PDB-8h55: The structure of zebrafish angiotensinogen

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8h55

タイトル

The structure of zebrafish angiotensinogen

要素

Angiotensinogen

キーワード

RECOMBINATION / Serpin / angiotensinogen / zebrafish

機能・相同性

機能・相同性情報

Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / Peptide ligand-binding receptors / G alpha (i) signalling events / G alpha (q) signalling events / vasoconstriction / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / serine-type endopeptidase inhibitor activity / regulation of apoptotic process / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Zhou, A. / Wei, H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: BIOLOGICAL IMPLICATIONS OF A 2 ANGSTROMS STRUCTURE OF DIMERIC ANGIOTENSINOGEN
著者: Zhou, A. / Wei, H.

履歴

登録	2022年10月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2023年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8h55.cif.gz	492.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8h55.ent.gz	414.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8h55.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8h55_validation.pdf.gz	445.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8h55_full_validation.pdf.gz	453.4 KB	表示
XML形式データ	8h55_validation.xml.gz	32.8 KB	表示
CIF形式データ	8h55_validation.cif.gz	45.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/8h55 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/8h55	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1antS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Angiotensinogen

B: Angiotensinogen

ヘテロ分子

98.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Angiotensinogen

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Angiotensinogen

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.940, 88.760, 118.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Angiotensinogen / Serpin A8 分子量: 49007.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: agt, SO:0001217 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8JH29
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.4 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Potassium Sulfate, 20% PGE 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→44.38 Å / Num. obs: 57090 / % possible obs: 99.41 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 5.43
反射シェル	解像度: 2.03→2.103 Å / Num. unique obs: 5648 / CC_1/2: 0.474

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ANT

1ant

解像度: 2.03→44.38 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.41 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.25	2746	4.81 %
R_work	0.2186	54344	-
obs	0.2202	57090	99.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 185.98 Å² / B_iso mean: 61.4488 Å² / B_iso min: 26.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.03→44.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6682	0	40	196	6918
B_iso mean	-	-	79.77	51.56	-
残基数	-	-	-	-	861

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.03-2.06	0.4013	125	0.3967	2710	2835	100
2.06-2.1	0.4228	119	0.3718	2709	2828	99
2.1-2.14	0.3544	138	0.3501	2739	2877	100
2.14-2.18	0.3314	128	0.3197	2666	2794	99
2.18-2.23	0.2955	137	0.2884	2703	2840	99
2.23-2.28	0.2917	167	0.3005	2725	2892	99
2.28-2.34	0.3049	146	0.2727	2644	2790	99
2.34-2.4	0.2853	128	0.2668	2727	2855	100
2.4-2.48	0.2942	139	0.264	2705	2844	99
2.48-2.56	0.2685	141	0.2563	2700	2841	99
2.56-2.65	0.3524	138	0.2653	2676	2814	99
2.65-2.75	0.2649	157	0.2451	2697	2854	99
2.75-2.88	0.3273	102	0.2372	2757	2859	99
2.88-3.03	0.2571	109	0.2272	2731	2840	100
3.03-3.22	0.282	120	0.2338	2748	2868	100
3.22-3.47	0.2726	142	0.2219	2713	2855	100
3.47-3.82	0.2416	152	0.1906	2745	2897	100
3.82-4.37	0.2079	171	0.1707	2713	2884	100
4.37-5.5	0.1863	148	0.1596	2744	2892	100
5.5-44.38	0.2117	139	0.1989	2792	2931	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 12.8143 Å / Origin y: -17.5035 Å / Origin z: 29.6105 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2512 Å²	0.093 Å²	-0.0131 Å²	-	0.3622 Å²	-0.0543 Å²	-	-	0.3574 Å²
L	0.3854 °²	0.136 °²	0.0543 °²	-	0.8754 °²	0.3402 °²	-	-	1.5014 °²
S	-0.0486 Å °	-0.0479 Å °	0.0246 Å °	-0.0205 Å °	-0.1063 Å °	0.1375 Å °	-0.0805 Å °	-0.2518 Å °	0.1335 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	3 - 436
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	5 - 436
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1 - 8
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 204

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