PDB-8h9y: Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K/L176...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8h9y

タイトル

Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K/L176Q mutant in calcium ion condition

要素

Ion transport protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / ion channel

機能・相同性

機能・相同性情報

voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aliarcobacter butzleri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Irie, K. / Oda, Y.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: The structural basis of divalent cation block in a tetrameric prokaryotic sodium channel.
著者: Irie, K. / Oda, Y. / Sumikama, T. / Oshima, A. / Fujiyoshi, Y.

履歴

登録	2022年10月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8h9y.cif.gz	139 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8h9y.ent.gz	96.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8h9y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8h9y_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8h9y_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	8h9y_validation.xml.gz	16.5 KB	表示
CIF形式データ	8h9y_validation.cif.gz	20.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/8h9y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/8h9y	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8h9oC 8h9wC 8h9xC 8ha1C 8ha2C 5yucS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (4) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ion transport protein

ヘテロ分子

38.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ion transport protein

ヘテロ分子

A: Ion transport protein

ヘテロ分子

A: Ion transport protein

ヘテロ分子

A: Ion transport protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
154 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.940, 127.940, 201.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422
Space group name Hall	I42
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z #3: y,-x,z #4: x,-y,-z #5: -x,y,-z #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z #9: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2 #11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2 #12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2 #15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2 #16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1313- CA
2	1	A-1404- HOH
3	1	A-1408- HOH
4	1	A-1412- HOH

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A

#1: タンパク質	Ion transport protein / VOLTAGE-GATED SODIUM CHANNEL 分子量: 31412.252 Da / 分子数: 1 / 変異: N49K, L176Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aliarcobacter butzleri (バクテリア) 遺伝子: Abu_1752 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8EVM5
#2: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 4種, 23分子

#3: 化合物	ChemComp-1N7 / CHAPSO / 2-hydroxy-N,N-dimethyl-3-sulfo-N-(3-{[(3beta,5beta,7beta,12beta)-3,7,12-trihydroxy-24-oxocholan-24-yl]amino}propyl)propan-1-aminium / CHAPSO 分子量: 631.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₅₉N₂O₈S / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PX4 / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / O-(1-O,2-O-ジミリストイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン分子量: 678.940 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₆H₇₃NO₈P / コメント: DMPC, リン脂質*YM
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 81.3 % / 解説: Pyramidal shape
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 9%-11% PEG MME 2000, 100 mM sodium chloride, 100 mM magnesium nitrate, 25 mM cadmium nitrate, 100 mM Tris-HCl, pH 8.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.4→29.78 Å / Num. obs: 11874 / % possible obs: 92.05 % / 冗長度: 89 % / B_iso Wilson estimate: 59.63 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.87
反射シェル	解像度: 3.4→3.5 Å / Num. unique obs: 446 / CC_1/2: 0.826

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5yuc

5yuc

解像度: 3.4→29.78 Å / SU ML: 0.3827 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.4084
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2636	532	4.85 %
R_work	0.2541	10432	-
obs	0.2545	10964	92.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.4→29.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1850	0	472	12	2334

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0099	2367
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2431	3154
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0617	358
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0063	322
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.6277	998

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.4-3.46	0.1746	7	0.2904	180	X-RAY DIFFRACTION	32.3
3.46-3.52	0.3	13	0.2761	246	X-RAY DIFFRACTION	45.92
3.52-3.59	0.2608	17	0.2714	373	X-RAY DIFFRACTION	66.55
3.59-3.66	0.3145	37	0.2639	540	X-RAY DIFFRACTION	98.3
3.66-3.74	0.3027	21	0.2526	555	X-RAY DIFFRACTION	100
3.74-3.83	0.309	22	0.2666	555	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.83-3.92	0.2422	24	0.2494	561	X-RAY DIFFRACTION	100
3.92-4.03	0.1984	19	0.2171	576	X-RAY DIFFRACTION	100
4.03-4.15	0.1684	30	0.2061	544	X-RAY DIFFRACTION	100
4.15-4.28	0.2433	35	0.2259	554	X-RAY DIFFRACTION	100
4.28-4.43	0.2541	29	0.2296	571	X-RAY DIFFRACTION	100
4.44-4.61	0.2349	27	0.2125	567	X-RAY DIFFRACTION	100
4.61-4.82	0.2269	34	0.2173	551	X-RAY DIFFRACTION	99.66
4.82-5.07	0.273	34	0.2364	547	X-RAY DIFFRACTION	100
5.07-5.39	0.2206	30	0.2512	570	X-RAY DIFFRACTION	100
5.39-5.8	0.2963	24	0.32	574	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8-6.38	0.3572	34	0.3262	567	X-RAY DIFFRACTION	100
6.38-7.29	0.3394	26	0.3135	588	X-RAY DIFFRACTION	100
7.29-9.14	0.2825	39	0.2232	581	X-RAY DIFFRACTION	99.84
9.15-29.78	0.2835	30	0.2895	632	X-RAY DIFFRACTION	99.4

