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- PDB-8hbr: The C-terminal domain of Spiral2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hbr
タイトルThe C-terminal domain of Spiral2
要素TOG domain-containing protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Microtubule associated protein
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule binding / microtubule
類似検索 - 分子機能
MT-associated protein TORTIFOLIA1/SPIRAL2-like / TOG domain / TOG / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
TOG domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Physcomitrium patens (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hayashi, I.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2023
タイトル: Crystal structure of the C-terminal domain of the plant-specific microtubule-associated protein Spiral2.
著者: Ohno, M. / Higuchi, Y. / Hayashi, I.
履歴
登録2022年10月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TOG domain-containing protein
B: TOG domain-containing protein
C: TOG domain-containing protein
D: TOG domain-containing protein
E: TOG domain-containing protein
F: TOG domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,2206
ポリマ－91,2206
非ポリマー00
水1,17165
1
A: TOG domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2031
ポリマ－15,2031
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TOG domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2031
ポリマ－15,2031
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: TOG domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2031
ポリマ－15,2031
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: TOG domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2031
ポリマ－15,2031
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: TOG domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2031
ポリマ－15,2031
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: TOG domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2031
ポリマ－15,2031
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.509, 109.560, 69.787
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.200, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
TOG domain-containing protein


分子量: 15203.385 Da / 分子数: 6 / 断片: Spiral2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Physcomitrium patens (植物) / 遺伝子: PHYPA_024812 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2K1IUB4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: ammonium sulphate, BICINE (pH9)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.97864 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97864 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→46.25 Å / Num. obs: 40398 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 20.6 / Num. measured all: 261108
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.16-2.234.40.6561329130420.750.3470.7472.385
8.91-46.256.30.04437706000.9990.0180.04859.298.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 7.129 / SU ML: 0.181 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.335 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2562 1979 5.1 %RANDOM
Rwork0.2018 ---
obs0.2046 36563 98.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 146.92 Å2 / Biso mean: 55.711 Å2 / Biso min: 25.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å20 Å2-0.28 Å2
2---1.31 Å2-0 Å2
3---1.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6206 0 0 65 6271
Biso mean---50.67 -
残基数----800
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0126320
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0165844
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.621.6198577
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5581.55713590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8245794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg12.756524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.767101000
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2998
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.027094
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021178
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 138 -
Rwork0.255 2413 -
all-2551 -
obs--89.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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