PDB-8h52: Crystal structure of Helicobacter pylori carboxyspermidine dehydr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8h52

タイトル

Crystal structure of Helicobacter pylori carboxyspermidine dehydrogenase in complex with NADP

要素

Saccharopine dehydrogenase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / carboxyspermidine dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

Saccharopine dehydrogenase, NADP binding domain / Saccharopine dehydrogenase-like, C-terminal / Saccharopine dehydrogenase NADP binding domain / Saccharopine dehydrogenase C-terminal domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Ko, K.Y. / Park, S.C. / Cho, S.Y. / Yoon, S.I.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Structural analysis of carboxyspermidine dehydrogenase from Helicobacter pylori.
著者: Ko, K.Y. / Park, S.C. / Cho, S.Y. / Yoon, S.I.

履歴

登録	2022年10月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_strain ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8h52.cif.gz	205.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8h52.ent.gz	136.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8h52.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/8h52 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/8h52	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8h4zSC 8h50C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Saccharopine dehydrogenase

ヘテロ分子

46.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Saccharopine dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Saccharopine dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
93.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	194.077, 194.077, 194.077
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	199
Space group name H-M	I2₁3
Space group name Hall	I2b2c3
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: z,x,y #3: y,z,x #4: -y,-z+1/2,x #5: z,-x,-y+1/2 #6: -y+1/2,z,-x #7: -z,-x+1/2,y #8: -z+1/2,x,-y #9: y,-z,-x+1/2 #10: x,-y,-z+1/2 #11: -x+1/2,y,-z #12: -x,-y+1/2,z #13: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #14: z+1/2,x+1/2,y+1/2 #15: y+1/2,z+1/2,x+1/2 #16: -y+1/2,-z+1,x+1/2 #17: z+1/2,-x+1/2,-y+1 #18: -y+1,z+1/2,-x+1/2 #19: -z+1/2,-x+1,y+1/2 #20: -z+1,x+1/2,-y+1/2 #21: y+1/2,-z+1/2,-x+1 #22: x+1/2,-y+1/2,-z+1 #23: -x+1,y+1/2,-z+1/2 #24: -x+1/2,-y+1,z+1/2

#1: タンパク質	Saccharopine dehydrogenase 分子量: 45880.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: NCTC 11637 = CCUG 17874 = ATCC 43504 = JCM 12093 / 遺伝子: NCTC11637_00022 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2X5A3P4
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 81.47 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: ammonium sulfate, NaCl, Bis-Tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2022年3月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 22284 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.1 % / B_iso Wilson estimate: 81.47 Å² / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 18.1
反射シェル	解像度: 3.1→3.15 Å / 冗長度: 14.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1118 / CC_1/2: 0.325 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8H4Z

8h4z

解像度: 3.1→29.95 Å / SU ML: 0.4263 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.8229
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2505	1082	4.92 %
R_work	0.2019	20927	-
obs	0.2041	22009	99.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 88.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→29.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3084	0	0	0	3084

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0103	3155
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0678	4304
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0545	484
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0064	555
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.0143	1843

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1-3.24	0.3351	142	0.3174	2614	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.24-3.41	0.3446	157	0.2719	2571	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.41-3.63	0.2984	140	0.2443	2607	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.63-3.9	0.3003	134	0.2143	2578	X-RAY DIFFRACTION	98.76
3.9-4.3	0.2604	151	0.2099	2556	X-RAY DIFFRACTION	97.73
4.3-4.92	0.2112	113	0.169	2604	X-RAY DIFFRACTION	98.73
4.92-6.19	0.2144	140	0.1866	2647	X-RAY DIFFRACTION	99.64
6.19-29.95	0.203	105	0.1715	2750	X-RAY DIFFRACTION	99.79

