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万見
- PDB-8h7g: Cryo-EM structure of the human SAGA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h7g
タイトルCryo-EM structure of the human SAGA complex
要素
  • (Splicing factor 3B subunit ...) x 2
  • (Transcription ...) x 5
  • Ataxin-7
  • STAGA complex 65 subunit gamma
  • TAF5-like RNA polymerase II p300/CBP-associated factor-associated factor 65 kDa subunit 5L
  • TAF6-like RNA polymerase II p300/CBP-associated factor-associated factor 65 kDa subunit 6L
  • Transcriptional adapter 1
  • Transformation/transcription domain-associated protein
  • Unassigned sequence
キーワードTRANSCRIPTION / epigenetics
機能・相同性
機能・相同性情報


SAGA-type complex / regulation of somatic stem cell population maintenance / SAGA complex assembly / lateral mesodermal cell differentiation / allantois development / pre-snoRNP complex / transcription factor TFTC complex / SLIK (SAGA-like) complex / Swr1 complex / negative regulation of microtubule depolymerization ...SAGA-type complex / regulation of somatic stem cell population maintenance / SAGA complex assembly / lateral mesodermal cell differentiation / allantois development / pre-snoRNP complex / transcription factor TFTC complex / SLIK (SAGA-like) complex / Swr1 complex / negative regulation of microtubule depolymerization / hepatocyte differentiation / U12-type spliceosomal complex / positive regulation of response to cytokine stimulus / maintenance of protein location in nucleus / RNA splicing, via transesterification reactions / regulation of double-strand break repair / C2H2 zinc finger domain binding / splicing factor binding / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type spliceosomal complex / U2-type prespliceosome assembly / RNA polymerase binding / limb development / box C/D snoRNP assembly / SAGA complex / U2 snRNP / transcription preinitiation complex / response to L-glutamate / precatalytic spliceosome / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / DNA repair-dependent chromatin remodeling / nucleus organization / NuA4 histone acetyltransferase complex / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / regulation of RNA splicing / mRNA Splicing - Minor Pathway / MLL1 complex / histone deacetylase complex / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / U2 snRNA binding / embryonic placenta development / somitogenesis / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / regulation of DNA repair / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / gastrulation / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / catalytic step 2 spliceosome / visual perception / mRNA Splicing - Major Pathway / response to interleukin-1 / RNA splicing / TBP-class protein binding / male germ cell nucleus / nuclear estrogen receptor binding / transcription coregulator activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / spliceosomal complex / DNA-templated transcription initiation / mRNA transcription by RNA polymerase II / promoter-specific chromatin binding / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of protein catabolic process / mRNA splicing, via spliceosome / autophagy / microtubule cytoskeleton organization / multicellular organism growth / nuclear matrix / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / p53 binding / nucleosome / HATs acetylate histones / microtubule cytoskeleton / ATPase binding / regulation of apoptotic process / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / regulation of cell cycle / Ub-specific processing proteases / protein stabilization / nuclear speck / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / focal adhesion / apoptotic process / DNA damage response
類似検索 - 分子機能
TFIID subunit TAF5, NTD2 domain / STAGA complex 65 subunit gamma / : / Transcriptional coactivator Hfi1/Transcriptional adapter 1 / Transcriptional regulator of RNA polII, SAGA, subunit / Transcription factor Spt20 / Spt20-like, SEP domain / Spt20, SEP domain / SCA7 domain / SCA7, zinc-binding domain ...TFIID subunit TAF5, NTD2 domain / STAGA complex 65 subunit gamma / : / Transcriptional coactivator Hfi1/Transcriptional adapter 1 / Transcriptional regulator of RNA polII, SAGA, subunit / Transcription factor Spt20 / Spt20-like, SEP domain / Spt20, SEP domain / SCA7 domain / SCA7, zinc-binding domain / SCA7 domain profile. / Tra1, HEAT repeat ring region / Tra1, HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat ring region / Transcription initiation factor IID, subunit 13 / Transcription initiation factor IID, 18kD subunit / : / Transcription initiation factor IID, 31kD subunit / Bromodomain associated / Bromodomain transcription factors and PHD domain containing proteins / Bromodomain associated domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Transcription initiation factor TFIID subunit A / TFIID subunit TAF5, NTD2 domain superfamily / WD40 associated region in TFIID subunit, NTD2 domain / Transcription initiation factor TAFII31 / TATA box binding protein associated factor (TAF) / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 domain / TFIID subunit TAF5, NTD2 domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / TAF6, C-terminal HEAT repeat domain superfamily / TAF6 C-terminal HEAT repeat domain / TAF6, C-terminal HEAT repeat domain / Transcription initiation factor TFIID 23-30kDa subunit / Transcription initiation factor TFIID, 23-30kDa subunit / Splicing factor 3B, subunit 5 / Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3B subunit 10 (SF3b10) / : / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Histone, subunit A / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / Histone, subunit A / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Histone-fold / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / WD domain, G-beta repeat / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ataxin-7 / Transcription initiation protein SPT3 homolog / TAF5-like RNA polymerase II p300/CBP-associated factor-associated factor 65 kDa subunit 5L / STAGA complex 65 subunit gamma / Transcription initiation factor TFIID subunit 10 / Splicing factor 3B subunit 3 / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Transcription initiation factor TFIID subunit 9 / Transcription factor SPT20 homolog / Transcriptional adapter 1 ...Ataxin-7 / Transcription initiation protein SPT3 homolog / TAF5-like RNA polymerase II p300/CBP-associated factor-associated factor 65 kDa subunit 5L / STAGA complex 65 subunit gamma / Transcription initiation factor TFIID subunit 10 / Splicing factor 3B subunit 3 / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Transcription initiation factor TFIID subunit 9 / Transcription factor SPT20 homolog / Transcriptional adapter 1 / Splicing factor 3B subunit 5 / Transformation/transcription domain-associated protein / TAF6-like RNA polymerase II p300/CBP-associated factor-associated factor 65 kDa subunit 6L
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Huang, J. / Zhang, Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of human SAGA transcriptional coactivator complex.
著者: Yuzhu Zhang / Changping Yin / Yue Yin / Mengqi Wei / Wei Jing / Chao Peng / Zhengjun Chen / Jing Huang /
履歴
登録2022年10月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Transformation/transcription domain-associated protein
A: Splicing factor 3B subunit 3
B: Splicing factor 3B subunit 5
D: Transcription factor SPT20 homolog
E: Transcription initiation protein SPT3 homolog
G: Transcriptional adapter 1
H: TAF5-like RNA polymerase II p300/CBP-associated factor-associated factor 65 kDa subunit 5L
I: STAGA complex 65 subunit gamma
K: TAF6-like RNA polymerase II p300/CBP-associated factor-associated factor 65 kDa subunit 6L
M: Transcription initiation factor TFIID subunit 9
O: Transcription initiation factor TFIID subunit 10
R: Transcription initiation factor TFIID subunit 12
X: Unassigned sequence
L: Ataxin-7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,098,28114
ポリマ－1,098,28114
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 6種, 6分子 CGHIKL

