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万見
- PDB-8hci: Crystal structure of a holoenzyme Fe-free TglHI for Pseudomonas s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hci
タイトルCrystal structure of a holoenzyme Fe-free TglHI for Pseudomonas syringae Peptidyl (S) 2-mercaptoglycine biosynthesis
要素
  • DUF692 family protein
  • RiPP Recognition protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Biosynthesis / Complex / FE BINDING PROTEIN / PEPTIDE BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Uncharacterised protein family UPF0276 / RiPP precursor modification enzyme MbnB/TglH/ChrH / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DUF692 family protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas syringae pv. maculicola str. ES4326 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.399 Å
データ登録者Cheng, W. / Zheng, Y.H. / Fu, X.L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81930125 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Structures of the holoenzyme TglHI required for 3-thiaglutamate biosynthesis.
著者: Zheng, Y. / Xu, X. / Fu, X. / Zhou, X. / Dou, C. / Yu, Y. / Yan, W. / Yang, J. / Xiao, M. / van der Donk, W.A. / Zhu, X. / Cheng, W.
履歴
登録2022年11月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: RiPP Recognition protein
D: DUF692 family protein
A: RiPP Recognition protein
B: DUF692 family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,5094
ポリマ－131,5094
非ポリマー00
水84747
1
C: RiPP Recognition protein
D: DUF692 family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7542
ポリマ－65,7542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area25400 Å2
手法PISA
2
A: RiPP Recognition protein
B: DUF692 family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7542
ポリマ－65,7542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area25490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.952, 86.314, 91.994
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.660, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 2 through 9 or resid 11...
d_2ens_1(chain "C" and (resid 2 through 9 or resid 11...
d_1ens_2(chain "B" and (resid 1 through 26 or resid 28...
d_2ens_2(chain "D" and (resid 1 through 26 or resid 28...

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

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要素

#1: タンパク質 RiPP Recognition protein


分子量: 31180.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. maculicola str. ES4326 (バクテリア)
遺伝子: PMA4326_007960
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A8T8BZN3
#2: タンパク質 DUF692 family protein


分子量: 34574.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. maculicola str. ES4326 (バクテリア)
遺伝子: PMA4326_007955
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A8T8BZJ9
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.5 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 20% w/v polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.399→61.15 Å / Num. obs: 15758 / % possible obs: 98.32 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 65.14 Å2 / CC1/2: 0.958 / Net I/σ(I): 5.58
反射 シェル解像度: 3.399→3.52 Å / Num. unique obs: 1580 / CC1/2: 0.861

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold2 Predict

解像度: 3.399→61.15 Å / SU ML: 0.473 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 27.923
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2581 --
Rwork0.2265 28392 -
obs-15758 98.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 75.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.399→61.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9116 0 0 47 9163
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00279348
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.595812708
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04121366
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00411660
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.79891244
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.879914793413
ens_2d_2DX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.994385836851
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-3.510.28551450.27112638X-RAY DIFFRACTION98.13
3.51-3.630.33261510.2572636X-RAY DIFFRACTION98.76
3.63-3.780.23221210.26632657X-RAY DIFFRACTION98.23
3.78-3.950.29061440.22972624X-RAY DIFFRACTION97.36
3.95-4.160.27921410.22382563X-RAY DIFFRACTION96.09
4.16-4.420.34181130.22622530X-RAY DIFFRACTION94.53
4.42-4.760.30511310.21712346X-RAY DIFFRACTION87.87
4.76-5.240.24931290.21232611X-RAY DIFFRACTION96.14
5.24-60.26791630.23432659X-RAY DIFFRACTION99.23
6-7.550.26591410.23672636X-RAY DIFFRACTION98.69
7.55-61.150.15221370.18662492X-RAY DIFFRACTION92.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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