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.600764755967	0.239298591573	-0.220190958285	1.62037829084	-0.766368196443	0.943865563851	0.561067398065	0.025625338488	0.656957910567	-0.0720723685563	0.275199636008	0.202282955063	-0.77265909777	-0.170059153092	0.0389771154468	1.38904305829	-0.289577054574	1.22435140381	0.081267688074	0.303959277725	1.33048835552	-26.5330557098	5.73645665565	-24.0662702537
2	0.76055056172	0.349842950678	-0.6104814869	1.46117404798	-1.36671842158	1.3681058066	0.623000686199	-0.565582261628	0.673997541429	0.293629072004	0.331538412277	-0.38193852717	-0.632195493308	0.450401648482	-0.330769032101	1.38654001665	-0.113765014595	0.672411847639	0.606092816028	-0.170024942969	1.53042640547	-23.5311922762	9.3738778212	-19.5686187376
3	-3.68812063001E-5	0.046690943384	0.00206530812547	0.737396259492	0.153243829599	0.0125149553584	0.149529328267	0.0506829310753	1.43300547863	-0.310015361538	0.211984096652	-0.432217471935	-1.31678651597	-0.0452659066142	-0.0834666596203	1.76336164609	-0.0111129313734	1.02954525655	0.215674259674	0.400916981352	1.91412543976	-32.0685993027	15.509012112	-24.85453581
4	1.70948944105	-1.37339158879	1.0934520667	3.11788731722	-0.565437243112	0.706719588481	0.450776868522	0.106582913591	1.29428118731	-0.354145282405	-0.333201097138	0.547464336755	-1.4052933259	-1.29956117509	-0.483911626132	1.47572029972	0.712651578371	0.647541262555	0.665538264543	0.768905481293	1.35988722632	-43.8489317094	6.8040087982	-30.4636788788
5	1.5864203106	-0.150889469643	-1.06521645766	1.01861226981	-0.568352255221	1.85544044216	0.234583228801	0.319377445536	0.220800544797	0.00780851625644	0.0173670799812	0.22808351926	-0.361247291969	-0.309695498693	-0.138079138979	0.599100637975	0.155550339417	0.164268871971	0.724828628288	0.205104242112	0.585120093723	-38.3684805755	-13.1077325844	-26.4451328825
6	2.18415477606	-0.21602352859	-1.02032276022	1.81618416583	-0.0548553296021	2.05951589322	0.120836041944	0.893805769646	0.345341333885	0.122590504962	0.00338692141671	0.697313366458	-0.530619266049	-0.886474053476	-0.157719960164	0.625850653506	0.186668837859	0.257946767876	0.902245445101	0.214829297807	0.852144762046	-48.1620017159	-14.1961983857	-20.8081281212
7	1.98655006636	-0.39738640263	-0.876244305757	1.68803954197	0.25115126668	4.39319411873	0.34515875057	0.658598890541	0.170707005627	0.184526568137	-0.15909015001	0.274273553355	-0.130114172313	-1.17742633936	-0.19443666488	0.634452608698	0.206694804651	0.21164207812	0.825255968983	0.198589846886	0.750417283338	-47.7798185314	-11.8355331177	-20.6249034826
8	0.423307067882	-0.314694421142	-0.116810265005	0.299453561319	0.153010940058	0.110691828421	0.578559754451	-0.305793629098	0.882278829399	0.84011673921	0.379138421969	0.526100828263	-1.26389098733	-0.252105374686	-0.299774508695	1.44374048868	0.0923670152327	0.702675716779	0.548696854834	0.0136171700369	1.28305688943	-50.2480558368	6.29436000886	-4.11755919999
9	2.83800791363	0.164170076148	-1.11558879468	2.00620026166	-0.457685452141	1.93558311892	0.356747524552	0.0255672645253	0.561323426078	0.0613300687349	0.0711505032116	0.111438256398	-0.58174431317	0.180257866916	-0.347853142039	0.565921251583	0.0463855680118	0.205783148817	0.517304736907	0.125474885041	0.559378997321	-31.4446963519	-10.8152785109	-24.1860331251
10	1.99000676384	-0.751725313828	0.927112535621	2.73537762097	-1.52578073215	2.03858871194	0.394354417061	0.769467279689	0.463527389882	-0.666719237819	-0.120935623822	-0.0932572256531	-0.734463325239	-0.262376721775	-0.199388102958	0.891585846544	0.257732078161	0.299389218758	0.758772477985	0.252528759233	0.737445439803	-31.6154746755	-5.73051504971	-37.6528830311

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 22 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 23 through 50 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 51 through 85 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 86 through 145 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 146 through 184 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 185 through 231 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 232 through 267 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 268 through 291 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 292 through 359 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 360 through 399 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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