PDB-8h5o: Crystal structure of PETase S121E/P181V/D186H/N233C/S242T/N246D/S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8h5o

タイトル

Crystal structure of PETase S121E/P181V/D186H/N233C/S242T/N246D/S282C mutant from Ideonella sakaiensis

要素

Poly(ethylene terephthalate) hydrolase

キーワード

HYDROLASE / PET hydrolase / Ideonella sakaiensis / mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylesterase activity / poly(ethylene terephthalate) hydrolase / carboxylic ester hydrolase activity / xenobiotic catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Ideonella sakaiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Lee, S.H. / Seo, H. / Kim, K.-J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A case of balance engineering exhibits kinetic relationship between mesophilic and thermophilic poly(ethylene terephthalate) depolymerases.
著者: Lee, S.H. / Seo, H. / Kim, K.J.

履歴

登録	2022年10月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8h5o.cif.gz	68.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8h5o.ent.gz	46.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8h5o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/8h5o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/8h5o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8h5jC 8h5kC 8h5lC 8h5mC 5xjhS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Poly(ethylene terephthalate) hydrolase

31.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Size exclusion chromatography

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.863, 52.620, 95.147
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Poly(ethylene terephthalate) hydrolase / PET hydrolase / PETase / PET-digesting enzyme 分子量: 31578.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ideonella sakaiensis (バクテリア) 遺伝子: ISF6_4831 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0K8P6T7, poly(ethylene terephthalate) hydrolase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.99 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20 % (W/V) PEG 3350, 0.2 M sodium fluoride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2022年6月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97934 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 15455 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.8 % / R_merge(I) obs: 0.121 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.13 / Χ²: 6.117 / Net I/σ(I): 13.9 / Num. measured all: 121215

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.1-2.14	8.1	0.284	745	0.95	0.107	0.304	3.59	100
2.14-2.18	8.1	0.255	770	0.963	0.096	0.273	3.791	100
2.18-2.22	8	0.231	776	0.968	0.087	0.247	4.076	100
2.22-2.26	8.1	0.234	732	0.975	0.088	0.25	4.278	100
2.26-2.31	8.1	0.215	762	0.972	0.081	0.229	4.13	100
2.31-2.37	8	0.203	767	0.972	0.077	0.217	4.261	100
2.37-2.42	8.1	0.196	764	0.98	0.074	0.21	4.571	100
2.42-2.49	8	0.19	750	0.98	0.071	0.203	4.802	100
2.49-2.56	8	0.185	762	0.986	0.07	0.199	5.187	100
2.56-2.65	8	0.165	768	0.984	0.063	0.177	5.506	100
2.65-2.74	8	0.159	759	0.981	0.06	0.171	5.84	100
2.74-2.85	8	0.145	780	0.989	0.055	0.155	5.782	100
2.85-2.98	7.9	0.141	758	0.988	0.054	0.151	6.914	100
2.98-3.14	7.9	0.133	779	0.986	0.05	0.142	7.601	100
3.14-3.33	7.9	0.122	778	0.988	0.047	0.131	8.024	100
3.33-3.59	7.8	0.107	776	0.992	0.041	0.114	8.156	100
3.59-3.95	7.7	0.098	779	0.994	0.038	0.105	9.06	100
3.95-4.52	7.5	0.09	791	0.994	0.035	0.096	9.794	98.8
4.52-5.7	7.4	0.085	811	0.994	0.033	0.091	8.557	99.8
5.7-50	6.5	0.086	848	0.985	0.036	0.094	9.158	97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5XJH

5xjh

解像度: 2.1→29.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 3.299 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1863	756	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1406	-	-	-
obs	0.1429	14656	99.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 78.97 Å² / B_iso mean: 21.39 Å² / B_iso min: 11.71 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.83 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→29.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1926	0	0	148	2074
B_iso mean	-	-	-	35.87	-
残基数	-	-	-	-	262

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.011	1995
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1730
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.544	1.634	2719
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.51	1.547	4048
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.831	5	267
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	17.305	10	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.787	10	296
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	300
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2354
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	402

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.152 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.223	60	-
R_work	0.133	979	-
obs	-	-	92.77 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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