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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8h9w | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of voltage-gated sodium channel NavAb N49K mutant in calcium ion condition | |||||||||
要素 | Ion transport protein | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / ion channel | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 membrane depolarization during action potential / voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Aliarcobacter butzleri (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Irie, K. | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: The structural basis of divalent cation block in a tetrameric prokaryotic sodium channel. 著者: Irie, K. / Oda, Y. / Sumikama, T. / Oshima, A. / Fujiyoshi, Y. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8h9w.cif.gz | 134.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8h9w.ent.gz | 93.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8h9w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8h9w_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8h9w_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8h9w_validation.xml.gz | 15.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8h9w_validation.cif.gz | 19 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/8h9w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/8h9w | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 31397.279 Da / 分子数: 1 / 変異: N49K / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aliarcobacter butzleri (バクテリア) 遺伝子: Abu_1752 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8EVM5 |
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#2: 糖 |
-非ポリマー , 4種, 28分子
#3: 化合物 | ChemComp-1N7 / | ||||
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#4: 化合物 | ChemComp-PX4 / #5: 化合物 | ChemComp-CA / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 6.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.18 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 9%-11% PEG MME 2000, 100 mM sodium chloride, 100 mM magnesium nitrate, 25 mM cadmium nitrate, 100 mM Tris-HCl, pH 8.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→29.81 Å / Num. obs: 23425 / % possible obs: 94.81 % / 冗長度: 26.2 % / Biso Wilson estimate: 69 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 24.01 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / Num. unique obs: 1270 / CC1/2: 0.883 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5YUC 解像度: 2.7→29.81 Å / SU ML: 0.3405 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.529 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 94.21 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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