PDB-8h50: Crystal structure of carboxyspermidine dehydrogenase from Helicob...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8h50

タイトル

Crystal structure of carboxyspermidine dehydrogenase from Helicobacter pylori in space group C2221

要素

Saccharopine dehydrogenase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / carboxyspermidine dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

Saccharopine dehydrogenase, NADP binding domain / Saccharopine dehydrogenase-like, C-terminal / Saccharopine dehydrogenase NADP binding domain / Saccharopine dehydrogenase C-terminal domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Ko, K.Y. / Park, S.C. / Cho, S.Y. / Yoon, S.I.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Structural analysis of carboxyspermidine dehydrogenase from Helicobacter pylori.
著者: Ko, K.Y. / Park, S.C. / Cho, S.Y. / Yoon, S.I.

履歴

登録	2022年10月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / Refinement description ...Database references / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / struct_ncs_dom_lim / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_strain ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8h50.cif.gz	519 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8h50.ent.gz	382.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8h50.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8h50_validation.pdf.gz	449.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8h50_full_validation.pdf.gz	463.4 KB	表示
XML形式データ	8h50_validation.xml.gz	40.1 KB	表示
CIF形式データ	8h50_validation.cif.gz	54.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/8h50 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/8h50	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8h4zSC 8h52C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Saccharopine dehydrogenase

B: Saccharopine dehydrogenase

C: Saccharopine dehydrogenase

138 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Saccharopine dehydrogenase

B: Saccharopine dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
91.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Saccharopine dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	152.165, 160.646, 162.021
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	HIS	HIS	THR	THR	(chain 'A' and (resid 2 through 18 or (resid 19...	A	A	2 - 106	8 - 112
1	2	GLU	GLU	ASP	ASP	(chain 'A' and (resid 2 through 18 or (resid 19...	A	A	118 - 126	124 - 132
1	3	ALA	ALA	GLU	GLU	(chain 'A' and (resid 2 through 18 or (resid 19...	A	A	128 - 131	134 - 137
1	4	ILE	ILE	ILE	ILE	(chain 'A' and (resid 2 through 18 or (resid 19...	A	A	134 - 397	140 - 403
2	1	HIS	HIS	THR	THR	(chain 'B' and (resid 2 through 99 or (resid 100...	B	B	2 - 106	8 - 112
2	2	GLU	GLU	ASP	ASP	(chain 'B' and (resid 2 through 99 or (resid 100...	B	B	118 - 126	124 - 132
2	3	ALA	ALA	GLU	GLU	(chain 'B' and (resid 2 through 99 or (resid 100...	B	B	128 - 131	134 - 137
2	4	ILE	ILE	ILE	ILE	(chain 'B' and (resid 2 through 99 or (resid 100...	B	B	134 - 397	140 - 403
3	1	HIS	HIS	THR	THR	(chain 'C' and (resid 2 through 18 or (resid 19...	C	C	2 - 106	8 - 112
3	2	GLU	GLU	ASP	ASP	(chain 'C' and (resid 2 through 18 or (resid 19...	C	C	118 - 126	124 - 132
3	3	ALA	ALA	GLU	GLU	(chain 'C' and (resid 2 through 18 or (resid 19...	C	C	128 - 131	134 - 137
3	4	ILE	ILE	ILE	ILE	(chain 'C' and (resid 2 through 18 or (resid 19...	C	C	134 - 397	140 - 403

#1: タンパク質	Saccharopine dehydrogenase 分子量: 45880.531 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: NCTC 11637 = CCUG 17874 = ATCC 43504 = JCM 12093 / 遺伝子: NCTC11637_00022 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2X5A3P4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.8 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEC 3350, calcium acetate hydrate, Tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2022年4月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 44580 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 63.7 Å² / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 20.5
反射シェル	解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2205 / CC_1/2: 0.746 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8H4Z

8h4z

解像度: 2.9→29.9 Å / SU ML: 0.3582 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.9695
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2344	2277	5.16 %
R_work	0.1949	41836	-
obs	0.1969	44113	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8966	0	0	4	8970

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0062	9156
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9199	12452
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	1418
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0059	1606
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.2621	3228

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-2.96	0.3899	147	0.3258	2573	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.96-3.03	0.3538	146	0.307	2568	X-RAY DIFFRACTION	99.41
3.03-3.11	0.3604	146	0.2901	2577	X-RAY DIFFRACTION	99.74
3.11-3.19	0.3177	128	0.2652	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.19-3.29	0.3045	141	0.2637	2578	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.29-3.39	0.2914	138	0.2398	2606	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.39-3.51	0.2596	152	0.2114	2591	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.51-3.65	0.2387	137	0.2004	2604	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.65-3.82	0.2159	136	0.1778	2616	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.82-4.02	0.2289	148	0.1741	2591	X-RAY DIFFRACTION	99.78
4.02-4.27	0.1827	139	0.162	2625	X-RAY DIFFRACTION	99.71
4.27-4.6	0.1742	165	0.1498	2592	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.6-5.06	0.173	140	0.1483	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.96
5.06-5.79	0.215	142	0.1693	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.79-7.27	0.2445	141	0.1962	2673	X-RAY DIFFRACTION	99.96
7.27-29.9	0.2301	131	0.1877	2757	X-RAY DIFFRACTION	99.01

