PDB-8h7e: Crystal structure of a de novo enzyme, ferric enterobactin estera...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8h7e

タイトル

Crystal structure of a de novo enzyme, ferric enterobactin esterase Syn-F4 (K4T) at 2.0 angstrom resolution

要素

De novo ferric enterobactin esterase Syn-F4

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Binary patterned library / De novo enzyme / Dimeric 4-helix bundle / Ferric enterobactin esterase

機能・相同性

ACETATE ION

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kurihara, K. / Umezawa, K. / Donnelly, A.E. / Hecht, M.H. / Arai, R.

資金援助

日本,

米国, 3件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP19H02522, JP17KK0104, JP16K05841, JP16H00761, JP24780097	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	Invitational Fellowship S18035	日本
National Science Foundation (NSF, United States)	MCB-1947720	米国

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Crystal structure and activity of a de novo enzyme, ferric enterobactin esterase Syn-F4.
著者: Kurihara, K. / Umezawa, K. / Donnelly, A.E. / Sperling, B. / Liao, G. / Hecht, M.H. / Arai, R.

履歴

登録	2022年10月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8h7e.cif.gz	55.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8h7e.ent.gz	38.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8h7e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/8h7e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/8h7e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8h7cSC 8h7dC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: De novo ferric enterobactin esterase Syn-F4

B: De novo ferric enterobactin esterase Syn-F4

ヘテロ分子

25 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, Dimer, light scattering, Dimer

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.342, 61.391, 135.729
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- ACT
2	1	A-337- HOH

#1: タンパク質	De novo ferric enterobactin esterase Syn-F4 分子量: 12481.063 Da / 分子数: 2 / 変異: K4T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 遺伝子: synF4 / プラスミド: pCA24N / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: iron(III)-enterobactin esterase
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.73 % / 解説: Plate-like crystal
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.9 詳細: 0.1M Tris, 0.2M ammonium acetate, 15% PEG 3350 (After crystallization, ferric enterobactin was added.)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月23日 / 詳細: Focusing Mirror

放射

モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 12201 / % possible obs: 88.3 % / 冗長度: 11.6 % / R_merge(I) obs: 0.104 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.109 / Χ²: 0.955 / Net I/σ(I): 5.4 / Num. measured all: 141588

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2-2.03	9.6	0.664	414	0.839	0.218	0.701	0.718	59.9
2.03-2.07	9.4	0.603	390	0.876	0.198	0.636	0.758	59.2
2.07-2.11	9.7	0.57	442	0.887	0.182	0.6	0.77	65.2
2.11-2.15	10.5	0.429	494	0.974	0.133	0.451	0.844	69.5
2.15-2.2	9.9	0.426	472	0.96	0.136	0.448	0.805	72.6
2.2-2.25	10.4	0.363	531	0.962	0.114	0.382	0.778	78.4
2.25-2.31	10.7	0.32	549	0.984	0.098	0.335	0.849	80.6
2.31-2.37	10.8	0.328	595	0.975	0.1	0.344	0.871	87.1
2.37-2.44	11.3	0.275	649	0.987	0.083	0.288	0.956	93.4
2.44-2.52	11.3	0.272	653	0.988	0.081	0.284	0.92	98
2.52-2.61	11.6	0.239	689	0.991	0.071	0.249	0.961	99.4
2.61-2.71	11.7	0.214	680	0.992	0.065	0.224	0.943	99.6
2.71-2.84	12.4	0.178	672	0.994	0.052	0.185	0.998	99.6
2.84-2.99	13.2	0.161	711	0.997	0.046	0.167	1.113	99.7
2.99-3.17	13.3	0.145	674	0.997	0.041	0.151	1.067	100
3.17-3.42	12.7	0.116	694	0.998	0.034	0.121	1.166	100
3.42-3.76	12.2	0.101	694	0.997	0.03	0.105	1.157	100
3.76-4.31	13.2	0.089	720	0.998	0.025	0.093	1.14	100
4.31-5.43	12.2	0.077	707	0.997	0.022	0.08	1.035	100
5.43-50	11.8	0.053	771	1	0.016	0.056	0.64	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8H7C

8h7c

解像度: 2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.877 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.341 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26624	538	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21714	-	-	-
obs	0.21967	9988	76.38 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.875 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.05 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1567	0	4	75	1646

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	1622
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	1567
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.235	1.899	2188
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.523	3	3556
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.724	5	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.735	24.22	109
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.696	15	300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.636	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	237
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1867
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	451
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.983	3.268	728
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.968	3.263	727
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.204	4.852	904
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.209	4.857	905
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.514	3.741	893
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.513	3.741	893
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.255	5.486	1283
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.553	26.144	1847
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.544	26.142	1844
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.182	27	-
R_work	0.186	379	-
obs	-	-	39.34 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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