PDB-8ha2: Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K/L176...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ha2

タイトル

Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K/L176G mutant in calcium ion condition

要素

Ion transport protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / ion channel

機能・相同性

機能・相同性情報

voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aliarcobacter butzleri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Irie, K. / Oda, Y.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: The structural basis of divalent cation block in a tetrameric prokaryotic sodium channel.
著者: Irie, K. / Oda, Y. / Sumikama, T. / Oshima, A. / Fujiyoshi, Y.

履歴

登録	2022年10月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ha2.cif.gz	136.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ha2.ent.gz	95.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ha2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ha2_validation.pdf.gz	3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ha2_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
XML形式データ	8ha2_validation.xml.gz	16.2 KB	表示
CIF形式データ	8ha2_validation.cif.gz	20.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/8ha2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/8ha2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8h9oC 8h9wC 8h9xC 8h9yC 8ha1C 5yucS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (4) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ion transport protein

ヘテロ分子

38.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ion transport protein

ヘテロ分子

A: Ion transport protein

ヘテロ分子

A: Ion transport protein

ヘテロ分子

A: Ion transport protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
154 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.130, 127.130, 200.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422
Space group name Hall	I42
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z #3: y,-x,z #4: x,-y,-z #5: -x,y,-z #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z #9: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2 #11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2 #12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2 #15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2 #16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1312- CA
2	1	A-1403- HOH
3	1	A-1408- HOH
4	1	A-1411- HOH

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A

#1: タンパク質	Ion transport protein / VOLTAGE-GATED SODIUM CHANNEL 分子量: 31341.174 Da / 分子数: 1 / 変異: N49K, L176G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aliarcobacter butzleri (バクテリア) 遺伝子: Abu_1752 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8EVM5
#2: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 4種, 22分子

#3: 化合物	ChemComp-1N7 / CHAPSO / 2-hydroxy-N,N-dimethyl-3-sulfo-N-(3-{[(3beta,5beta,7beta,12beta)-3,7,12-trihydroxy-24-oxocholan-24-yl]amino}propyl)propan-1-aminium / CHAPSO 分子量: 631.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₅₉N₂O₈S / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PX4 / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / O-(1-O,2-O-ジミリストイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン分子量: 678.940 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₆H₇₃NO₈P / コメント: DMPC, リン脂質*YM
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 80.97 % / 解説: Pyramidal shape
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 9%-11% PEG MME 2000, 100 mM sodium chloride, 100 mM magnesium nitrate, 25mM cadmium nitrate, 100 mM Tris-HCl, pH 8.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→29.96 Å / Num. obs: 12718 / % possible obs: 92.63 % / 冗長度: 40.1 % / B_iso Wilson estimate: 85.09 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 19.61
反射シェル	解像度: 3.3→3.4 Å / Num. unique obs: 472 / CC_1/2: 0.839

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5yuc

5yuc

解像度: 3.3→29.96 Å / SU ML: 0.3379 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.0477
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.281	571	4.83 %
R_work	0.2612	11242	-
obs	0.2622	11813	92.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→29.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1778	0	472	11	2261

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0094	2294
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.311	3056
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0627	347
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0055	309
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.2067	971

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.3-3.36	0.528	8	0.3349	178	X-RAY DIFFRACTION	30.05
3.36-3.42	0.1958	14	0.3046	272	X-RAY DIFFRACTION	46.81
3.42-3.48	0.3138	23	0.2568	464	X-RAY DIFFRACTION	77.3
3.48-3.55	0.2183	30	0.2502	591	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.55-3.63	0.2185	35	0.2266	596	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-3.72	0.3414	22	0.2597	586	X-RAY DIFFRACTION	100
3.72-3.81	0.2704	24	0.2484	614	X-RAY DIFFRACTION	100
3.81-3.91	0.2821	29	0.2371	589	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.91-4.03	0.2241	21	0.2141	602	X-RAY DIFFRACTION	100
4.03-4.16	0.1973	34	0.2029	601	X-RAY DIFFRACTION	100
4.16-4.3	0.2752	37	0.2293	596	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3-4.48	0.2416	24	0.2427	604	X-RAY DIFFRACTION	100
4.48-4.68	0.2159	34	0.2179	599	X-RAY DIFFRACTION	99.84
4.68-4.92	0.2343	37	0.2217	591	X-RAY DIFFRACTION	100
4.93-5.23	0.2752	33	0.2454	610	X-RAY DIFFRACTION	100
5.23-5.63	0.2946	34	0.2871	613	X-RAY DIFFRACTION	99.85
5.63-6.2	0.3904	26	0.3145	610	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2-7.08	0.3695	35	0.337	624	X-RAY DIFFRACTION	100
7.08-8.88	0.3263	36	0.2686	625	X-RAY DIFFRACTION	100
8.89-29.96	0.3288	35	0.3147	677	X-RAY DIFFRACTION	99.58

