PDB-8h8p: Crystal structure of thiomorpholine-carboxylate dehydrogenase fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8h8p

タイトル

Crystal structure of thiomorpholine-carboxylate dehydrogenase from Candida parapsilosis.

要素

Thiomorpholine-carboxylate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Imine reduction / Ornithine cyclodeaminase / Mu-crystallin / Ketimine reductase

機能・相同性

Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin / Ornithine cyclodeaminase, N-terminal / Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin family / NAD(P)-binding domain superfamily / Ornithine cyclodeaminase

機能・相同性情報

生物種

Candida parapsilosis (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Uma Mahesh, M.V.N. / Abhishek, S. / Faidh, M.A. / Rajakumara, E. / Chadha, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and mechanism of a Ornithine cyclodeaminase/Mu-crystallin homolog purified from Candida parapsilosis ATCC 7330.
著者: Uma Mahesh, M.V.N. / Abhishek, S. / Faidh, M.A. / Rajakumara, E. / Chadha, A.

履歴

登録	2022年10月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8h8p.cif.gz	631.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8h8p.ent.gz	432.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8h8p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8h8p_validation.pdf.gz	483.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8h8p_full_validation.pdf.gz	498.7 KB	表示
XML形式データ	8h8p_validation.xml.gz	48.7 KB	表示
CIF形式データ	8h8p_validation.cif.gz	65.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/8h8p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/8h8p	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Thiomorpholine-carboxylate dehydrogenase

A: Thiomorpholine-carboxylate dehydrogenase

C: Thiomorpholine-carboxylate dehydrogenase

D: Thiomorpholine-carboxylate dehydrogenase

ヘテロ分子

168 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.755, 92.553, 169.864
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 0 through 1 or (resid 2...
d_2	ens_1	(chain "B" and ((resid 0 and (name N or name...
d_3	ens_1	(chain "C" and ((resid 0 and (name N or name...
d_4	ens_1	(chain "D" and ((resid 0 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	HIS	SER	A	2 - 85
d_1	2	ens_1	GLY	THR	A	92 - 306
d_1	3	ens_1	GLU	GLU	A	308
d_1	4	ens_1	SER	PHE	A	310 - 353
d_2	1	ens_1	HIS	SER	B	4 - 87
d_2	2	ens_1	GLY	THR	B	94 - 308
d_2	3	ens_1	GLU	GLU	B	310
d_2	4	ens_1	SER	PHE	B	312 - 355
d_3	1	ens_1	HIS	SER	C	1 - 84
d_3	2	ens_1	GLY	THR	C	91 - 305
d_3	3	ens_1	GLU	GLU	C	307
d_3	4	ens_1	SER	PHE	C	309 - 352
d_4	1	ens_1	HIS	SER	D	1 - 84
d_4	2	ens_1	GLY	THR	D	86 - 300
d_4	3	ens_1	GLU	GLU	D	302
d_4	4	ens_1	SER	PHE	D	304 - 347

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.0477248030135, 0.990874780982, 0.126053606021), (0.995218698437, -0.0579371802043, 0.0786322162469), (0.0852178705392, 0.121698198687, -0.988902150355)	-14.7085863558, 28.8327305884, -121.121941161
2	given	(-0.331359251064, -0.693598521561, 0.639626561067), (-0.800037430144, -0.152808990989, -0.580163358582), (0.500141137183, -0.703967686163, -0.504270105932)	-19.1195772747, -85.1436092114, -83.3795528092
3	given	(-0.685260483672, -0.21259216885, -0.696579241193), (-0.242985107269, -0.834909432332, 0.493846613281), (-0.686568501435, 0.507671950719, 0.52047371047)	-110.641189118, -5.22333562611, -48.4206752826

-
タンパク質 , 1種, 4分子 BACD

#1: タンパク質	Thiomorpholine-carboxylate dehydrogenase 分子量: 41465.273 Da / 分子数: 4 / 変異: S199L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida parapsilosis (酵母) / 株: CDC 317 / ATCC MYA-4646 / 遺伝子: CPAR2_804260 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G8BA04

