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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8h5d | ||||||
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タイトル | Crystal structure of YojK mutant in complex with UDP | ||||||
要素 | Glycosyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Glycosyltransferase / Rebaudioside D / Complex | ||||||
機能・相同性 | UDP-glycosyltransferase, MGT-like / UDP-glycosyltransferase activity / UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / hexosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Uncharacterized UDP-glucosyltransferase YojK 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Hou, X.D. / Yang, S. / Yin, D.J. / Rao, Y.J. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Improving the Thermostability of Glycosyltransferase YojK by Targeting Mutagenesis for Highly Efficient Biosynthesis of Rebaudioside D 著者: Yang, S. / Hou, X.D. / Deng, Z.W. / Yang, L.F. / Ping, Q. / Yuan, Z.B. / Zhang, Y. / Rao, Y.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8h5d.cif.gz | 172.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8h5d.ent.gz | 134.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8h5d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8h5d_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8h5d_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8h5d_validation.xml.gz | 32.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8h5d_validation.cif.gz | 45.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/8h5d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/8h5d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7vm0S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47012.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O31853 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.66 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M HEPES (pH 7.5) and 25% (w/v) Polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.542 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月2日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.542 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.498→62.35 Å / Num. obs: 25482 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 9.51 % / Rsym value: 0.277 / Net I/av σ(I): 23.203 / Net I/σ(I): 12.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7VM0 解像度: 2.5→62.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 11.642 / SU ML: 0.258 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.361 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 116.7 Å2 / Biso mean: 30.116 Å2 / Biso min: 4.75 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→62.35 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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