#1: タンパク質 Transformation/transcription domain-associated protein / 350/400 kDa PCAF-associated factor / PAF350/400 / STAF40 / Tra1 homolog


分子量: 438139.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y4A5
#6: タンパク質 Transcriptional adapter 1 / SPT3-associated factor 42 / STAF42 / Transcriptional adapter 1-like protein


分子量: 41797.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Author stated that the 1-39 residues in entity 6 is from the 3xFlag tag and a 3C protease cleavage site
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TADA1, TADA1L / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96BN2
#7: タンパク質 TAF5-like RNA polymerase II p300/CBP-associated factor-associated factor 65 kDa subunit 5L / TAF5L / PCAF-associated factor 65 beta / PAF65-beta


分子量: 66223.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75529
#8: タンパク質 STAGA complex 65 subunit gamma / Adenocarcinoma antigen ART1 / SPTF-associated factor 65 gamma / STAF65gamma / Suppressor of Ty 7-like


分子量: 50705.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Author stated that a twin-strep tag and a TEV cleavage site was included C-terminal
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUPT7L, KIAA0764 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O94864
#9: タンパク質 TAF6-like RNA polymerase II p300/CBP-associated factor-associated factor 65 kDa subunit 6L / TAF6L / PCAF-associated factor 65-alpha / PAF65-alpha


分子量: 67903.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y6J9
#14: タンパク質 Ataxin-7 / Spinocerebellar ataxia type 7 protein


分子量: 95597.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15265

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Splicing factor 3B subunit ... , 2種, 2分子 AB

#2: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 3 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 130 kDa subunit / SF3b130 / STAF130 / Spliceosome-associated protein ...Pre-mRNA-splicing factor SF3b 130 kDa subunit / SF3b130 / STAF130 / Spliceosome-associated protein 130 / SAP 130


分子量: 135718.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15393
#3: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 5 / SF3b5 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 10 kDa subunit


分子量: 10149.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BWJ5

-
Transcription ... , 5種, 5分子 DEMOR

#4: タンパク質 Transcription factor SPT20 homolog / p38-interacting protein / p38IP


分子量: 85884.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NEM7
#5: タンパク質 Transcription initiation protein SPT3 homolog / SPT3-like protein


分子量: 35840.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75486
#10: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 9 / RNA polymerase II TBP-associated factor subunit G / STAF31/32 / Transcription initiation factor ...RNA polymerase II TBP-associated factor subunit G / STAF31/32 / Transcription initiation factor TFIID 31 kDa subunit / TAFII-31 / TAFII31 / Transcription initiation factor TFIID 32 kDa subunit / TAFII-32 / TAFII32


分子量: 29006.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16594
#11: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 10 / STAF28 / Transcription initiation factor TFIID 30 kDa subunit / TAF(II)30 / TAFII-30 / TAFII30


分子量: 21731.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q12962
#12: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Transcription initiation factor TFIID 20/15 kDa subunits / TAFII-20/TAFII-15 / TAFII20/TAFII15


分子量: 17948.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16514

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 X

#13: タンパク質・ペプチド Unassigned sequence


分子量: 1635.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Author stated that the EM density could not allow model building with confident chain identity
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: human SAGA transcriptional coactivator complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 1.4 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 378168 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 41.07 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002153691
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.510772676
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03868304
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0049242
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.46277102

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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