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万見
- PDB-8h5d: Crystal structure of YojK mutant in complex with UDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h5d
タイトルCrystal structure of YojK mutant in complex with UDP
要素Glycosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Glycosyltransferase / Rebaudioside D / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-glycosyltransferase activity / hexosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
: / UDP-glycosyltransferase, MGT-like / Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, central / Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, C-terminal domain / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Uncharacterized UDP-glucosyltransferase YojK
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hou, X.D. / Yang, S. / Yin, D.J. / Rao, Y.J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Other private 中国
引用ジャーナル: Mol Catal / 年: 2023
タイトル: Improving the thermostability of glycosyltransferase YojK by targeting mutagenesis for highly efficient biosynthesis of rebaudioside D.
著者: Yang, S. / Hou, X.D. / Deng, Z.W. / Yang, L.F. / Ping, Q. / Yuan, Z.B. / Zhang, Y. / Rao, Y.J.
履歴
登録2022年10月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月30日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyltransferase
B: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,9255
ポリマ－94,0242
非ポリマー9003
水4,432246
1
A: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5083
ポリマ－47,0121
非ポリマー4962
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area720 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area17740 Å2
手法PISA
2
B: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4162
ポリマ－47,0121
非ポリマー4041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area720 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area17180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.753, 79.979, 99.244
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.100, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Glycosyltransferase


分子量: 47012.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O31853
#2: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.66 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M HEPES (pH 7.5) and 25% (w/v) Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.498→62.35 Å / Num. obs: 25482 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 9.51 % / Rsym value: 0.277 / Net I/av σ(I): 23.203 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル
解像度 (Å)Num. unique obsRsym valueDiffraction-ID
2.498-2.587254820.5351
2.587-2.691230040.4881
2.691-2.814204740.4171
2.814-2.962179190.3721
2.962-3.147153840.3291
3.147-3.39128340.2871
3.39-3.732103030.2671
3.732-4.27177590.2491
4.271-5.38151750.2451

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
SAINTV8.38Aデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7VM0

7vm0


解像度: 2.5→62.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 11.642 / SU ML: 0.258 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.361 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2725 1264 5 %RANDOM
Rwork0.1787 ---
obs0.1834 24117 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 116.7 Å2 / Biso mean: 30.116 Å2 / Biso min: 4.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.56 Å2-0 Å2-0.11 Å2
2--0.61 Å20 Å2
3----2.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→62.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6223 0 56 246 6525
Biso mean--20.83 26.31 -
残基数----781
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0136403
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175865
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6981.6548630
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2421.58213687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0345776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.6924.362337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.811151151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6521522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2825
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027094
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021284
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 111 -
Rwork0.271 1742 -
all-1853 -
obs--99.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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