-
非ポリマー , 5種, 83分子

#2: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100mM Tris-Cl, 75mM MgCl2, 300mM NaCl, 100mM Sodium pyruvate, 30% PEG 3350, 0.5mM Beta-mercaptoethanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97895 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2021年10月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97895 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→22.84 Å / Num. obs: 46859 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 52.18 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.0898 / Net I/σ(I): 17.02
反射シェル	解像度: 2.5→2.589 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.9996 / Mean I/σ(I) obs: 1.69 / Num. unique obs: 4586 / CC_1/2: 0.585 / % possible all: 99.96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定
Coot	0.9	モデル構築
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PHENIX	1.19.2_4158	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold2

解像度: 2.5→22.84 Å / SU ML: 0.3693 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.9409
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2454	1995	4.27 %	Random selection
R_work	0.2186	85212	-	-
obs	0.2198	46841	99.83 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→22.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10260	0	98	51	10409

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0025	10518
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.543	14321
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0452	1742
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0036	1843
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.7182	3573

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.646061689004
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.620274633074
ens_1	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.590003297906

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.53	0.3471	142	0.342	3091	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.53-2.56	0.3413	140	0.332	3226	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.56-2.6	0.332	142	0.326	3125	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.6-2.64	0.3416	143	0.3216	3181	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.68	0.3218	142	0.3082	3179	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.68-2.72	0.3488	144	0.3019	3135	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.76	0.3402	139	0.3098	3143	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.76-2.81	0.3228	139	0.2922	3199	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.86	0.3378	141	0.281	3116	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-2.92	0.3487	144	0.2753	3205	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-2.98	0.2589	142	0.2812	3146	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.04	0.2956	139	0.2623	3145	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.04-3.11	0.3025	142	0.257	3163	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.11-3.19	0.3133	141	0.256	3161	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.19-3.27	0.3106	140	0.2526	3151	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.37	0.2857	142	0.2439	3143	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.37-3.48	0.2244	146	0.2203	3195	X-RAY DIFFRACTION	100
3.48-3.6	0.2144	137	0.1962	3133	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.6-3.75	0.2275	143	0.1871	3162	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.75-3.92	0.2361	139	0.1896	3188	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.92-4.12	0.2668	134	0.1832	3137	X-RAY DIFFRACTION	99.88
4.12-4.38	0.2116	139	0.1768	3164	X-RAY DIFFRACTION	99.85
4.38-4.71	0.1731	145	0.1682	3168	X-RAY DIFFRACTION	99.58
4.71-5.18	0.2089	140	0.1781	3139	X-RAY DIFFRACTION	99.76
5.18-5.92	0.2429	143	0.2189	3164	X-RAY DIFFRACTION	99.91
5.92-7.42	0.2219	137	0.2256	3160	X-RAY DIFFRACTION	100
7.42-22.84	0.1674	134	0.1742	3093	X-RAY DIFFRACTION	97.46

