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- PDB-8h79: The crystal structure of cyanorhodopsin-II (CyR-II) P7104R from N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h79
タイトルThe crystal structure of cyanorhodopsin-II (CyR-II) P7104R from Nodosilinea nodulosa PCC 7104
要素cyanorhodopsin-II (CyR-II) P7104R
キーワードMEMBRANE PROTEIN / RETINAL CELL-FREE SYNTHESIS Bacterial type rhodopsin Cyanobacteria
機能・相同性TETRADECANE / HEXANE / N-OCTANE / HEXADECANE / RETINAL
機能・相同性情報
生物種Nodosilinea nodulosa PCC 7104 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Hosaka, T. / Kimura-Someya, T. / Shirouzu, M.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17K07324 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H05450 日本
引用ジャーナル: Isme J / 年: 2024
タイトル: Cyanorhodopsin-II represents a yellow-absorbing proton-pumping rhodopsin clade within cyanobacteria.
著者: Hasegawa-Takano, M. / Hosaka, T. / Kojima, K. / Nishimura, Y. / Kurihara, M. / Nakajima, Y. / Ishizuka-Katsura, Y. / Kimura-Someya, T. / Shirouzu, M. / Sudo, Y. / Yoshizawa, S.
履歴
登録2022年10月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cyanorhodopsin-II (CyR-II) P7104R
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,25214
ポリマ－28,4171
非ポリマー1,83513
水82946
1
A: cyanorhodopsin-II (CyR-II) P7104R
ヘテロ分子

A: cyanorhodopsin-II (CyR-II) P7104R
ヘテロ分子

A: cyanorhodopsin-II (CyR-II) P7104R
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,75642
ポリマ－85,2523
非ポリマー5,50439
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area15940 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area29890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.150, 63.150, 117.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
詳細There is no clear evidence that the assembly should be a monomer or trimer.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 cyanorhodopsin-II (CyR-II) P7104R


分子量: 28417.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Sequence has been deposited to Genbank with accession number WP_017301364.1
由来: (組換発現) Nodosilinea nodulosa PCC 7104 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 9種, 59分子

#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-HEX / HEXANE / ヘキサン


分子量: 86.175 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14
#5: 化合物 ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#6: 化合物 ChemComp-C14 / TETRADECANE / テトラデカン


分子量: 198.388 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30
#7: 化合物 ChemComp-R16 / HEXADECANE / ヘキサデカン


分子量: 226.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34
#8: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.8 / 詳細: 100mM HEPES, 46% PEG 400, 400mM lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→49.6 Å / Num. obs: 17190 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.407 % / Biso Wilson estimate: 27.86 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.227 / Rrim(I) all: 0.236 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 10.25 / Num. measured all: 213269 / Scaling rejects: 495
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.07-2.212.3941.6451.835002282528240.6231.716100
2.2-2.3512.5981.1442.6931747252025200.7811.192100
2.35-2.5412.6620.7654.0530427240424030.9070.797100
2.54-2.7812.5260.476.2127444219121910.9650.49100
2.78-3.112.1230.2939.3923871196919690.9840.306100
3.1-3.5911.3210.19613.3420728183118310.9910.205100
3.59-4.3912.7280.08725.0119321151915180.9980.09199.9
4.39-6.2113.2340.07530.516066123212140.9980.07898.5
6.21-49.612.0320.0531.9786637267200.9970.05399.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1C3W

1c3w


解像度: 2.07→49.6 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2477 1718 10 %
Rwork0.2029 15468 -
obs0.2072 17186 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 78.47 Å2 / Biso mean: 29.5547 Å2 / Biso min: 13.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.07→49.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1874 0 125 46 2045
Biso mean--36.5 35.23 -
残基数----236
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.07-2.130.27971380.237812591397100
2.13-2.20.2741420.206812831425100
2.2-2.280.25931380.198212591397100
2.28-2.370.26661440.194612551399100
2.37-2.480.25241400.173712691409100
2.48-2.610.23081420.168612841426100
2.61-2.770.23311440.178612741418100
2.77-2.990.22121470.162712761423100
2.99-3.290.23721450.209412971442100
3.29-3.760.21341400.190412951435100
3.76-4.740.24721460.20851310145699
4.74-49.60.27911520.243214071559100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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