PDB-8h4q: Aspergillomarasmine A biosynthese complex with OPS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8h4q

タイトル

Aspergillomarasmine A biosynthese complex with OPS

要素

Rhodanese domain-containing protein

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Aspergillomarasmine A biosynthese

機能・相同性

機能・相同性情報

Rhodanese Homology Domain / : / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Pyrenophora teres f. teres 0-1 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.22 Å

データ登録者

Lu, M. / Zhang, J. / Wang, Z. / Han, L.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Adv.Synth.Catal. / 年: 2024
タイトル: Investigation of AMA Synthase from Pyrenophora teres f. teres 0-1 for the Synthesis of Aspergillomarasmine A Analogues and Non-Canonical Amino Acids
著者: Zhu, Z. / Ma, Y. / Xie, X. / Wang, Z. / Han, L. / Song, J. / Liang, Y. / Poelarends, G.J. / Chen, Y. / Lu, M. / Zhang, J.

履歴

登録	2022年10月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2023年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月30日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8h4q.cif.gz	381.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8h4q.ent.gz	316.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8h4q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/8h4q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/8h4q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8h4hC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

N: Rhodanese domain-containing protein

A: Rhodanese domain-containing protein

ヘテロ分子

116 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

N: Rhodanese domain-containing protein

A: Rhodanese domain-containing protein

ヘテロ分子

N: Rhodanese domain-containing protein

A: Rhodanese domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
233 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.125, 264.071, 163.897
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Rhodanese domain-containing protein 分子量: 57840.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pyrenophora teres f. teres 0-1 (菌類) 遺伝子: PTT_12124 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E3RT21
#2: 化合物	ChemComp-P1T / 2-[({3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYL)AMINO]ACRYLIC ACID 分子量: 318.220 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₅N₂O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M sodium acetate, 1.8M sodium formate / PH範囲: 5.0-5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→102.82 Å / Num. obs: 147718 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.3 % / B_iso Wilson estimate: 54.65 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 22.4
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 5281 / CC_1/2: 0.85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX	1.19.2_4158	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.22→24.19 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.233	3805	2.58 %
R_work	0.2155	143911	-
obs	0.216	147716	99.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 161.96 Å² / B_iso min: 45.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.22→24.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7486	0	42	11	7539
B_iso mean	-	-	66.25	67.23	-
残基数	-	-	-	-	969

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.22-2.24	0.4804	129		4995	93
2.24-2.27	0.4615	136	0.4468	5323	100
2.27-2.3	0.4612	143	0.4415	5349	100
2.3-2.34	0.4214	141	0.4185	5345	100
2.34-2.37	0.4416	141	0.4111	5366	100
2.37-2.41	0.4042	140	0.392	5332	100
2.41-2.45	0.3386	145		5351	100
2.45-2.49	0.3496	138	0.3441	5334	100
2.49-2.54	0.3288	142		5362	100
2.54-2.58	0.368	137	0.3388	5324	100
2.58-2.64	0.3557	145	0.3254	5372	100
2.64-2.69	0.3328	143	0.3064	5288	100
2.69-2.76	0.3074	139	0.2907	5349	100
2.76-2.83	0.3485	142	0.2935	5321	100
2.83-2.9	0.3009	144	0.2748	5314	100
2.9-2.99	0.3654	143	0.2631	5413	100
2.99-3.08	0.2846	143	0.2696	5311	100
3.08-3.19	0.3348	141	0.2487	5356	100
3.19-3.32	0.2197	140		5339	100
3.32-3.47	0.2625	143	0.2229	5310	100
3.47-3.65	0.2054	142		5342	100
3.65-3.88	0.2503	141	0.1878	5406	100
3.88-4.18	0.1847	143	0.1736	5344	100
4.18-4.6	0.1509	134		5327	100
4.6-5.26	0.1799	143	0.1565	5358	100
5.26-6.6	0.1846	140	0.1711	5336	100
6.6-24.19	0.1523	147	0.1421	5344	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6231	-0.1957	0.0628	1.4923	0.0563	4.107	0.0685	-0.1255	-0.0777	0.305	0.0666	0.1077	0.0114	-0.2976	-0.1238	0.5398	-0.0172	-0.0297	0.6412	0.0348	0.595	-3.808	-79.07	-26.847
2	1.8252	0.5558	-1.0156	1.6232	-0.9295	1.6902	0.3346	-0.1788	0.0687	0.1612	-0.1897	-0.0681	-0.4168	0.1171	-0.1387	0.9125	-0.0585	0.1768	0.7299	-0.0548	0.693	14.838	-46.929	-72.361
3	2.1468	0.4872	-0.4307	0.2349	-0.0858	1.5413	0.0116	-0.0107	0.0569	-0.0306	0.0518	0.0226	-0.5091	0.0776	-0.0295	0.8462	-0.0466	-0.059	0.6167	0.0064	0.8936	5.354	19.1	-44.369
4	1.501	0.2718	-0.668	2.0386	0.4464	1.3738	0.0049	0.465	0.0506	-0.4508	-0.0083	0.0957	0.014	-0.1225	-0.0045	0.7393	0.034	-0.0918	0.777	0.0071	0.7516	-4.222	2.981	-62.041
5	1.2232	-0.2731	-0.4341	0.866	-0.5013	1.1026	0.1273	0.1905	0.1782	-0.31	-0.0801	-0.1715	-0.2077	0.1179	-0.0697	0.8928	-0.0695	-0.0147	0.6605	0.0334	0.8721	13.536	14.687	-58.158
6	0.2361	0.3043	0.3171	0.7066	0.6371	0.7485	-0.043	0.0107	-0.0523	-0.3036	0.0589	-0.1417	-0.297	0.2295	0.012	0.7093	-0.0646	-0.0148	0.7651	0.0374	0.8342	21.365	10.369	-48.922
7	0.7094	0.8583	-0.6077	0.9117	-0.719	1.3017	0.0391	-0.106	0.1238	-0.0783	0.0286	0.1233	0.1403	0.0091	-0.0722	0.7225	-0.0058	-0.052	0.6411	0.0328	0.7837	3.13	-5.193	-30.874
8	1.1186	-0.0527	-0.6482	2.0647	-1.1061	2.6364	-0.0848	0.0172	-0.1508	-0.0474	-0.0666	0.2702	0.2452	0.0343	0.1443	0.8422	-0.0165	-0.0146	0.7268	0.0117	0.8337	-12.029	-24.233	-10.563
9	1.2164	0.1405	0.1589	0.9576	0.3075	1.7251	-0.0507	-0.4651	0.1747	0.2536	-0.0681	0.1306	-0.4373	0.0467	0.0986	0.9918	-0.0673	-0.013	0.9391	-0.0655	0.9092	-16.401	-20.629	0.007

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN N AND RESID 1:340 )	N	1 - 340
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN N AND RESID 341:488 )	N	341 - 488
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 3:59 )	A	3 - 59
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 60:168 )	A	60 - 168
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 169:244 )	A	169 - 244
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 245:308 )	A	245 - 308
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 309:360 )	A	309 - 360
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 361:461 )	A	361 - 461
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 462:491 )	A	462 - 491

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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