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万見
- PDB-8h4p: class I sesquiterpene synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h4p
タイトルclass I sesquiterpene synthase
要素Longiborneol synthase CLM1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / class I sesquiterpene synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon-oxygen lyase activity, acting on phosphates / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; リン酸基の付加脱離 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Trichodiene synthase / Trichodiene synthase (TRI5) / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
N-benzyl-N,N-diethylethanaminium / PYROPHOSPHATE / Longiborneol synthase CLM1
類似検索 - 構成要素
生物種Gibberella zeae (ムギノアカカビ病菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Li, A.N. / Lou, T.T. / Ma, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22077007, 21877002 中国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023
タイトル: Structural Insights into Three Sesquiterpene Synthases for the Biosynthesis of Tricyclic Sesquiterpenes and Chemical Space Expansion by Structure-Based Mutagenesis.
著者: Lou, T. / Li, A. / Xu, H. / Pan, J. / Xing, B. / Wu, R. / Dickschat, J.S. / Yang, D. / Ma, M.
履歴
登録2022年10月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Longiborneol synthase CLM1
B: Longiborneol synthase CLM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,78712
ポリマ－77,9002
非ポリマー88610
水16,844935
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6400 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area22940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.704, 59.416, 83.548
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.330, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Longiborneol synthase CLM1 / Culmorin biosynthesis protein 1 / Terpene cyclase CLM1


分子量: 38950.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gibberella zeae (strain ATCC MYA-4620 / CBS 123657 / FGSC 9075 / NRRL 31084 / PH-1) (ムギノアカカビ病菌)
株: ATCC MYA-4620 / CBS 123657 / FGSC 9075 / NRRL 31084 / PH-1
遺伝子: CLM1, FG10397, FGRAMPH1_01T07999 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: I1S104, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; リン酸基の付加脱離
#2: 化合物 ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE / ピロりん酸


分子量: 177.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-BTM / N-benzyl-N,N-diethylethanaminium / ベンジルトリエチルアミニウム


分子量: 192.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H22N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 935 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.13 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS, pH 7.0, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→30 Å / Num. obs: 124613 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 6.92
反射 シェル解像度: 1.47→1.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.225 / Num. unique obs: 6111

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AF predict model

解像度: 1.47→24.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 0.945 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1975 6194 5 %RANDOM
Rwork0.1708 ---
obs0.1722 118394 98.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 48.97 Å2 / Biso mean: 10.656 Å2 / Biso min: 3.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20 Å21.05 Å2
2---0.42 Å20 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.47→24.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5224 0 52 935 6211
Biso mean--11.79 21.48 -
残基数----652
LS精密化 シェル解像度: 1.471→1.509 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 440 -
Rwork0.187 8378 -
all-8818 -
obs--95.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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