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万見
- PDB-8h6r: LW Domain of Arabidopsis thaliana TFIIS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h6r
タイトルLW Domain of Arabidopsis thaliana TFIIS
要素Transcription elongation factor TFIIS
キーワードTRANSCRIPTION / transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


seed dormancy process / negative regulation of flower development / response to gibberellin / seed germination / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / translation elongation factor activity / transcription elongation by RNA polymerase II / DNA-templated transcription / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription elongation factor, TFIIS / Transcription elongation factor, IIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS), central domain / Domain in the central regions of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Transcription elongation factor S-II, central domain / Transcription elongation factor S-II, central domain superfamily / TFIIS central domain profile. / Transcription elongation factor, TFIIS/CRSP70, N-terminal, sub-type / Domain in the N-terminus of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / TFIIS N-terminal domain profile. ...Transcription elongation factor, TFIIS / Transcription elongation factor, IIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS), central domain / Domain in the central regions of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Transcription elongation factor S-II, central domain / Transcription elongation factor S-II, central domain superfamily / TFIIS central domain profile. / Transcription elongation factor, TFIIS/CRSP70, N-terminal, sub-type / Domain in the N-terminus of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / TFIIS N-terminal domain profile. / Transcription factor IIS, N-terminal / TFIIS helical bundle-like domain / TFIIS/LEDGF domain superfamily / Zinc finger TFIIS-type signature. / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription elongation factor TFIIS
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Wang, Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: LW Domain of Arabidopsis thaliana TFIIS
著者: Wang, Y.
履歴
登録2022年10月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription elongation factor TFIIS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4111
ポリマ－9,4111
非ポリマー00
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.375, 65.375, 52.446
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Space group name HallP61
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Transcription elongation factor TFIIS / Protein REDUCED DORMANCY 2


分子量: 9410.918 Da / 分子数: 1 / 断片: LW Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: TFIIS, RDO2, At2g38560
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9ZVH8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.22 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris, 0.2 M sodium trihydrate, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→12.99 Å / Num. obs: 3963 / % possible obs: 99.57 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 36.15 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / Num. unique obs: 3963 / CC1/2: 0.882

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: predict structure

解像度: 2.6→12.99 Å / SU ML: 0.307 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.4968
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 387 9.77 %
Rwork0.2335 3576 -
obs0.2372 3963 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→12.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数653 0 0 27 680
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0048661
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5967893
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038110
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0035111
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.441988
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.970.28711280.30421184X-RAY DIFFRACTION98.8
2.97-3.730.33881280.25361175X-RAY DIFFRACTION100
3.73-12.990.22611310.19541217X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -26.3831924801 Å / Origin y: 0.870330105241 Å / Origin z: 0.113210949457 Å
111213212223313233
T0.249288144585 Å2-0.030283386991 Å2-0.0395016509974 Å2-0.175875295997 Å20.0528891582684 Å2--0.214604027333 Å2
L2.74042032971 °20.227196094339 °2-0.217358143798 °2-3.57205426338 °2-0.259539046187 °2--8.15942100734 °2
S0.169350642422 Å °-0.0300618006735 Å °0.120276373382 Å °-0.275443575869 Å °-0.112301731231 Å °-0.231388157341 Å °-0.377603485115 Å °0.403636623941 Å °-0.133143309617 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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