PDB-8h6q: Class I sesquiterpene synthase BCBOT2 (apo)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8h6q

タイトル

Class I sesquiterpene synthase BCBOT2 (apo)

要素

Presilphiperfolan-8-beta-ol synthase

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / class I sesquiterpene synthase BCBOT2 (apo)

機能・相同性

機能・相同性情報

presilphiperfolanol synthase / sesquiterpene synthase activity / sesquiterpene biosynthetic process / farnesyl diphosphate metabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Botrytis cinerea (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Lou, T.T. / Ma, M.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023
タイトル: Structural Insights into Three Sesquiterpene Synthases for the Biosynthesis of Tricyclic Sesquiterpenes and Chemical Space Expansion by Structure-Based Mutagenesis.
著者: Lou, T. / Li, A. / Xu, H. / Pan, J. / Xing, B. / Wu, R. / Dickschat, J.S. / Yang, D. / Ma, M.

履歴

登録	2022年10月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2023年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8h6q.cif.gz	300.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8h6q.ent.gz	240.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8h6q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/8h6q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/8h6q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8h4pC 8h6uC 8h72C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Presilphiperfolan-8-beta-ol synthase

B: Presilphiperfolan-8-beta-ol synthase

C: Presilphiperfolan-8-beta-ol synthase

D: Presilphiperfolan-8-beta-ol synthase

167 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.613, 116.611, 88.115
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.16, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Presilphiperfolan-8-beta-ol synthase / PSPS / Botrydial synthesis protein 2 / Calcineurin-dependent protein 15 / Sesquiterpene cyclase ...PSPS / Botrydial synthesis protein 2 / Calcineurin-dependent protein 15 / Sesquiterpene cyclase BOT2 / Sesquiterpene synthase BOT2 分子量: 41807.398 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Botrytis cinerea (菌類) / 遺伝子: BOT2, CND15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6WP50, presilphiperfolanol synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1523 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Presilphiperfolan-8-beta-ol synthase / PSPS / Botrydial synthesis protein 2 / Calcineurin-dependent protein 15 / Sesquiterpene cyclase ...

分子量: 41807.398 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Botrytis cinerea (菌類) / 遺伝子: BOT2, CND15 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6WP50, presilphiperfolanol synthase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1523 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.26 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M MgCl2, 0.1 M Sodium HEPES, 10% w/v PEG 4000, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 126269 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 2→2.04 Å / R_merge(I) obs: 0.507 / Num. unique obs: 6294

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Alphafold 2 prediction

解像度: 2→40.7 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1954	5326	5.01 %
R_work	0.1675	-	-
obs	0.1689	106371	99.02 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→40.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10494	0	0	1523	12017

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10999
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.748	14927
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.075	1472
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	1575
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1959

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.02	0.2361	178	0.2077	3258	X-RAY DIFFRACTION	97
2.02-2.05	0.2285	202	0.2073	3351	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.07	0.2213	178	0.1957	3387	X-RAY DIFFRACTION	99
2.07-2.1	0.2384	172	0.1872	3369	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.13	0.23	199	0.1814	3334	X-RAY DIFFRACTION	99
2.13-2.15	0.2069	186	0.1778	3323	X-RAY DIFFRACTION	98
2.15-2.19	0.2214	192	0.1729	3310	X-RAY DIFFRACTION	98
2.19-2.22	0.2111	179	0.1776	3280	X-RAY DIFFRACTION	96
2.22-2.25	0.2107	186	0.1739	3276	X-RAY DIFFRACTION	97
2.25-2.29	0.2072	169	0.1683	3368	X-RAY DIFFRACTION	99
2.29-2.33	0.1806	170	0.1737	3425	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.37	0.2046	163	0.1768	3370	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.42	0.2269	148	0.1726	3411	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.47	0.2129	154	0.1667	3387	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.52	0.1864	191	0.1654	3388	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.58	0.1598	177	0.1676	3394	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.64	0.2097	202	0.1696	3348	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.71	0.1966	165	0.1681	3409	X-RAY DIFFRACTION	99
2.71-2.79	0.2168	184	0.1607	3349	X-RAY DIFFRACTION	99
2.79-2.88	0.1873	186	0.1626	3362	X-RAY DIFFRACTION	99
2.88-2.99	0.1947	206	0.1712	3369	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.11	0.215	161	0.166	3441	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.25	0.203	190	0.1635	3415	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.42	0.1815	172	0.1682	3367	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.63	0.1923	165	0.1539	3409	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-3.91	0.158	158	0.146	3427	X-RAY DIFFRACTION	100
3.91-4.31	0.1421	157	0.1436	3217	X-RAY DIFFRACTION	94
4.31-4.93	0.1612	193	0.1488	3410	X-RAY DIFFRACTION	100
4.93-6.21	0.2119	153	0.1887	3453	X-RAY DIFFRACTION	100
6.21-40.7	0.2271	190	0.181	3438	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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