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.13030569535	-0.60349376115	3.00147727558	8.28983829162	-5.06355089782	6.41992150605	0.400148839455	-0.14460465661	-0.775480282931	0.240136102973	-0.326448709713	-0.766495154186	0.780151923453	0.589545473875	-0.0758904280232	1.92318717019	1.05012709654	-0.389517125372	2.00506518135	0.66220121747	1.14125708278	38.6878390189	-28.2197437256	45.5244390668
2	5.48837584825	-1.83414096517	3.93134712083	4.90354321377	-3.18424950498	3.67821275123	-0.254217068985	0.686532934034	0.420817130887	0.507246250557	-0.00102024065047	-1.29255926467	0.518538105951	1.83026055781	0.405568781023	0.916275240781	0.530847575625	-0.224481132123	1.24308859581	0.128014722522	1.06595349631	34.9091501093	-18.8399978599	23.9374632662
3	3.82483464108	-1.03825843202	2.32955993684	2.88577323939	-2.92020198856	3.47306453185	-0.354938983833	-0.403263299202	-0.49237228507	-0.101384060034	0.35845969094	0.113132222598	1.97339499365	1.59005721082	0.0371950585217	1.25358064096	0.433131088805	-0.227833790755	0.901076365028	0.227200109257	1.03617223785	21.9229210819	-22.3011897643	30.7830007854
4	1.47340556088	-1.64392295025	0.946195658812	2.32432635303	-3.04213929542	8.90155507639	-0.0979449761689	-0.20730738784	-0.430531702864	0.364153816848	0.176087228845	0.15569694079	0.97815812787	-0.562832692674	-0.113748978732	0.640549187683	-0.115434421394	0.152968227414	0.341584531677	0.0943639547696	0.533953381993	-8.76837376061	-18.9446226966	23.7062197441
5	9.35141108817	-3.61099258639	3.991619617	9.82538217006	-2.25018971914	9.58323716371	0.00666646381493	1.19716342024	-0.699834658041	-1.60577295181	0.35053962415	-0.427961280419	1.28107513069	-0.21379549722	-0.310805554426	0.931601716806	-0.21099672524	0.189152768763	0.427581306425	-0.0158191485852	0.37996839926	-8.76958883649	-17.2455556171	5.86912314965
6	6.02022522647	-2.44872793887	0.860802985477	1.02358835435	0.126006915436	6.41870288504	-0.167456457569	-0.0362726874059	-0.446121800832	0.161511497194	-0.0217365611113	0.0513636140675	0.402511572324	0.348337176444	0.229756251928	0.427062532735	-0.112210335396	0.138554535687	0.313539468635	0.0770904783344	0.517760382989	-4.57111615798	-10.8647221954	14.6172664529
7	3.44472801607	0.517575657752	-1.07592730607	4.52196543014	1.22437186498	9.74166397818	0.0806317879726	-0.604765399783	-0.194004747479	0.449308961068	-0.0511605312528	-0.0359430413799	0.651891576986	-0.657006951919	-0.0748310733505	0.302434674883	-0.13838930767	0.098477879342	0.443075579809	0.0100822539143	0.348441054656	-10.9546401014	-7.7608945882	22.0154087639

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 999 through 1011 )	999 - 1011	1 - 13
2	2	chain 'A' and (resid 1012 through 1066 )	1012 - 1066	14 - 68
3	3	chain 'A' and (resid 1067 through 1127 )	1067 - 1127	69 - 125
4	4	chain 'A' and (resid 1128 through 1152 )	1128 - 1152	126 - 150
5	5	chain 'A' and (resid 1153 through 1162 )	1153 - 1162	151 - 160
6	6	chain 'A' and (resid 1163 through 1183 )	1163 - 1183	161 - 181
7	7	chain 'A' and (resid 1184 through 1220 )	1184 - 1220	182 - 218

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