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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8h72 | ||||||
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タイトル | Class I sesquiterpene synthase DbPROS (complex) | ||||||
要素 | Delta(6)-protoilludene synthase K435DRAFT_659367 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / class I sesquiterpene synthase DbPROS (complex) | ||||||
機能・相同性 | Delta6-protoilludene synthase / Terpene cyclase-like 2 / Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Isoprenoid synthase domain superfamily / lyase activity / metal ion binding / N-benzyl-N,N-diethylethanaminium / Delta(6)-protoilludene synthase K435DRAFT_659367 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Dendrothele bispora | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å | ||||||
データ登録者 | Lou, T.T. / Ma, M. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023 タイトル: Structural Insights into Three Sesquiterpene Synthases for the Biosynthesis of Tricyclic Sesquiterpenes and Chemical Space Expansion by Structure-Based Mutagenesis. 著者: Lou, T. / Li, A. / Xu, H. / Pan, J. / Xing, B. / Wu, R. / Dickschat, J.S. / Yang, D. / Ma, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8h72.cif.gz | 159.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8h72.ent.gz | 121.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8h72.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8h72_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8h72_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8h72_validation.xml.gz | 30.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8h72_validation.cif.gz | 46.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/8h72 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/8h72 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8h4pC 8h6qC 8h6uC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41437.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Dendrothele bispora (strain CBS 962.96) (菌類) 遺伝子: K435DRAFT_659367 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4S8MAF3, Delta6-protoilludene synthase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.51 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 23% w/v PEG 3350, 0.1 M Bistris propane, 200 mM Sodium fluoride, pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.09→53.56 Å / Num. obs: 43108 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 10.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.09→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.475 / Num. unique obs: 3154 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Alphafold 2 prediction 解像度: 2.09→53.56 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.74 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.09→53.56 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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