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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hav | ||||||
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タイトル | An auto-activation mechanism of plant non-specific phospholipase C | ||||||
要素 | Non-specific phospholipase C4 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / NPC4 / glycosylinositolphosphorylceramide / phosphatidylcholine / phosphate | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phospholipase C / phosphatidylcholine phospholipase C activity / phospholipid catabolic process / phospholipase C activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Zhao, F. / Fan, R.Y. / Guan, Z.Y. / Guo, L. / Yin, P. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Insights into the mechanism of phospholipid hydrolysis by plant non-specific phospholipase C. 著者: Fan, R. / Zhao, F. / Gong, Z. / Chen, Y. / Yang, B. / Zhou, C. / Zhang, J. / Du, Z. / Wang, X. / Yin, P. / Guo, L. / Liu, Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hav.cif.gz | 225.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hav.ent.gz | 145.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hav.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/8hav ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/8hav | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8hawC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.982404914767, 0.028385419115, 0.184593746978), (0.0338903644883, -0.999067909191, -0.0267349213646), (0.183662806895, 0.0325204675118, -0.982451216375)ベクター: - ...NCS oper: (Code: given Matrix: (0.982404914767, 0.028385419115, 0.184593746978), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55774.250 Da / 分子数: 2 / 変異: K178A, K179A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: NPC4, At3g03530, T21P5.5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SRQ7, phospholipase C #2: 化合物 | ChemComp-GOL / | #3: 化合物 | ChemComp-PEG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.38 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Hepes, PEG 3350, Magnesium Chloride Potassium sodium tartrate tetrahydrate PH範囲: 7.0 - 8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 78362 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.88 % / Biso Wilson estimate: 33.54 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 18.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 13.49 % / Rmerge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique obs: 4402 / CC1/2: 0.969 / Rpim(I) all: 0.165 / Rrim(I) all: 0.438 / Χ2: 0.9 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→44.02 Å / SU ML: 0.2021 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.2443 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.25 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.02 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.480350326052 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
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