PDB-8h4z: Crystal structure of carboxyspermidine dehydrogenase from Helicob...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8h4z

タイトル

Crystal structure of carboxyspermidine dehydrogenase from Helicobacter pylori in space group P21212

要素

Saccharopine dehydrogenase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / carboxyspermidine dehydrogenase

機能・相同性

Saccharopine dehydrogenase, NADP binding domain / Saccharopine dehydrogenase-like, C-terminal / Saccharopine dehydrogenase NADP binding domain / Saccharopine dehydrogenase C-terminal domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Saccharopine dehydrogenase

機能・相同性情報

生物種

Helicobacter pylori NCTC 11637 = CCUG 17874 = ATCC 43504 = JCM 12093 (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Ko, K.Y. / Park, S.C. / Cho, S.Y. / Yoon, S.I.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Structural analysis of carboxyspermidine dehydrogenase from Helicobacter pylori.
著者: Ko, K.Y. / Park, S.C. / Cho, S.Y. / Yoon, S.I.

履歴

登録	2022年10月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / Refinement description ...Database references / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / struct_ncs_dom_lim / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_strain ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8h4z.cif.gz	738.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8h4z.ent.gz	509.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8h4z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8h4z_validation.pdf.gz	451 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8h4z_full_validation.pdf.gz	460.3 KB	表示
XML形式データ	8h4z_validation.xml.gz	55.2 KB	表示
CIF形式データ	8h4z_validation.cif.gz	78.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/8h4z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/8h4z	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8h50C 8h52C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Saccharopine dehydrogenase

B: Saccharopine dehydrogenase

C: Saccharopine dehydrogenase

D: Saccharopine dehydrogenase

184 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Saccharopine dehydrogenase

B: Saccharopine dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
91.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Saccharopine dehydrogenase

D: Saccharopine dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	128.875, 153.154, 97.739
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-402- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	HIS	HIS	PHE	PHE	(chain 'A' and (resid 2 through 27 or resid 29...	A	A	2 - 27	8 - 33
1	2	ASN	ASN	ASP	ASP	(chain 'A' and (resid 2 through 27 or resid 29...	A	A	29 - 105	35 - 111
1	3	TRP	TRP	ASP	ASP	(chain 'A' and (resid 2 through 27 or resid 29...	A	A	123 - 126	129 - 132
1	4	ALA	ALA	LEU	LEU	(chain 'A' and (resid 2 through 27 or resid 29...	A	A	128 - 189	134 - 195
1	5	GLU	GLU	ILE	ILE	(chain 'A' and (resid 2 through 27 or resid 29...	A	A	191 - 212	197 - 218
1	6	GLN	GLN	SER	SER	(chain 'A' and (resid 2 through 27 or resid 29...	A	A	214 - 364	220 - 370
1	7	ALA	ALA	GLU	GLU	(chain 'A' and (resid 2 through 27 or resid 29...	A	A	370 - 398	376 - 404
2	1	HIS	HIS	PHE	PHE	(chain 'B' and (resid 2 through 27 or resid 29...	B	B	2 - 27	8 - 33
2	2	ASN	ASN	ASP	ASP	(chain 'B' and (resid 2 through 27 or resid 29...	B	B	29 - 105	35 - 111
2	3	TRP	TRP	ASP	ASP	(chain 'B' and (resid 2 through 27 or resid 29...	B	B	123 - 126	129 - 132
2	4	ALA	ALA	LEU	LEU	(chain 'B' and (resid 2 through 27 or resid 29...	B	B	128 - 189	134 - 195
2	5	GLU	GLU	ILE	ILE	(chain 'B' and (resid 2 through 27 or resid 29...	B	B	191 - 212	197 - 218
2	6	GLN	GLN	SER	SER	(chain 'B' and (resid 2 through 27 or resid 29...	B	B	214 - 364	220 - 370
2	7	ALA	ALA	GLU	GLU	(chain 'B' and (resid 2 through 27 or resid 29...	B	B	370 - 398	376 - 404
3	1	HIS	HIS	PHE	PHE	(chain 'C' and (resid 2 through 27 or resid 29...	C	C	2 - 27	8 - 33
3	2	ASN	ASN	ASP	ASP	(chain 'C' and (resid 2 through 27 or resid 29...	C	C	29 - 105	35 - 111
3	3	TRP	TRP	ASP	ASP	(chain 'C' and (resid 2 through 27 or resid 29...	C	C	123 - 126	129 - 132
3	4	ALA	ALA	LEU	LEU	(chain 'C' and (resid 2 through 27 or resid 29...	C	C	128 - 189	134 - 195
3	5	GLU	GLU	ILE	ILE	(chain 'C' and (resid 2 through 27 or resid 29...	C	C	191 - 212	197 - 218
3	6	GLN	GLN	SER	SER	(chain 'C' and (resid 2 through 27 or resid 29...	C	C	214 - 364	220 - 370
3	7	ALA	ALA	GLU	GLU	(chain 'C' and (resid 2 through 27 or resid 29...	C	C	370 - 398	376 - 404
4	1	HIS	HIS	PHE	PHE	(chain 'D' and (resid 2 through 27 or resid 29...	D	D	2 - 27	8 - 33
4	2	ASN	ASN	ASP	ASP	(chain 'D' and (resid 2 through 27 or resid 29...	D	D	29 - 105	35 - 111
4	3	TRP	TRP	ASP	ASP	(chain 'D' and (resid 2 through 27 or resid 29...	D	D	123 - 126	129 - 132
4	4	ALA	ALA	LEU	LEU	(chain 'D' and (resid 2 through 27 or resid 29...	D	D	128 - 189	134 - 195
4	5	GLU	GLU	ILE	ILE	(chain 'D' and (resid 2 through 27 or resid 29...	D	D	191 - 212	197 - 218
4	6	GLN	GLN	SER	SER	(chain 'D' and (resid 2 through 27 or resid 29...	D	D	214 - 364	220 - 370
4	7	ALA	ALA	GLU	GLU	(chain 'D' and (resid 2 through 27 or resid 29...	D	D	370 - 398	376 - 404

