476806001641.300507406060.00979095306315-0.4556035437130.7803838711670.0491808224841-0.09117923612240.1938243162610.06511370362960.3721414840497.125284403925.368585107698.92947865654
29.37257648706-4.898762295887.298116339817.476882503080.6059519366429.660516190120.446276178842-0.175829819097-0.541361582898-0.3710596971960.3942789812970.8534321732280.983692689986-1.49727692842-0.80917627010.7364704447680.00889403334154-0.2501461415710.5587051178450.3612661136810.565224136045-3.174610855110.82940947835.92079975421
33.233698065762.226057847740.3888417661942.58135031478-2.65161330069.170980155860.1902136506150.741599387169-1.44825977328-1.4697914551-0.281427220197-0.351010290941.940487321970.3945619805-0.1949875127971.377265497220.158523146743-0.05830248261210.493231748636-0.01694818527520.6436360418695.449967049454.80911390589-4.31241571606
40.1420981146290.421591301425-0.1960969797271.34805587262-1.02428333351.495584484780.3969430141630.3154237897770.328248048373-0.5106510818970.2793150999380.816899554731-0.414296183164-0.947586848149-0.1965395585290.8329137048810.4403522553570.05438776386070.2498912042640.3305596411030.5020561206380.21162074438319.51007292647.73576063703
50.354561036244-0.0469537601315-0.279496707930.631010308485-0.5383092049850.8408605477210.268696933894-0.1624643401780.2767080078280.02961899187440.154901277522-0.0414914434687-0.4279938962960.05035832634340.07991137975630.7445295053030.3801733372670.320265597075-0.0119893734463-0.02369967274460.4630250828886.5179158178919.92085198316.1894779144
63.403025770970.109909137657-0.7429371747915.071296804450.8956873819250.3323224690910.2277264775570.3229909074910.477369973747-1.308052345040.22456356673-0.3604179422040.02607857152960.30194219694-0.3987605536911.008108443870.3546490576920.2062601813330.271519903589-0.06489225193210.36673982566314.072567788314.2801568966-1.33566150728
77.06661641682-1.664574853880.4369197975035.19778260982.039888673986.63257777093-0.04295010087080.263808196678-0.259162103831-0.665591410450.31290073005-0.0152332889965-0.01078931742550.0455392113002-0.2533570886660.8420886689250.2411699205490.1343607719540.5422230455740.06835378576480.3210281232089.3352225878913.6338199196-1.32992301264
81.34863530653-0.221661192713-0.1778120728924.36520838098-1.807225144252.894036349690.2372245918710.01469748992771.08789353032-0.0653772025369-0.142320619472-0.512388757722-1.323753125280.3724843293350.2678106054281.18964209901-0.02660155798120.3719042253750.272090846796-0.0515051779170.82829305807512.609376834531.8546995628.8365650227
92.05284803154-2.487833687342.634351789244.22826187688-3.204501727743.689394450040.3489657877890.206163098710.793116793689-0.300518441238-0.101369317788-0.521408084682-1.293503055730.2766907332270.1130814463861.232990880190.01662868867480.3793520680990.3994257141790.0595747780050.66690237640713.383863260628.38493454899.49525080314
100.761627007574-0.927993559038-0.2654103598751.130665918130.3233050816090.0924646031650.137410022917-0.05789730159050.00526992712194-0.2537591518250.1604656026370.280831220524-0.0762826187131-0.102647463744-0.2685192523422.089590441380.6601551727190.6226212031250.9880439939970.4193420872281.75413445218-6.0753760497841.38667238060.838345477187
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 14 )AA1 - 141 - 14
22chain 'A' and (resid 15 through 20 )AA15 - 2015 - 20
33chain 'A' and (resid 21 through 28 )AA21 - 2821 - 28
44chain 'A' and (resid 29 through 57 )AA29 - 5729 - 57
55chain 'A' and (resid 58 through 83 )AA58 - 8358 - 83
66chain 'A' and (resid 84 through 101 )AA84 - 10184 - 93
77chain 'A' and (resid 102 through 108 )AA102 - 10894 - 100
88chain 'B' and (resid 1 through 14 )BB1 - 14
99chain 'C' and (resid 1 through 13 )CC1 - 13
1010chain 'C' and (resid 14 through 14 )CD14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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