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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8haz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Caenorhabditis elegans NMAD-1 in complex with ligand I | ||||||
要素 | DNA N6-methyl adenine demethylase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NMAD-1A / GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA N6-methyladenine demethylase activity / DNA N6-methyladenine demethylase / positive regulation of egg-laying behavior / positive regulation of fertilization / meiotic chromosome condensation / contractile ring / positive regulation of chromosome organization / 脱メチル化 / positive regulation of meiosis I / broad specificity oxidative DNA demethylase activity ...DNA N6-methyladenine demethylase activity / DNA N6-methyladenine demethylase / positive regulation of egg-laying behavior / positive regulation of fertilization / meiotic chromosome condensation / contractile ring / positive regulation of chromosome organization / 脱メチル化 / positive regulation of meiosis I / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / demethylase activity / actomyosin structure organization / positive regulation of double-strand break repair / actin binding / midbody / DNA複製 / oxidoreductase activity / metal ion binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Caenorhabditis elegans (センチュウ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.66 Å | ||||||
データ登録者 | Shang, G. / Chen, Z. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2024 タイトル: Structural Basis of Nucleic Acid Recognition and 6mA Demethylation by Caenorhabditis elegans NMAD-1A. 著者: Shang, G. / Yang, M. / Li, M. / Ma, L. / Liu, Y. / Ma, J. / Chen, Y. / Wang, X. / Fan, S. / Xie, M. / Wu, W. / Dai, S. / Chen, Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8haz.cif.gz | 54.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8haz.ent.gz | 36.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8haz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/8haz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/8haz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8hb2C 8hbbC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28516.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: nmad-1, F09F7.7 / 発現宿主: prokaryote coculture (バクテリア) / 参照: UniProt: Q8MNT9, DNA N6-methyladenine demethylase |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.56 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% PEG 3350, 200 mM, CH3COONH4, 100 mM Bis-Tris pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 6106 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.965 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.7 Å / Num. unique obs: 597 / CC1/2: 0.894 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.66→37.54 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.92 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.66→37.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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