#1: タンパク質	Saccharopine dehydrogenase 分子量: 45880.531 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Helicobacter pylori NCTC 11637 = CCUG 17874 = ATCC 43504 = JCM 12093 (ピロリ菌) 株: 102618 / 遺伝子: NCTC11637_00022 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2X5A3P4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.2 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEC 3350, calcium acetate hydrate, Tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2022年4月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 98370 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 31.73 Å² / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 18.1
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 4869 / CC_1/2: 0.661 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold 2-gerenated model

解像度: 2.2→29.98 Å / SU ML: 0.2557 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.1457
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2222	4975	5.06 %
R_work	0.1846	93315	-
obs	0.1865	98290	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12142	0	0	425	12567

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0076	12398
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8999	16805
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0573	1886
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0054	2158
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.6305	7387

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.23	0.3031	160	0.2506	3043	X-RAY DIFFRACTION	97.95
2.23-2.25	0.3048	141	0.2453	3108	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.28	0.307	169	0.2479	3086	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.28-2.31	0.2889	180	0.2293	3030	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.31-2.34	0.2938	165	0.2234	3093	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.37	0.27	157	0.2168	3083	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.37-2.4	0.2531	141	0.2214	3092	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.4-2.44	0.3219	144	0.2187	3156	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.48	0.2787	143	0.2173	3088	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.48-2.52	0.2409	169	0.2195	3081	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.56	0.2344	143	0.2175	3123	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.56-2.61	0.2989	175	0.2131	3061	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.61-2.66	0.2535	178	0.21	3071	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.66-2.71	0.2542	175	0.2075	3102	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.71-2.77	0.249	172	0.2045	3076	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.77-2.84	0.2457	183	0.2058	3087	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.91	0.2429	160	0.2118	3088	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.91-2.99	0.2476	175	0.2129	3116	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.99-3.07	0.2768	176	0.2004	3101	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.07-3.17	0.2386	166	0.1988	3108	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.17-3.29	0.2389	172	0.1999	3115	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.29-3.42	0.2182	168	0.1869	3111	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.42-3.57	0.2016	172	0.1744	3118	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.57-3.76	0.1943	185	0.1589	3124	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.76-4	0.1966	162	0.1593	3131	X-RAY DIFFRACTION	99.85
4-4.3	0.1597	153	0.1436	3152	X-RAY DIFFRACTION	99.73
4.3-4.74	0.1657	162	0.1317	3154	X-RAY DIFFRACTION	99.58
4.74-5.42	0.1844	164	0.1413	3190	X-RAY DIFFRACTION	99.53
5.42-6.81	0.2009	186	0.1796	3153	X-RAY DIFFRACTION	99.11
6.81-29.98	0.2006	179	0.1864	3274	X-RAY DIFFRACTION	97.54

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.30445719281	0.342389698109	-0.175562981926	2.5735986137	0.594774829264	2.32165737941	0.0248404396228	0.0473000708126	0.173801240761	-0.181401233472	-0.0151231762408	0.0757541488978	-0.110796196699	-0.158395113318	-0.00462365257748	0.160135815796	0.0379046413984	0.00562542332754	0.153735718372	0.052563032835	0.206708666552	20.0787154538	47.3372961659	-0.546639730959
2	2.27919793255	-0.768026675459	0.41718941551	1.04248213498	-0.0202980616267	0.54133315613	-0.0837738150794	-0.199405061988	-0.274944009306	0.0811495825987	0.112025807394	0.213461383235	0.0971892983089	-0.132731161673	-0.039503915769	0.24477671908	-0.0175239944925	0.0484812991797	0.214376758753	0.0758464698532	0.238901267658	2.13710447626	40.3533382022	8.06497402856
3	4.8692549607	1.95487292058	-0.0975288259949	4.02822543807	-0.297979952059	3.1251645275	-0.0589785472561	0.107697908246	-0.0785222365137	-0.486051268212	0.0889394030941	-0.0652004505689	0.226425642476	0.0424479103848	-0.0221474052438	0.244697086617	0.0275113272812	-0.0256446825589	0.119671571274	-0.000935987539954	0.157941632185	-39.4405641444	76.3246978699	-22.2269187267
4	1.8642439146	0.934665505089	-0.63282722304	2.39616673316	-0.47220608234	4.60440041808	0.102406956273	-0.203691967534	0.144443699113	0.012930281597	-0.0584814613296	-0.120528432997	-0.176004286743	0.139746671207	0.0455467558155	0.192790274279	0.0121492105223	-0.0181302240208	0.133798401337	-0.0391445151022	0.278686350415	-36.3256538105	90.6193163527	-11.8985614236
5	1.5795866191	-0.490980167212	0.607953992633	1.01405553251	-0.365202836124	0.902055337336	-0.0434984192966	-0.436220810225	0.0878172981549	0.101131128299	0.0471785101537	-0.0442275673353	-0.0243241630038	-0.145437137528	-0.0069754040157	0.204268097442	-0.029847586292	0.0131435539459	0.267966619335	0.00231137100456	0.223739898702	-36.0242854053	70.232155192	2.63640493944
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 145 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 146 through 399 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 2 through 64 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 65 through 132 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 133 through 359 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 360 through 399 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 1 through 157 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 158 through 267 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 268 through 399 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 1 through 64 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 65 through 132 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 133 through 399 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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