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万見
- PDB-8h5z: Crystal structure of RadD/ATP analogue complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h5z
タイトルCrystal structure of RadD/ATP analogue complex
要素Putative DNA repair helicase RadD
キーワードDNA BINDING PROTEIN / helicase superfamily 2 DNA repair ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


postreplication repair / response to ionizing radiation / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / DNA helicase / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / translation ...postreplication repair / response to ionizing radiation / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / DNA helicase / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / translation / response to xenobiotic stimulus / cell division / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain ...: / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Zinc-binding ribosomal protein / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / Putative DNA repair helicase RadD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.00002725136 Å
データ登録者Yan, X.X. / Tian, L.F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: Biochemical and Structural Analyses Shed Light on the Mechanisms of RadD DNA Binding and Its ATPase from Escherichia coli.
著者: Tian, L.F. / Kuang, X. / Ding, K. / Gao, H. / Tang, Q. / Yan, X.X. / Xu, W.
履歴
登録2022年10月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Putative DNA repair helicase RadD
A: Putative DNA repair helicase RadD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,1956
ポリマ－133,0182
非ポリマー1,1774
水00
1
B: Putative DNA repair helicase RadD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0983
ポリマ－66,5091
非ポリマー5892
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Putative DNA repair helicase RadD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0983
ポリマ－66,5091
非ポリマー5892
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.589, 79.168, 109.824
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.841, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Putative DNA repair helicase RadD


分子量: 66509.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: radD, yejH, yejI, yejJ, b2184, JW2172 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P33919, DNA helicase
#2: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.75 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 500 mM NaCl, 5 mM MgCl2 and 18% [w/v] PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 38570 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 68.6097829319 Å2 / CC1/2: 0.795 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 3→3.12 Å / Num. unique obs: 1910 / CC1/2: 0.795

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHENIX1.12-2829_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JDE

6jde


解像度: 3.00002725136→19.9761477285 Å / SU ML: 0.417256574005 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35546330902 / 位相誤差: 33.7639508679
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.280934302366 1364 4.86777773812 %
Rwork0.239459298361 26657 -
obs0.241566454112 28021 99.59835075 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 65.9507554787 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.00002725136→19.9761477285 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8606 0 64 0 8670
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01229617956218875
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6696082528912072
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08906369556011336
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009267299081981580
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.61466290443160
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.005-3.10690.3661218024351300.3224840145412658X-RAY DIFFRACTION99.8567335244
3.1069-3.23080.3355790536161340.2899166490242668X-RAY DIFFRACTION99.6089584074
3.2308-3.37710.3220762962431160.2811168006862675X-RAY DIFFRACTION99.9283924096
3.3771-3.55430.2999094463791160.2579578976982671X-RAY DIFFRACTION99.9282897096
3.5543-3.77550.2709609103861350.2451641144872659X-RAY DIFFRACTION99.8213647731
3.7755-4.06480.2504630469771720.2220169972612615X-RAY DIFFRACTION99.7494631353
4.0648-4.46970.2778602864811240.218691050712682X-RAY DIFFRACTION99.786628734
4.4697-5.1070.2354536055711370.2043440383752671X-RAY DIFFRACTION99.8577524893
5.107-6.3990.3129906059611520.2422100418912679X-RAY DIFFRACTION99.5779106578
6.399-19.9760.2709813078131480.2309087392332679X-RAY DIFFRACTION97.9556479556

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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