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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8h5s | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Rv3400 from Mycobacterium tuberculosis | ||||||
要素 | Beta-phosphoglucomutase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / Beta-phosphoglucomutase / Haloacid dehalogenase family protein / crystal / G1P | ||||||
機能・相同性 | Beta-phosphoglucomutase hydrolase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Uncharacterized protein Rv3400 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Singh, L. / Karthikeyan, S. / Thakur, K.G. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024 タイトル: Biochemical and structural characterization reveals Rv3400 codes for beta-phosphoglucomutase in Mycobacterium tuberculosis. 著者: Singh, L. / Karthikeyan, S. / Thakur, K.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8h5s.cif.gz | 140.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8h5s.ent.gz | 90.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8h5s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8h5s_validation.pdf.gz | 440 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8h5s_full_validation.pdf.gz | 439.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8h5s_validation.xml.gz | 14.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8h5s_validation.cif.gz | 21.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/8h5s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/8h5s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28116.562 Da / 分子数: 1 / 変異: L126M, L197M, L202M, H123L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv3400, MTCY78.28c / プラスミド: pET DuetN-Rv3400 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P9WKZ7 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / | ||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.8 % / 解説: Rectangular |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.5 詳細: 0.2 M Ammonium Sulphate 0.05 M sodium acetate pH 4.5 30% PEG 8000 PH範囲: 4-5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9791 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月6日 |
放射 | Collimation: Mirrors were cylindrical collimating and Toroidal focussing mirror モノクロメーター: Double crystal monochromator / Analyzer: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→41.92 Å / Num. obs: 85784 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 22.87 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 30.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.676 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1601 / CC1/2: 0.65 / % possible all: 66.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→33.34 Å / SU ML: 0.1645 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.5171 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→33.34 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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