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- PDB-8h4r: The Crystal Structure of CDK3 and CyclinE1 Complex with Dinacicli... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h4r
タイトルThe Crystal Structure of CDK3 and CyclinE1 Complex with Dinaciclib from Biortus
要素
  • G1/S-specific cyclin-E1
  • Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme,Cyclin-dependent kinase 3
キーワードCELL CYCLE / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mesenchymal stem cell proliferation / G0 to G1 transition / homologous chromosome pairing at meiosis / RHOBTB3 ATPase cycle / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / cyclin E1-CDK2 complex / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / PTK6 Regulates Cell Cycle / G1/S-Specific Transcription ...positive regulation of mesenchymal stem cell proliferation / G0 to G1 transition / homologous chromosome pairing at meiosis / RHOBTB3 ATPase cycle / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / cyclin E1-CDK2 complex / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / PTK6 Regulates Cell Cycle / G1/S-Specific Transcription / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / microtubule organizing center / glutathione transferase / G0 and Early G1 / glutathione transferase activity / negative regulation of Notch signaling pathway / DNA replication initiation / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Cyclin E associated events during G1/S transition / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / glutathione metabolic process / telomere maintenance / cyclin binding / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Wnt signaling pathway / G1/S transition of mitotic cell cycle / Cyclin D associated events in G1 / kinase activity / regulation of protein localization / regulation of gene expression / cell population proliferation / protein phosphorylation / cell division / protein serine kinase activity / DNA damage response / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain ...Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / : / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1QK / Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme / G1/S-specific cyclin-E1 / Cyclin-dependent kinase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Gui, W. / Wang, F. / Cheng, W. / Gao, J. / Huang, Y. / Ouyang, Z.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2023
タイトル: Structural basis of CDK3 activation by cyclin E1 and inhibition by dinaciclib.
著者: Gui, W. / Hang, Y. / Cheng, W. / Gao, M. / Wu, J. / Ouyang, Z.
履歴
登録2022年10月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_contact_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_contact_author.email / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22024年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme,Cyclin-dependent kinase 3
B: G1/S-specific cyclin-E1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,84812
ポリマ－97,4952
非ポリマー1,35310
水4,918273
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5470 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area23230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.027, 155.027, 76.788
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme,Cyclin-dependent kinase 3 / GST 26 / Sj26 antigen / SjGST / Cell division protein kinase 3


分子量: 61776.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: CDK3, CDKN3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P08515, UniProt: Q00526, glutathione transferase, cyclin-dependent kinase
#2: タンパク質 G1/S-specific cyclin-E1


分子量: 35718.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNE1, CCNE
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P24864

-
非ポリマー , 5種, 283分子

#3: 化合物 ChemComp-1QK / 3-[({3-ethyl-5-[(2S)-2-(2-hydroxyethyl)piperidin-1-yl]pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl}amino)methyl]-1-hydroxypyridinium / DINACICLIB


分子量: 397.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.6M MgSO4, 0.1M MES pH 6.60

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→44.75 Å / Num. obs: 27244 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.976 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3956 / CC1/2: 0.577 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.75→42.371 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / WRfactor Rfree: 0.223 / WRfactor Rwork: 0.161 / SU B: 9.316 / SU ML: 0.179 / Average fsc free: 0.9638 / Average fsc work: 0.9798 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.409 / ESU R Free: 0.274 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2234 1385 5.085 %
Rwork0.1614 25852 -
all0.164 --
obs-27237 98.846 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 35.299 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.571 Å20.285 Å20 Å2
2--0.571 Å2-0 Å2
3----1.851 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→42.371 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4577 0 83 273 4933
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0124778
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0164460
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1291.6456480
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3611.56110394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7785564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.838527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.84910851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg12.6410211
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.2724
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025229
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02937
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.21049
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1910.24339
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.22354
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0760.22492
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2163
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0410.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1620.211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1560.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.130.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.2733.4952250
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.2733.4952250
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.9395.2292810
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.9395.2312811
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.8654.1052528
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.8644.1062529
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.185.9063668
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.1795.9073669
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it14.22767.44420132
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other14.2467.41919984
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.75-2.8210.279850.26919120.2720170.9390.95299.00840.269
2.821-2.8980.2871060.22918370.23219610.950.96699.08210.229
2.898-2.9820.31090.22217950.22619250.9380.96798.90910.222
2.982-3.0730.298850.20117350.20518470.9360.97398.53820.201
3.073-3.1730.218980.18516670.18717880.970.97898.71360.185
3.173-3.2840.2791020.1816350.18617440.9520.9899.59860.18
3.284-3.4070.198890.16415850.16616880.9750.98499.17060.164
3.407-3.5450.2880.15615250.15916180.9740.98699.6910.156
3.545-3.7020.216680.14514930.14815640.9710.98799.80820.145
3.702-3.8810.243610.14414180.14814830.9660.98799.73030.144
3.881-4.0890.177710.12613430.12814240.9810.9999.29780.126
4.089-4.3340.19900.1212490.12413500.9780.99199.18520.12
4.334-4.630.13480.10812010.10912610.9910.99399.04840.108
4.63-4.9960.186610.11911210.12211910.980.99299.24430.119
4.996-5.4660.187520.14310160.14510930.9810.98897.71270.143
5.466-6.0980.266460.1659190.1699830.9620.98498.16890.165
6.098-7.0170.223420.1768380.1798950.9750.98198.3240.176
7.017-8.5360.207450.156800.1537480.9760.98696.92510.15
8.536-11.8340.217170.1215680.1235970.9670.99197.990.121
11.834-42.3710.257220.223150.2223690.9590.97291.32790.22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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