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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hck | ||||||
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タイトル | NMR fragment-based screening against the two PDZ do-mains of MDA-9 | ||||||
![]() | Syntenin-1 | ||||||
![]() | CELL INVASION / e.g.MDA-9 / PDZdomain / inhibitor / therapeutic target | ||||||
機能・相同性 | ![]() interleukin-5 receptor complex / interleukin-5 receptor binding / positive regulation of extracellular exosome assembly / syndecan binding / neurexin family protein binding / Neurofascin interactions / presynapse assembly / cytoskeletal anchor activity / substrate-dependent cell migration, cell extension / positive regulation of exosomal secretion ...interleukin-5 receptor complex / interleukin-5 receptor binding / positive regulation of extracellular exosome assembly / syndecan binding / neurexin family protein binding / Neurofascin interactions / presynapse assembly / cytoskeletal anchor activity / substrate-dependent cell migration, cell extension / positive regulation of exosomal secretion / frizzled binding / negative regulation of receptor internalization / protein targeting to membrane / Ephrin signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / growth factor binding / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of phosphorylation / cell adhesion molecule binding / protein sequestering activity / regulation of mitotic cell cycle / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / ephrin receptor binding / adherens junction / positive regulation of JNK cascade / ionotropic glutamate receptor binding / Regulation of necroptotic cell death / azurophil granule lumen / extracellular vesicle / melanosome / presynapse / actin cytoskeleton organization / positive regulation of cell growth / chemical synaptic transmission / nuclear membrane / Ras protein signal transduction / blood microparticle / cytoskeleton / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / protein heterodimerization activity / membrane raft / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tang, H. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: NMR fragment-based screening against the two PDZ do-mains of MDA-9 著者: Tang, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 31.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 18.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1n99S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8950.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-P1Z / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.95 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: e.g.Cobalt chlonde hexahydrate, MES monohydrate, Ammouium sulfate. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→25.59 Å / Num. obs: 7824 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 37.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.535 / Num. unique obs: 504 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1N99 解像度: 2→25.587 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.5 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 75.32 Å2 / Biso mean: 34.8806 Å2 / Biso min: 17.23 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→25.587 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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