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.79621798293	0.0209219082676	1.30222359969	1.45190000516	-0.0976365231435	1.21470499668	0.101616940891	0.0343210420667	0.250850894181	-0.188576341365	-0.0453155510678	-0.250884291114	0.0286835056313	-0.0802724342067	-0.0168861843622	0.409909673036	-0.0941625863581	-0.0144356811959	0.427822733347	0.02923916597	0.446640838374	-31.1307724875	13.8652848709	-85.4317729213
2	1.02605826822	-0.801423891513	0.532207755832	1.05588067337	0.0599378741405	3.03251626037	0.0227202601478	-0.143772709507	0.187079466085	-0.115166580488	0.0240744620226	0.0262191117116	-0.0156409742868	-0.222292093433	-0.0304728433837	0.431358289805	-0.0805046495297	-0.0169712028147	0.412668140153	-0.0338500454542	0.374828002487	-43.0105173071	11.5342473629	-85.3904821362
3	1.16350000854	-0.788839488377	0.92326465229	0.331054526198	-0.0959061207727	2.34460395858	0.0744184861781	0.310164497192	0.152040204656	-0.114370133403	-0.0724492108827	-0.208152784485	0.320169867627	0.228607562787	-0.000154561437998	0.490093649641	-0.1398198352	0.00174212614253	0.413110149864	0.0258810653083	0.489845546772	-27.338541753	3.96485474728	-81.5633614869
4	1.76399650634	-0.856340338228	-0.0830260714513	2.48273462508	-0.832241589363	2.74098933678	-0.326351351891	-0.439990760736	-0.357375723027	0.473539682303	0.37359996368	0.340487922001	0.0787732597596	-0.356641599759	-0.144459058252	0.417017111405	-0.0184883907585	-0.0248968724102	0.476893639991	0.0667210755218	0.337427858847	-68.6073799279	-23.2513147333	-57.7720278075
5	2.24947219984	-1.94174299923	-1.20335041271	2.51703289822	0.634658473166	1.63337221493	0.157519550548	-0.186763194177	0.194189293373	-0.0607587576267	0.302820615801	-0.265290801177	-0.0364305947363	0.151306559926	-0.451110330196	0.398246881533	-0.020814779077	-0.00727353126351	0.336582991099	-0.0378995835939	0.457370971611	-51.5302973632	-23.1025316253	-66.9357794113
6	0.741306737844	-0.46996231198	0.494270289631	1.24245433944	-0.0780778226747	1.22998950685	-0.0957489488762	0.0140532184494	-0.106930606512	0.0453976220474	0.0571398723751	0.197028213302	-0.00691474656016	-0.106327378178	0.0390135164303	0.302961720773	-0.0621002085884	-0.0246188118628	0.620467535193	0.00596393831952	0.430882848445	-74.341697416	-13.0702856041	-69.1401541617
7	1.10977929091	-0.26586110789	-0.201752403505	3.11865634928	0.187882674335	1.8832621502	-0.0290318068779	-0.110183965245	0.0765762838498	0.0427982755728	0.196402543083	0.0128751210655	-0.268852505063	-0.0523355321992	-0.152517118449	0.308684763594	0.0383745396542	-0.0167942938261	0.481234553397	-0.00816453850311	0.341085144488	-64.3143425648	-5.09378309731	-64.8425412219
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 105 through 175 )	A	A	105 - 175	107 - 177
2	2	chain 'A' and (resid 176 through 302 )	A	A	176 - 302	178 - 304
3	3	chain 'A' and (resid 303 through 351 )	A	A	303 - 351	305 - 353
4	4	chain 'C' and (resid 0 through 39 )	C	C - D	0 - 39	1 - 40
5	5	chain 'C' and (resid 40 through 104 )	C	D	40 - 104	41 - 105
6	6	chain 'C' and (resid 105 through 202 )	C	D	105 - 202	106 - 203
7	7	chain 'C' and (resid 203 through 351 )	C	D	203 - 351	204 - 352
8	8	chain 'D' and (resid 0 through 39 )	D	D	0 - 39	1 - 40
9	9	chain 'D' and (resid 40 through 104 )	D	D	40 - 104	41 - 100
10	10	chain 'D' and (resid 105 through 219 )	D	D	105 - 219	101 - 215
11	11	chain 'D' and (resid 220 through 281 )	D	D	220 - 281	216 - 277
12	12	chain 'D' and (resid 282 through 316 )	D	D	282 - 316	278 - 312
13	13	chain 'D' and (resid 317 through 351 )	D	D	317 - 351	313 - 347
14	14	chain 'B' and (resid -3 through 16 )	B	A	-3 - 16	1 - 20
15	15	chain 'B' and (resid 17 through 37 )	B	A	17 - 37	21 - 41
16	16	chain 'B' and (resid 38 through 148 )	B	A	38 - 148	42 - 152
17	17	chain 'B' and (resid 149 through 206 )	B	A	149 - 206	153 - 210
18	18	chain 'B' and (resid 207 through 302 )	B	A	207 - 302	211 - 306
19	19	chain 'B' and (resid 303 through 351 )	B	A	303 - 351	307 - 355
20	20	chain 'A' and (resid -1 through 39 )	A	A	-1 - 39	1 - 41
21	21	chain 'A' and (resid 40 through 104 )	A	A	40 - 104	42 - 106

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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データ収集

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)