PDB-8har: SAH-bound C-Methyltransferase Fur6 from Streptomyces sp. KO-3988

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8har

タイトル

SAH-bound C-Methyltransferase Fur6 from Streptomyces sp. KO-3988

要素

Fur6

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / furaquinocin / biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.12 Å

データ登録者

Noguchi, T. / Nagata, R. / Tomita, T. / Kuzuyama, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2025
タイトル: Biosynthesis of the tetrahydroxynaphthalene-derived meroterpenoid furaquinocin via reductive deamination and intramolecular hydroalkoxylation of an alkene.
著者: Noguchi, T. / Zhao, F. / Moriwaki, Y. / Yamamoto, H. / Kudo, K. / Nagata, R. / Tomita, T. / Terada, T. / Shimizu, K. / Nishiyama, M. / Kuzuyama, T.

履歴

登録	2022年10月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月14日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8har.cif.gz	151.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8har.ent.gz	113.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8har.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8har_validation.pdf.gz	978.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8har_full_validation.pdf.gz	982.3 KB	表示
XML形式データ	8har_validation.xml.gz	30 KB	表示
CIF形式データ	8har_validation.cif.gz	40.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/8har ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/8har	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fur6

B: Fur6

ヘテロ分子

77.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.980, 91.840, 125.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Fur6 分子量: 38448.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces sp. (バクテリア) / 株: KO-3988 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2L6E4
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG3350, calcium hydroxide, HEPES-NaOH

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.12→50 Å / Num. obs: 94785 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.1 % / CC_1/2: 0.984 / Net I/σ(I): 5.93
反射シェル	解像度: 2.12→2.18 Å / Num. unique obs: 6960 / CC_1/2: 0.813 / R_sym value: 0.687

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.12→48.134 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 5.379 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.188 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2561	2462	4.947 %
R_work	0.2115	47306	-
all	0.214	-	-
obs	-	49768	99.878 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.05 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.39 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.274 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.664 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.12→48.134 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5303	0	60	120	5483

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	5472
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5158
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.3	1.63	7452
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.198	1.577	11835
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.57	5	712
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.817	23.866	238
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.077	15	829
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.228	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	732
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	6300
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1194
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	961
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.164	0.2	4438
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.151	0.2	2619
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	2406
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	165
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.009	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.137	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.208	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.866	4.061	2861
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.866	4.061	2861
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.738	6.078	3568
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.738	6.079	3569
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.074	4.207	2611
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.073	4.207	2611
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.291	6.239	3884
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.291	6.239	3885
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.402	47.211	5701
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.4	47.195	5689

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.12-2.175	0.265	167	0.251	3419	X-RAY DIFFRACTION	99.5282
2.175-2.235	0.309	164	0.248	3399	X-RAY DIFFRACTION	99.776
2.235-2.299	0.278	177	0.238	3259	X-RAY DIFFRACTION	99.7098
2.299-2.37	0.271	181	0.224	3147	X-RAY DIFFRACTION	99.7901
2.37-2.448	0.236	157	0.212	3084	X-RAY DIFFRACTION	99.9075
2.448-2.533	0.284	161	0.21	2992	X-RAY DIFFRACTION	99.8733
2.533-2.629	0.272	166	0.217	2880	X-RAY DIFFRACTION	99.9016
2.629-2.736	0.25	156	0.213	2775	X-RAY DIFFRACTION	99.9659
2.736-2.858	0.292	133	0.219	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.858-2.997	0.222	128	0.214	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
2.997-3.159	0.292	138	0.224	2435	X-RAY DIFFRACTION	100
3.159-3.35	0.244	121	0.217	2295	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.581	0.227	115	0.208	2212	X-RAY DIFFRACTION	100
3.581-3.867	0.236	105	0.194	2023	X-RAY DIFFRACTION	100
3.867-4.235	0.226	76	0.187	1915	X-RAY DIFFRACTION	100
4.235-4.733	0.234	70	0.178	1740	X-RAY DIFFRACTION	99.9448
4.733-5.461	0.26	86	0.194	1524	X-RAY DIFFRACTION	100
5.461-6.68	0.261	65	0.23	1307	X-RAY DIFFRACTION	100
6.68-9.408	0.247	67	0.221	1030	X-RAY DIFFRACTION	100
9.408-48.134	0.34	29	0.258	621	X-RAY DIFFRACTION	98.9345

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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