PDB-8h7j: The crystal structure of CD163 SRCR5-9

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8h7j

タイトル

The crystal structure of CD163 SRCR5-9

要素

Scavenger receptor cysteine-rich type 1 protein M130

キーワード

ENDOCYTOSIS / CD163 / arterivirus receptor / SRCR / long-range SRCR repeat / putative arterivirus interaction domains

機能・相同性

機能・相同性情報

zymogen activation / acute-phase response / virus receptor activity / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Sus scrofa (ブタ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Luo, Z.P. / Li, R. / Ma, H.F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of CD163 SRCR5-9
著者: Ma, H.F. / Li, R. / Luo, Z.P.

履歴

登録	2022年10月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8h7j.cif.gz	131.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8h7j.ent.gz	95.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8h7j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8h7j_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8h7j_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8h7j_validation.xml.gz	22.1 KB	表示
CIF形式データ	8h7j_validation.cif.gz	31 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/8h7j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/8h7j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5jfbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Scavenger receptor cysteine-rich type 1 protein M130

ヘテロ分子

62.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.328, 60.085, 85.424
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.120, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

Scavenger receptor cysteine-rich type 1 protein M130

分子量: 60516.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: CD163, M130
発現宿主:

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q2VL90

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-2-2-3/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c3-d1_c6-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20% PEG 4000, 0.15M potassium sodium tartrate tetra-hydrate pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 20350 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.139 / R_pim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 21.1
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 1.552 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1962 / CC_1/2: 0.761 / R_pim(I) all: 0.779 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5JFB

5jfb

解像度: 2.5→48.487 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 8.676 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.026 / ESU R Free: 0.268 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2123	936	4.811 %
R_work	0.1822	18519	-
all	0.184	-	-
obs	-	19455	94.031 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.455 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.066 Å²	-0 Å²	0.067 Å²
2-	-	-0.411 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.297 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.487 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4130	0	156	111	4397

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	4415
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.016	3670
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.437	1.648	6004
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.552	1.57	8612
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.683	5	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.186	5	27
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.889	10	640
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.669	10	188
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	656
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.019	0.02	5083
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.017	0.02	858
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.146	0.2	583
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	3283
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	2148
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.1	0.2	2203
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	123
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.041	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.194	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.169	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	9.908	11.961	2219
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	9.885	11.96	2219
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	12.185	22.392	2772
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	12.184	22.396	2773
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	12.502	13.634	2196
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	12.499	13.637	2197
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	15.447	24.803	3232
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	15.444	24.806	3233
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	16.699	120.513	17963
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	16.707	120.56	17930

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.561	0.287	46	0.221	911	X-RAY DIFFRACTION	64.1421
2.561-2.631	0.227	61	0.215	1167	X-RAY DIFFRACTION	82.638
2.631-2.707	0.26	62	0.207	1229	X-RAY DIFFRACTION	89.4664
2.707-2.79	0.263	63	0.201	1248	X-RAY DIFFRACTION	95.0689
2.79-2.882	0.21	59	0.182	1275	X-RAY DIFFRACTION	98.0882
2.882-2.982	0.263	64	0.181	1226	X-RAY DIFFRACTION	98.9264
2.982-3.095	0.247	51	0.187	1193	X-RAY DIFFRACTION	98.8871
3.095-3.22	0.221	69	0.172	1143	X-RAY DIFFRACTION	97.8998
3.22-3.363	0.253	52	0.18	1085	X-RAY DIFFRACTION	96.6837
3.363-3.526	0.164	59	0.167	1048	X-RAY DIFFRACTION	99.5504
3.526-3.716	0.17	52	0.165	1021	X-RAY DIFFRACTION	99.6286
3.716-3.94	0.207	48	0.16	947	X-RAY DIFFRACTION	99.2024
3.94-4.21	0.17	50	0.155	896	X-RAY DIFFRACTION	99.1614
4.21-4.544	0.154	43	0.156	827	X-RAY DIFFRACTION	98.3051
4.544-4.974	0.18	33	0.152	771	X-RAY DIFFRACTION	96.6346
4.974-5.553	0.211	31	0.184	714	X-RAY DIFFRACTION	99.866
5.553-6.398	0.297	36	0.228	624	X-RAY DIFFRACTION	100
6.398-7.803	0.214	23	0.206	531	X-RAY DIFFRACTION	98.227

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関連情報:EMDBヘッダ

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