PDB-8hb9: Crystal Structure of Human IDH1 R132H Mutant in Complex with NADP...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hb9

タイトル

Crystal Structure of Human IDH1 R132H Mutant in Complex with NADPH and Compound IHMT-IDH1-053

要素

Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / NADPH regeneration / NADP+ metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Guo, G. / Wang, B. / Liu, J. / Liu, Q.

資金援助

中国, 6件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	81703007	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	81603123	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	81673469	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	81773777	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	81872748	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	81803366	中国

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structure-based discovery of IHMT-IDH1-053 as a potent irreversible IDH1 mutant selective inhibitor.
著者: Liang, Q. / Wang, B. / Zou, F. / Guo, G. / Wang, W. / Wang, W. / Liu, Q. / Shen, L. / Hu, C. / Wang, W. / Wang, A. / Huang, T. / He, Y. / Xia, R. / Ge, J. / Liu, J. / Liu, Q.

履歴

登録	2022年10月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hb9.cif.gz	345.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hb9.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hb9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8hb9_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8hb9_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	8hb9_validation.xml.gz	61.4 KB	表示
CIF形式データ	8hb9_validation.cif.gz	80.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/8hb9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/8hb9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6b0zS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (6) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (5) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

BBB: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

CCC: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

DDD: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

ヘテロ分子

194 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

DDD: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

ヘテロ分子

AAA: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
97.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

AAA: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

ヘテロ分子

DDD: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
97.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

BBB: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

CCC: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
96.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.759, 76.426, 171.971
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.270, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB
3	2	AAA
4	2	CCC
5	3	AAA
6	3	DDD
7	4	BBB
8	4	CCC
9	5	BBB
10	5	DDD
11	6	CCC
12	6	DDD

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	AAA	A	3 - 412	3 - 412
2	1	1	ALA	ALA	BBB	B	3 - 412	3 - 412
3	2	2	ALA	ALA	AAA	A	3 - 412	3 - 412
4	2	2	ALA	ALA	CCC	C	3 - 412	3 - 412
5	3	3	ALA	ALA	AAA	A	3 - 410	3 - 410
6	3	3	ALA	ALA	DDD	D	3 - 410	3 - 410
7	4	4	ALA	ALA	BBB	B	3 - 412	3 - 412
8	4	4	ALA	ALA	CCC	C	3 - 412	3 - 412
9	5	5	GLN	GLN	BBB	B	3 - 411	3 - 411
10	5	5	GLN	GLN	DDD	D	3 - 411	3 - 411
11	6	6	ALA	ALA	CCC	C	3 - 410	3 - 410
12	6	6	ALA	ALA	DDD	D	3 - 410	3 - 410

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

#1: タンパク質	Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic / IDH / Cytosolic NADP-isocitrate dehydrogenase / IDP / NADP(+)-specific ICDH / Oxalosuccinate decarboxylase 分子量: 46701.176 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDH1, PICD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75874, isocitrate dehydrogenase (NADP+)

#1: タンパク質

Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic / IDH / Cytosolic NADP-isocitrate dehydrogenase / IDP / NADP(+)-specific ICDH / Oxalosuccinate decarboxylase

分子量: 46701.176 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDH1, PICD / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75874, isocitrate dehydrogenase (NADP+)

-
非ポリマー , 5種, 272分子

#2: 化合物	ChemComp-R1R / [2-[2-[[1-[4-[(1S)-1-[[5-fluoranyl-4-[(4S)-2-oxidanylidene-4-propan-2-yl-1,3-oxazolidin-3-yl]pyrimidin-2-yl]amino]ethyl]phenyl]piperidin-4-yl]sulfamoyl]ethylsulfanylmethyl]-3-oxidanylidene-propyl]-trimethyl-azanium 分子量: 694.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₄₉FN₇O₅S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE 分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.67 %
結晶化	温度: 315 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 24% PEG 3350, 8% Tacsimate pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5406 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→13.078 Å / Num. obs: 53443 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 2.8→2.89 Å / R_merge(I) obs: 0.606 / Num. unique obs: 4636

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6b0z

6b0z

解像度: 2.8→13.078 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.916 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.895 / SU B: 16.165 / SU ML: 0.292 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.357 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2433	2624	4.912 %
R_work	0.2165	50799	-
all	0.218	-	-
obs	-	53423	98.855 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.89 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.025 Å²	0 Å²	0.332 Å²
2-	-	3.625 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.628 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→13.078 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12782	0	269	252	13303

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	13438
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	12717
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.227	1.663	18167
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.171	1.608	29386
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.679	5	1624
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.821	23.731	646
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	2.94	10	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.624	15	2373
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.367	15	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.037	0.2	1770
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.778	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	14974
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2984
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.167	0.2	2172
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.15	0.2	10879
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.15	0.2	6287
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	6161
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	296
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.051	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.126	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.198	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.104	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.168	4.439	6430
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.166	4.438	6429
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.088	6.65	8025
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.088	6.651	8026
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.913	4.542	7008
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.913	4.542	7009
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.685	6.747	10125
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.685	6.747	10126
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.928	49.72	14159
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.909	49.757	14131
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.075	0.05	12856
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.071	0.05	12830
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.082	0.05	12695
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.07	0.05	12830
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.079	0.05	12755
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.075	0.05	12678

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07457	0.05009
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07457	0.05009
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07128	0.05009
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07128	0.05009
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08226	0.05009
3	6	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08226	0.05009
4	7	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06959	0.05009
4	8	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06959	0.05009
5	9	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07887	0.05009
5	10	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07887	0.05009
6	11	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07544	0.05009
6	12	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07544	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.873	0.367	194	0.348	3741	X-RAY DIFFRACTION	99.595
2.873-2.951	0.363	189	0.328	3707	X-RAY DIFFRACTION	99.9743
2.951-3.037	0.35	169	0.307	3586	X-RAY DIFFRACTION	100
3.037-3.13	0.299	136	0.284	3511	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.233	0.314	175	0.264	3366	X-RAY DIFFRACTION	100
3.233-3.346	0.292	187	0.245	3247	X-RAY DIFFRACTION	99.9418
3.346-3.473	0.258	172	0.242	3150	X-RAY DIFFRACTION	99.9398
3.473-3.614	0.247	152	0.223	3013	X-RAY DIFFRACTION	100
3.614-3.775	0.274	137	0.224	2919	X-RAY DIFFRACTION	99.9673
3.775-3.959	0.235	148	0.207	2776	X-RAY DIFFRACTION	99.9316
3.959-4.173	0.224	122	0.193	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
4.173-4.426	0.195	130	0.171	2514	X-RAY DIFFRACTION	100
4.426-4.732	0.179	152	0.155	2351	X-RAY DIFFRACTION	100
4.732-5.11	0.187	125	0.161	2186	X-RAY DIFFRACTION	100
5.11-5.598	0.232	98	0.191	2046	X-RAY DIFFRACTION	100
5.598-6.258	0.252	102	0.195	1835	X-RAY DIFFRACTION	100
6.258-7.224	0.192	95	0.179	1637	X-RAY DIFFRACTION	100
7.224-8.844	0.174	75	0.149	1383	X-RAY DIFFRACTION	100
8.844-12.49	0.156	64	0.144	1092	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)