PDB-8hau: NARROW LEAF 1 from Indica

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hau

タイトル

NARROW LEAF 1 from Indica

要素

Protein NARROW LEAF 1

キーワード

SURFACTANT PROTEIN / Rice / panicle shape / photosynthetic efficiency / auxin transport

機能・相同性

stem vascular tissue pattern formation / internode patterning / regulation of leaf development / leaf vascular tissue pattern formation / Peptidase S1, PA clan / nucleoplasm / cytoplasm / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Oryza sativa Indica Group (イネ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å

データ登録者

Zhang, S.J. / He, Y.J. / Wang, N. / Zhang, W.J. / Liu, C.M.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: NARROW LEAF 1 from Indica
著者: Zhang, S.J. / He, Y.J. / Wang, N. / Zhang, W.J. / Liu, C.M.

履歴

登録	2022年10月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hau.cif.gz	400.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hau.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hau.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/8hau ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/8hau	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	34609MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein NARROW LEAF 1

B: Protein NARROW LEAF 1

C: Protein NARROW LEAF 1

D: Protein NARROW LEAF 1

E: Protein NARROW LEAF 1

F: Protein NARROW LEAF 1

ヘテロ分子

240 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

#1: タンパク質	Protein NARROW LEAF 1 分子量: 39533.832 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Indica Group (イネ) / 遺伝子: OsI_17391 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A2XXI5
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: NARROW LEAF 1 from Indica / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 379.37 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)	生物種: Oryza sativa Indica Group (イネ)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液	pH: 8
試料	濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	詳細: The grid was coated with gold prior to use / グリッドの材料: NICKEL / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: Vitrification carried out in Ethane

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 57000 X / 倍率（補正後）: 57000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大デフォーカス（補正後）: 2500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
撮影	平均露光時間: 1.68 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 3179

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ	詳細
1	cryoSPARC	4.0.2	粒子像選択	cryoSPARC Blob picker was used to automatically select particle images.
4	cryoSPARC	4.0.2	CTF補正
7	cryoSPARC	4.0.2	モデルフィッティング
9	cryoSPARC	4.0.2	モデル精密化
10	cryoSPARC	4.0.2	初期オイラー角割当
11	cryoSPARC	4.0.2	最終オイラー角割当
12	cryoSPARC	4.0.2	分類
13	cryoSPARC	4.0.2	３次元再構成

CTF補正

詳細: CTF amplitude correction wae performed following 3D reconstruction
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 2347148

対称性

点対称性: D₃ (2回x3回 2面回転対称)

3次元再構成

解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1273195 / アルゴリズム: FOURIER SPACE
詳細: The version 4.0.2 of the cryoSPARC program was used for the reconstruction
クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

B value: 192.4 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / 詳細: Initial local fitting was done using ChimeraX

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.005	16488
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.684	22411
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	4.423	2243
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.047	2543
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.004	2880

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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