PDB-8hbt: AmAT7-3 mutant A310G

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hbt

タイトル

AmAT7-3 mutant A310G

要素

AmAT7-3-A310G

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Acetyltransferase / Triterpene saponin / Mutant

機能・相同性

Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol Acetyltransferase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Astragaloside IV

機能・相同性情報

生物種

Astragalus membranaceus (タイツリオウギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Wang, L.L.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Characterization and structure-based protein engineering of a regiospecific saponin acetyltransferase from Astragalus membranaceus.
著者: Wang, L. / Jiang, Z. / Zhang, J. / Chen, K. / Zhang, M. / Wang, Z. / Wang, B. / Ye, M. / Qiao, X.

履歴

登録	2022年10月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hbt.cif.gz	104.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hbt.ent.gz	78 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hbt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8hbt_validation.pdf.gz	819.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8hbt_full_validation.pdf.gz	824.6 KB	表示
XML形式データ	8hbt_validation.xml.gz	19.3 KB	表示
CIF形式データ	8hbt_validation.cif.gz	27.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/8hbt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/8hbt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8h8iSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AmAT7-3-A310G

ヘテロ分子

50.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	136.020, 136.020, 192.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-666- HOH

#1: タンパク質	AmAT7-3-A310G 分子量: 49974.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Astragalus membranaceus (タイツリオウギ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-KZO / Astragaloside IV 分子量: 784.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₁H₆₈O₁₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.06 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.6 M magnesium sulfate, 100 Mm MES/sodium hydroxide pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→36.53 Å / Num. obs: 49037 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 19 % / R_merge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 16.4
反射シェル	解像度: 1.96→2.03 Å / Num. unique obs: 3426 / R_sym value: 0.032

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.16_3549: ???)	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
Coot	7.1	モデル構築
PHENIX	1.16_3549	位相決定
Aimless	0.7.7	データスケーリング
HKL-2000	HKL-2000	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8H8I

8h8i

解像度: 1.96→36.53 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2296	2397	4.89 %
R_work	0.2062	-	-
obs	0.2073	48995	99.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→36.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3399	0	55	181	3635

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3537
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.862	4826
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.109	2111
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	558
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	609

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9601-2.0001	0.434	141	0.4149	2737	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0435-2.0911	0.4039	144	0.3242	2718	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0911-2.1434	0.2946	115	0.2913	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1434-2.2013	0.2899	139	0.2685	2735	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2013-2.2661	0.2801	133	0.2408	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2661-2.3392	0.2662	140	0.2218	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3392-2.4228	0.2836	129	0.2269	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4228-2.5198	0.2499	135	0.2284	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5198-2.6344	0.2807	165	0.2275	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6344-2.7733	0.2602	133	0.2098	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7733-2.947	0.2467	142	0.2215	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.947-3.1744	0.2426	134	0.215	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1744-3.4936	0.2276	134	0.1999	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9986-5.0357	0.1845	134	0.1657	2803	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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