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.82262821834	-0.249695423899	0.667069080974	1.6188343281	-0.511139906268	2.17909543231	0.0312657836595	-0.0161896196297	-0.104391232268	0.370274433353	-0.155826665854	-0.614993801596	0.315599035708	0.422283041639	0.24640994744	0.504663295179	0.34238264267	-0.224017687188	0.746366696058	0.241105590867	0.602854427212	35.5605477174	-17.817604208	28.7551501019
2	4.04836291366	-2.16734672234	1.4029064082	4.07482724243	-1.67477740465	2.67368384269	0.264593973437	0.684573515418	0.0469276659963	-0.308629804947	-0.29387523991	-0.102147287111	0.129055022948	0.325136608154	0.120227389318	0.721158517676	0.549332266247	-0.179820065939	0.802223485648	0.0616031382711	0.688083537413	35.6306062634	-24.8041549146	26.3709433871
3	4.22949988134	-2.33910605041	1.62882124576	4.75636472938	-2.31770526549	1.207567145	0.591246068654	0.468886007485	-0.865597830028	-1.35449334613	-0.493730090185	0.109344874464	1.30406283199	0.581407565018	-0.211129070947	1.37440022043	0.480067728482	-0.286592148739	0.805170733075	0.154299497721	0.734878022611	24.0385773117	-28.8158566061	29.8798562735
4	7.44926350787	-0.325794934587	3.91725664057	3.84371895441	-1.00279777096	7.7014093213	0.403644060649	0.492961183814	-0.671957955602	-0.244747810614	-0.166415151322	-0.627310548223	1.52473582977	1.04443404182	-0.26158185322	0.719930241112	0.220035745768	-0.0654018510023	0.447833247081	0.215777426304	0.571341811969	23.8025048536	-19.7092863251	23.5578057402
5	1.07553479666	0.459661354596	-0.13782488663	1.60959303186	0.648640095415	1.06371396323	-0.0680153437386	-0.257017322771	-0.135562128076	0.383207779648	-0.0801663172781	-0.214252952494	0.449093163492	0.181462838878	-0.00784307258347	0.276820932981	-0.120192380115	0.025495645632	0.23957436498	0.146334358843	0.201939007079	-0.214555337583	-17.0127777859	29.1065100555
6	0.029995715926	0.306855215919	-0.279144021956	4.07163519715	-1.32786356266	4.97187265804	-0.119695148226	0.0728080844837	-0.116714079266	-0.181145490635	-0.00556116495511	-0.109094214819	0.383318067003	-0.125195706108	0.101577604454	0.315566325108	-0.172762009249	0.143488887946	0.155366648048	-0.0246894385355	0.105678493743	-8.91883470738	-17.2655448792	5.91872468443
7	0.846605215209	0.603629617722	-0.370599853971	1.44479762133	-0.359567354155	1.01708776813	-0.149399894054	0.0473178708953	-0.227714915726	-0.0496063016701	-0.00543207677427	0.124944423317	0.206528753945	-0.125664896912	-0.580848903506	-0.0516986258024	-0.182923284294	0.148551931795	-0.0801321034971	0.0607185081828	0.0945936154665	-8.58087057546	-9.4480679908	12.255798331
8	2.82587767573	-0.841871411584	-0.184046641991	3.22545361415	0.105045186699	2.50000029514	-0.103710178747	-0.69196508524	0.0092582050192	0.842998044165	-0.0355190271668	-0.426975141754	0.0130931838947	0.451623792517	0.138010450672	0.289162672216	-0.1266989866	0.030399643991	0.391008326061	0.178850387803	0.136322435126	-6.45521697466	-7.63521035108	32.4825869912

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 999 through 1041 )	999 - 1041	1 - 42
2	2	chain 'A' and (resid 1042 through 1066 )	1042 - 1066	43 - 67
3	3	chain 'A' and (resid 1067 through 1095 )	1067 - 1095	68 - 96
4	4	chain 'A' and (resid 1096 through 1113 )	1096 - 1113	97 - 114
5	5	chain 'A' and (resid 1114 through 1152 )	1114 - 1152	115 - 153
6	6	chain 'A' and (resid 1153 through 1162 )	1153 - 1162	154 - 163
7	7	chain 'A' and (resid 1163 through 1193 )	1163 - 1193	164 - 194
8	8	chain 'A' and (resid 1194 through 1226 )	1194 - 1226	195 - 227

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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