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万見
- PDB-8hau: NARROW LEAF 1 from Indica -

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IDまたはキーワード:

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hau
タイトルNARROW LEAF 1 from Indica
要素Protein NARROW LEAF 1
キーワードSURFACTANT PROTEIN / Rice / panicle shape / photosynthetic efficiency / auxin transport
機能・相同性
機能・相同性情報


stem vascular tissue pattern formation / internode patterning / regulation of leaf development / leaf vascular tissue pattern formation / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NARROW LEAF 1 N-terminal domain / Nal1 C-terminal domain / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa Indica Group (イネ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Zhang, S.J. / He, Y.J. / Wang, N. / Zhang, W.J. / Liu, C.M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesXDA24020103-2 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: NARROW LEAF 1 from Indica
著者: Zhang, S.J. / He, Y.J. / Wang, N. / Zhang, W.J. / Liu, C.M.
履歴
登録2022年10月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein NARROW LEAF 1
B: Protein NARROW LEAF 1
C: Protein NARROW LEAF 1
D: Protein NARROW LEAF 1
E: Protein NARROW LEAF 1
F: Protein NARROW LEAF 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,24612
ポリマ－237,2036
非ポリマー3,0436
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Protein NARROW LEAF 1


分子量: 39533.832 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Indica Group (イネ) / 遺伝子: OsI_17391 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A2XXI5
#2: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: NARROW LEAF 1 from Indica / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 379.37 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Oryza sativa Indica Group (イネ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: The grid was coated with gold prior to use / グリッドの材料: NICKEL / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: Vitrification carried out in Ethane

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 57000 X / 倍率（補正後）: 57000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
撮影平均露光時間: 1.68 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 3179

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC4.0.2粒子像選択cryoSPARC Blob picker was used to automatically select particle images.
4cryoSPARC4.0.2CTF補正
7cryoSPARC4.0.2モデルフィッティング
9cryoSPARC4.0.2モデル精密化
10cryoSPARC4.0.2初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.0.2最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.0.2分類
13cryoSPARC4.0.2３次元再構成
CTF補正詳細: CTF amplitude correction wae performed following 3D reconstruction
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2347148
対称性点対称性: D3 (2回x3回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1273195 / アルゴリズム: FOURIER SPACE
詳細: The version 4.0.2 of the cryoSPARC program was used for the reconstruction
クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 192.4 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / 詳細: Initial local fitting was done using ChimeraX
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00516488
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.68422411
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.4232243
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0472543
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042880

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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