PDB-8h97: GH86 agarase Aga86A_Wa

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8h97

タイトル

GH86 agarase Aga86A_Wa

要素

Beta-agarase

キーワード

HYDROLASE / agarase

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-agarase / beta-agarase activity / metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Wenyingzhuangia sp. OF219 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.194 Å

データ登録者

Zhang, Y.Y. / Dong, S. / Feng, Y.G. / Chang, Y.G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Carbohydr Polym / 年: 2023
タイトル: Structural characterization on a beta-agarase Aga86A_Wa from Wenyingzhuangia aestuarii reveals the prevalent methyl-galactose accommodation capacity of GH86 enzymes at subsite -1.
著者: Zhang, Y. / Dong, S. / Chen, G. / Cao, S. / Shen, J. / Mei, X. / Cui, Q. / Feng, Y. / Chang, Y. / Wang, Y. / Xue, C.

履歴

登録	2022年10月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2023年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8h97.cif.gz	270.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8h97.ent.gz	213.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8h97.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8h97_validation.pdf.gz	421.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8h97_full_validation.pdf.gz	428 KB	表示
XML形式データ	8h97_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	8h97_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/8h97 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/8h97	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ta1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-agarase

ヘテロ分子

83.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.599, 90.672, 106.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-agarase 分子量: 83371.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Wenyingzhuangia sp. OF219 (バクテリア) 遺伝子: Aga86A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A516RTC5, beta-agarase
#2: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.33 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 24% PEG 6000, 0.1 M Tris buffer, pH 8.6

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年7月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.19→50 Å / Num. obs: 52098 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 30.34 Å² / R_merge(I) obs: 0.125 / R_pim(I) all: 0.054 / R_rim(I) all: 0.136 / Χ²: 0.913 / Net I/σ(I): 5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.2-2.24	6	0.861	1881	0.756	0.375	0.941	0.82	99.8
2.24-2.28	6.1	0.716	1893	0.806	0.31	0.782	0.773	99.8
2.28-2.32	6.1	0.605	1890	0.859	0.263	0.661	0.796	99.9
2.32-2.37	6.2	0.602	1879	0.863	0.261	0.657	0.835	99.9
2.37-2.42	6.1	0.527	1885	0.886	0.228	0.575	0.813	100
2.42-2.48	6.2	0.458	1919	0.908	0.198	0.5	0.823	99.9
2.48-2.54	6.2	0.416	1883	0.923	0.18	0.454	0.845	99.9
2.54-2.61	6.2	0.377	1877	0.938	0.163	0.412	0.856	99.8
2.61-2.69	6	0.344	1901	0.943	0.151	0.377	0.904	99.9
2.69-2.77	5.8	0.268	1897	0.959	0.12	0.295	0.884	99.8
2.77-2.87	5.2	0.225	1914	0.967	0.109	0.25	0.883	99.9
2.87-2.99	5.9	0.198	1911	0.978	0.088	0.217	0.951	99.9
2.99-3.12	6.9	0.17	1932	0.986	0.07	0.184	1.002	100
3.12-3.29	6.9	0.133	1899	0.99	0.055	0.144	1.022	99.9
3.29-3.49	6.8	0.112	1934	0.994	0.046	0.122	1.108	99.9
3.49-3.76	6.8	0.089	1909	0.995	0.037	0.096	1.147	100
3.76-4.14	6.6	0.074	1942	0.995	0.031	0.08	1.113	99.9
4.14-4.74	6.3	0.058	1952	0.997	0.025	0.063	1.002	100
4.74-5.97	5.6	0.052	1987	0.997	0.024	0.057	0.796	99.9
5.97-50	6.7	0.049	2093	0.997	0.02	0.053	0.777	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5TA1

5ta1

解像度: 2.194→38.299 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2066	2789	5.35 %
R_work	0.1539	49309	-
obs	0.1568	52098	71.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 102.49 Å² / B_iso mean: 33.9403 Å² / B_iso min: 4.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.194→38.299 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4956	0	22	398	5376
B_iso mean	-	-	43.18	36.34	-
残基数	-	-	-	-	619

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.194-2.2317	0.3247	77	0.2309	1355	39
2.2317-2.2723	0.28	88	0.2169	1552	45
2.2723-2.316	0.2904	91	0.2148	1619	46
2.316-2.3632	0.2847	93	0.2182	1626	48
2.3632-2.4146	0.2949	98	0.2021	1743	50
2.4146-2.4708	0.2498	103	0.2126	1798	52
2.4708-2.5325	0.2547	107	0.2013	1866	54
2.5325-2.601	0.2442	104	0.2113	1914	56
2.601-2.6775	0.2251	115	0.2187	2026	58
2.6775-2.7639	0.2307	119	0.196	2172	63
2.7639-2.8627	0.2619	125	0.1908	2223	65
2.8627-2.9772	0.2365	151	0.191	2595	75
2.9772-3.1127	0.2965	172	0.1781	3038	88
3.1127-3.2767	0.2312	181	0.1672	3222	93
3.2767-3.4819	0.1921	193	0.1511	3379	98
3.4819-3.7505	0.2095	193	0.1312	3414	99
3.7505-4.1275	0.1813	195	0.1148	3445	99
4.1275-4.7238	0.1593	192	0.104	3449	100
4.7238-5.948	0.1601	197	0.1262	3454	100
5.948-38.29	0.1755	195	0.159	3419	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0244	0.0998	0.0856	0.9092	0.1742	0.7471	-0.0288	0.0216	-0.098	-0.072	0.0177	0.14	-0.0507	-0.1088	0.0086	0.2091	0.0178	-0.0017	0.2495	0.0063	0.2644	17.1828	65.38	65.1218
2	0.5865	-0.267	0.0917	0.3446	-0.2111	0.1672	-0.0075	0.5126	0.1888	-0.2512	0.0056	0.0099	0.0261	0.0791	0.0247	0.3128	0.0178	-0.0161	0.3521	0.0517	0.3172	25.2862	82.9092	40.1393
3	0.858	-0.168	0.2643	0.5592	-0.1927	0.589	-0.0589	0.1111	0.2034	0.0009	-0.0116	-0.03	-0.0776	0.074	0.0561	0.2274	0.0209	0.0045	0.2431	0.0173	0.2589	31.7806	81.9617	57.7627
4	0.8797	-0.0062	0.2022	0.596	0.0749	0.4116	-0.0029	-0.0288	-0.0545	0.001	0.0067	-0.0104	0.0558	-0.0361	0.0047	0.2453	0.0058	0.0012	0.235	0.0113	0.217	27.9945	64.4004	68.0474
5	0.4194	0.0785	0.0854	0.8975	0.2371	0.6392	-0.0486	-0.372	-0.2705	0.3623	0.0421	0.0899	0.214	-0.0364	0.0323	0.3859	-0.0211	0.0675	0.3498	0.1024	0.3573	18.2309	53.4128	82.0308
6	0.618	0.029	0.207	0.5377	0.154	0.5107	-0.0035	-0.2163	0.095	0.1899	0.004	0.0427	0.0201	-0.0782	-0.0012	0.3187	0.0258	0.0117	0.3163	-0.0345	0.2567	29.8329	76.4869	89.2802

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 27 through 89 )	A	27 - 89
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 90 through 127 )	A	90 - 127
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 128 through 282 )	A	128 - 282
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 283 through 448 )	A	283 - 448
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 449 through 503 )	A	449 - 503
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 504 through 645 )	A	504 - 645

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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