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.76647017381	-1.93138648194	1.90852485512	2.85471953086	-1.69117000562	6.19556967339	0.0652865960009	0.1518798324	0.327440698628	0.0513745233149	-0.0801841565475	-0.0125224426714	-0.506040786736	0.176788864805	-0.0101864763889	0.327012783894	-0.0181114106554	0.0297393323225	0.369341588113	0.00408480456093	0.341930839556	8.27113448177	-50.9700446042	-2.32993618771
2	2.24960977322	-0.690168737972	-0.937065606383	1.34352397502	0.984418099762	2.16973353378	0.0394295331251	-0.399539226051	-0.115435313698	-0.00742542174511	-0.0055829139167	0.0265172787321	-0.373708735377	-0.600456032235	-0.0229506352122	0.551655255197	0.152937079983	0.0171911041522	1.01382676365	0.150967680395	0.667271620112	-13.9723787982	-39.2679032178	1.12643824589
3	4.22931657282	-1.40115399808	1.25106432094	2.47188569451	0.166162811582	4.17283820725	0.33150192166	0.730148936118	-0.227315802842	-0.394584556232	-0.213709173423	0.353264565746	-0.247881075738	-0.408621817863	-0.115071981322	0.415312585666	0.108553947098	-0.0441289794907	0.645275957018	0.020914838818	0.420678848851	-3.77708533312	-51.1952357121	-13.5308113236
4	2.57237579909	2.7770223432	-0.94367048656	2.99343348285	-0.625886406946	4.18374753531	-0.133828829184	-0.318310163596	0.807190754387	-0.23817223978	0.158386212827	0.337217076276	-0.986401145544	-0.0304776829268	0.0253916168245	0.775604923243	0.22115503117	-0.173206901925	0.734010658294	-0.0418859821952	0.892654420091	-30.3108481398	-19.912493121	46.9525949333
5	2.23860805638	0.947045158226	0.514778882991	3.71342577968	0.197112414294	1.85572645206	-0.204673285587	-0.517530934489	0.0319295237692	0.104636068036	0.220207146147	-0.272194257774	-0.204883063853	0.146843749302	-0.0515172096856	0.538584572313	0.264350468025	-0.0572059378657	1.04437185037	0.0319127099525	0.628541315735	-34.3800257722	-35.0364381099	52.1100448106
6	1.30366959183	0.295029406579	0.212208554078	1.68577675174	0.0744368646556	3.77455626456	0.000829509761164	0.238838303428	0.378789481385	-0.0209954178099	0.0115044219085	0.223591636189	-0.38178832212	-0.682914184609	-0.00315595123703	0.627871781449	0.369168854191	0.00770985206169	1.20264616675	0.225824042694	0.70412747917	-46.9567603132	-33.1783971551	31.7268201799
7	1.24350297483	0.5332327301	-1.07928116386	0.632074971278	-0.00921505927141	2.41634410963	0.115021436469	0.111840111877	0.0385790152093	-0.0634176890393	-0.0182873991904	-0.0341878014801	-0.0954212539561	0.00695816335882	-0.106551314419	0.570178251303	0.228475643506	-0.0263815107725	1.22809446905	0.175454661223	0.583824496072	-35.5754204664	-40.7568451841	26.8665708882
8	3.44211071438	0.767283022143	0.283207569657	2.08932548447	0.708438279331	2.23100787513	-0.310915021853	-0.116684918485	0.803706779617	0.0401621734085	0.0761463374817	0.423508606957	-0.684964253404	-1.12333323855	0.213835135201	0.657590245439	0.402461290638	-0.0360522382076	1.1878522798	0.100125325371	0.71797212515	-48.7818062356	-27.5448941436	39.0379898137
9	2.00981753003	-0.255475642195	-0.655793975302	3.30062687889	-0.96289540936	5.68962004144	0.012575143574	-0.315287912823	-0.0285042740636	0.202073152392	0.0954708926474	-0.0574500615565	-0.135899026435	0.458440014038	-0.103794179458	0.327689438408	-0.0222368626172	-0.0536305610955	0.578120147161	-0.0834204271762	0.392552419218	30.0161649715	-60.2734406918	22.8117967266
10	1.56066498707	0.52465699485	-0.970431279479	0.603214188085	-0.00707028391258	3.63261022935	-0.0702858454187	-0.101137936955	-0.149224803691	0.136425688338	0.0529599613786	0.164763661629	0.468738635043	0.445535250822	0.0196524185164	0.809777125573	0.111393279762	-0.0711546297746	0.436649248898	0.0260301449225	0.511866857156	15.6481280861	-80.1197145478	26.0616119517
11	2.38949545605	-1.63090603117	0.845461264649	4.88176451224	1.53405896814	2.268177043	-0.090181798919	0.176902365253	-0.474790127904	0.0260770648811	0.255014635134	-0.528986438249	0.943371912341	1.44655773424	-0.19755112598	0.597506066709	0.244140191745	-0.0291342433621	0.776265713786	-0.0945549763294	0.552400155909	34.3664753138	-75.541534674	20.1078027291

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 160 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 161 through 302 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 303 through 398 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 2 through 50 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 51 through 145 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 146 through 184 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 185 through 304 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 305 through 399 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 1 through 145 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 146 through 338 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 339 through 399 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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