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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8h8f | ||||||
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タイトル | Structure of Xenopus tropicalis acid-sensitive outwardly rectifying channel ASOR (resting state) | ||||||
要素 | Proton-activated chloride channel | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Chloride Channel | ||||||
機能・相同性 | pH-gated chloride channel activity / TMEM206 protein / TMEM206 protein family / chloride transport / chloride channel complex / plasma membrane / Proton-activated chloride channel 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å | ||||||
データ登録者 | Chi, P. / Wang, X. / Li, J. / Li, K. / Zhang, Y. / Geng, J. / Wu, J. / Deng, D. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2024 タイトル: Molecular insights into the inhibition of proton-activated chloride channel by transfer RNA. 著者: Pengliang Chi / Xiang Wang / Jialu Li / Hui Yang / Kaiju Li / Yuqi Zhang / Shiyi Lin / Leiye Yu / Shiqi Liu / Lu Chen / Ruobing Ren / Jianping Wu / Zhuo Huang / Jia Geng / Dong Deng / | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8h8f.cif.gz | 163.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8h8f.ent.gz | 128.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8h8f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8h8f_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8h8f_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8h8f_validation.xml.gz | 35.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8h8f_validation.cif.gz | 49.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/8h8f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/8h8f | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 34545MC 8h8dC 8h8eC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41031.789 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル) 遺伝子: pacc1, tmem206 / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q0V9Z3 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex of Xenopus tropical acid-sensitive outwardly rectifying channel ASOR trimer and tRNA in GDN タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 172281 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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