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- PDB-8h5v: Crystal structure of the FleQ domain of Vibrio cholerae FlrA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h5v
タイトルCrystal structure of the FleQ domain of Vibrio cholerae FlrA
要素flagellar regulatory protein A
キーワードTRANSCRIPTION / Sigma54 dependent transcription regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Flagellar regulatory FleQ / Flagellar regulatory protein FleQ / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain ...Flagellar regulatory FleQ / Flagellar regulatory protein FleQ / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / CheY-like superfamily / Homeobox-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O395 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Dasgupta, J. / Chakraborty, S.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Science & Technology (DST, India) インド
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2023
タイトル: The N-terminal FleQ domain of the Vibrio cholerae flagellar master regulator FlrA plays pivotal structural roles in stabilizing its active state.
著者: Chakraborty, S. / Agarwal, S. / Bakshi, A. / Dey, S. / Biswas, M. / Ghosh, B. / Dasgupta, J.
履歴
登録2022年10月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: flagellar regulatory protein A
B: flagellar regulatory protein A
C: flagellar regulatory protein A
D: flagellar regulatory protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,13910
ポリマ－56,7334
非ポリマー4066
水2,738152
1
A: flagellar regulatory protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3694
ポリマ－14,1831
非ポリマー1863
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: flagellar regulatory protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3073
ポリマ－14,1831
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: flagellar regulatory protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1831
ポリマ－14,1831
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: flagellar regulatory protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2792
ポリマ－14,1831
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.059, 66.471, 68.044
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.51, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-226-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
flagellar regulatory protein A


分子量: 14183.222 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae O395 (コレラ菌) / 遺伝子: EYB64_02180 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7Z8DVG5
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2 M Ammonium sulfate 0.1M bis-Tris pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97893 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2022年8月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97893 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48.48 Å / Num. obs: 28994 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 2.8 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2154 / CC1/2: 0.661

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: other

解像度: 2→33.989 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 2003 6.91 %
Rwork0.1702 --
obs0.1737 28982 98.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→33.989 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3829 0 25 152 4006
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083919
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2035307
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7941443
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057606
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006686
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0001-2.05010.32491400.2591941X-RAY DIFFRACTION100
2.0501-2.10550.3131480.23961950X-RAY DIFFRACTION99
2.1055-2.16740.2731410.21881922X-RAY DIFFRACTION100
2.1674-2.23740.28511450.2151901X-RAY DIFFRACTION100
2.2374-2.31730.30181460.21631928X-RAY DIFFRACTION99
2.3173-2.41010.26131420.20221932X-RAY DIFFRACTION99
2.4101-2.51970.2741420.19691948X-RAY DIFFRACTION99
2.5197-2.65250.24881430.19731907X-RAY DIFFRACTION99
2.6525-2.81870.27011440.19651935X-RAY DIFFRACTION99
2.8187-3.03620.24381450.1891924X-RAY DIFFRACTION99
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精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.1609-4.539-5.03374.84785.00565.3043-0.4911-0.3552-0.07550.36550.11620.39090.4030.26160.66310.36410.0042-0.03150.36470.03590.36933.68552.396814.1385
26.528-3.45671.04753.4504-0.10982.784-0.0668-0.2290.34150.15110.0733-0.2545-0.1494-0.0035-0.02280.3407-0.0191-0.00320.2622-0.00630.2832-0.00226.789710.8869
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48.1980.0461-1.26895.33630.38015.40160.18970.3819-0.8313-0.1023-0.0552-0.50040.40860.3044-0.14590.37570.0376-0.08440.3069-0.05140.45918.4113-8.894811.8569
56.9723-6.00547.04115.1544-6.17227.43060.28770.16830.0089-0.2008-0.30820.22480.4438-0.38270.13440.3072-0.0365-0.0550.42710.02350.5146-5.1569-5.88958.1469
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129.1632-4.0808-4.35035.42483.39014.06480.3197-0.00090.16620.4219-0.26310.0482-0.28940.2067-0.01710.3241-0.09420.04760.35490.01240.23768.410712.0797-2.5334
138.7962-3.6194-3.05134.40585.75468.02570.1115-0.78130.12881.03070.0352-0.1704-0.26710.9407-0.07560.5348-0.17510.06050.49880.10950.364114.757612.22452.2246
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170.6791-2.10530.85576.6167-2.20764.6054-0.6023-0.09550.19460.75970.2372-0.4007-1.54930.6430.29890.4848-0.2085-0.07460.48550.04970.376124.10621.5557-1.7868
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227.0188-4.95290.95643.7271-0.02592.47810.0266-0.16750.0936-0.30220.0032-0.2693-0.287-0.0579-0.12060.3448-0.02830.00360.2589-0.03420.484-12.155936.499721.2737
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20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 103 through 119 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 120 through 124 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 3 through 26 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 27 through 35 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 36 through 53 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 54 through 89 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 90 through 120 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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