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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ha1 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K/L176G mutant in sodium ion condition | |||||||||
![]() | Ion transport protein | |||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / ion channel | |||||||||
機能・相同性 | ![]() voltage-gated sodium channel complex / membrane depolarization during action potential / voltage-gated sodium channel activity / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Irie, K. / Oda, Y. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The structural basis of divalent cation block in a tetrameric prokaryotic sodium channel. 著者: Irie, K. / Oda, Y. / Sumikama, T. / Oshima, A. / Fujiyoshi, Y. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 151.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 107.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A![](data/chem/img/LMT.gif)
![](data/chem/img/LMT.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 31341.174 Da / 分子数: 1 / 変異: N49K, L176G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Abu_1752 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 糖 |
-非ポリマー , 4種, 24分子 ![](data/chem/img/1N7.gif)
![](data/chem/img/PX4.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PX4.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-1N7 / | ||||
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#4: 化合物 | ChemComp-PX4 / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 6.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.98 % / 解説: Pyramidal shape |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 9%-11% PEG MME 2000, 100 mM sodium chloride, 100 mM magnesium nitrate, 25 mM cadmium nitrate, 100 mM Tris-HCl, pH 8.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.5→29.97 Å / Num. obs: 10747 / % possible obs: 96.59 % / 冗長度: 39.8 % / Biso Wilson estimate: 152.11 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 20.78 |
反射 シェル | 解像度: 3.5→3.6 Å / Num. unique obs: 728 / CC1/2: 0.56 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5yuc 解像度: 3.5→29.91 Å / SU ML: 0.5001 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.31 / 位相誤差: 33.5777 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 155.29 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.5→29.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 11.7692848821 Å / Origin y: -16.7295059191 Å / Origin z: 25.7358184079 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |