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- PDB-8hck: NMR fragment-based screening against the two PDZ do-mains of MDA-9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hck
タイトルNMR fragment-based screening against the two PDZ do-mains of MDA-9
要素Syntenin-1
キーワードCELL INVASION / e.g.MDA-9 / PDZdomain / inhibitor / therapeutic target
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-5 receptor complex / interleukin-5 receptor binding / positive regulation of extracellular exosome assembly / syndecan binding / neurexin family protein binding / Neurofascin interactions / presynapse assembly / cytoskeletal anchor activity / substrate-dependent cell migration, cell extension / positive regulation of exosomal secretion ...interleukin-5 receptor complex / interleukin-5 receptor binding / positive regulation of extracellular exosome assembly / syndecan binding / neurexin family protein binding / Neurofascin interactions / presynapse assembly / cytoskeletal anchor activity / substrate-dependent cell migration, cell extension / positive regulation of exosomal secretion / frizzled binding / negative regulation of receptor internalization / protein targeting to membrane / Ephrin signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / growth factor binding / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of phosphorylation / cell adhesion molecule binding / protein sequestering activity / regulation of mitotic cell cycle / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / ephrin receptor binding / adherens junction / positive regulation of JNK cascade / ionotropic glutamate receptor binding / Regulation of necroptotic cell death / azurophil granule lumen / extracellular vesicle / melanosome / presynapse / actin cytoskeleton organization / positive regulation of cell growth / chemical synaptic transmission / nuclear membrane / Ras protein signal transduction / blood microparticle / cytoskeleton / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / protein heterodimerization activity / membrane raft / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
4-BUTYL-1,2-DIPHENYL-PYRAZOLIDINE-3,5-DIONE / Syntenin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Tang, H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: NMR fragment-based screening against the two PDZ do-mains of MDA-9
著者: Tang, H.
履歴
登録2022年11月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Syntenin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6356
ポリマ－8,9501
非ポリマー6855
水27015
1
A: Syntenin-1
ヘテロ分子

A: Syntenin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,27012
ポリマ－17,9012
非ポリマー1,36910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
Buried area2390 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area10480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.353, 49.353, 75.254
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-214-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Syntenin-1 / Melanoma differentiation-associated protein 9 / MDA-9 / Pro-TGF-alpha cytoplasmic domain- ...Melanoma differentiation-associated protein 9 / MDA-9 / Pro-TGF-alpha cytoplasmic domain-interacting protein 18 / TACIP18 / Scaffold protein Pbp1 / Syndecan-binding protein 1


分子量: 8950.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SDCBP, MDA9, SYCL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00560
#2: 化合物 ChemComp-P1Z / 4-BUTYL-1,2-DIPHENYL-PYRAZOLIDINE-3,5-DIONE / フェニルブタゾン


分子量: 308.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H20N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗炎症剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.95 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: e.g.Cobalt chlonde hexahydrate, MES monohydrate, Ammouium sulfate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→25.59 Å / Num. obs: 7824 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 37.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.535 / Num. unique obs: 504

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1N99

1n99


解像度: 2→25.587 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2644 935 13.89 %
Rwork0.2321 5796 -
obs0.2368 6731 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 75.32 Å2 / Biso mean: 34.8806 Å2 / Biso min: 17.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→25.587 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数615 0 45 15 675
Biso mean--59.7 33.92 -
残基数----81
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008665
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.879891
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05797
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004111
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.968390
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.0001-2.10550.31121230.2401796
2.1055-2.23730.35581210.2485825
2.2373-2.410.27911370.2513801
2.41-2.65230.33371210.2623818
2.6523-3.03550.24991470.2512812
3.0355-3.82240.23821440.2405833
3.8224-250.24681420.2039911

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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