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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hbr | ||||||
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タイトル | The C-terminal domain of Spiral2 | ||||||
要素 | TOG domain-containing protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Microtubule associated protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Physcomitrium patens (ヒメツリガネゴケ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Hayashi, I. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2023 タイトル: Crystal structure of the C-terminal domain of the plant-specific microtubule-associated protein Spiral2. 著者: Ohno, M. / Higuchi, Y. / Hayashi, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hbr.cif.gz | 160.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hbr.ent.gz | 132.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hbr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/8hbr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/8hbr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15203.385 Da / 分子数: 6 / 断片: Spiral2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Physcomitrium patens (ヒメツリガネゴケ) 遺伝子: PHYPA_024812 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2K1IUB4 #2: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.54 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: ammonium sulphate, BICINE (pH9) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.97864 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月28日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97864 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.16→46.25 Å / Num. obs: 40398 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 20.6 / Num. measured all: 261108 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 7.129 / SU ML: 0.181 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.335 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 146.92 Å2 / Biso mean: 55.711 Å2 / Biso min: 25.54 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.2→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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