PDB-8h4h: The apo structure of Aspergillomarasmine A synthetase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8h4h

タイトル

The apo structure of Aspergillomarasmine A synthetase

要素

Rhodanese domain-containing protein

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / synthase / PLP-dependent enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Pyrenophora teres f. teres 0-1 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Lu, M. / Zhang, J. / Wang, Z. / Han, L.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The apo structure of Aspergillomarasmine A synthetase at 2.3 Angstroms resolution
著者: Lu, M. / Zhang, J. / Wang, Z. / Han, L.

履歴

登録	2022年10月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2023年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8h4h.cif.gz	372.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8h4h.ent.gz	306 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8h4h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8h4h_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8h4h_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8h4h_validation.xml.gz	33.3 KB	表示
CIF形式データ	8h4h_validation.cif.gz	45.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/8h4h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/8h4h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

N: Rhodanese domain-containing protein

A: Rhodanese domain-containing protein

ヘテロ分子

118 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

N: Rhodanese domain-containing protein

A: Rhodanese domain-containing protein

ヘテロ分子

N: Rhodanese domain-containing protein

A: Rhodanese domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
236 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.890, 264.099, 163.368
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Rhodanese domain-containing protein 分子量: 58669.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pyrenophora teres f. teres 0-1 (菌類) 遺伝子: PTT_12124 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E3RT21
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, 1.8 M sodium formate / PH範囲: 5.0-5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→81.68 Å / Num. obs: 132471 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 52 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.6
反射シェル	解像度: 2.3→2.36 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 5035 / CC_1/2: 0.862

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS	2.3.0.20200229	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHENIX	1.19.2_4158	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→81.68 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 38.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2603	3305	2.49 %
R_work	0.2399	129166	-
obs	0.2405	132471	99.23 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 162.9 Å² / B_iso mean: 77.6889 Å² / B_iso min: 45.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→81.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7408	0	30	28	7466
B_iso mean	-	-	78.78	81.61	-
残基数	-	-	-	-	959

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3-2.33	0.5207	141	0.4577	5364	5505	99
2.33-2.37	0.4696	140	0.4407	5392	5532	99
2.37-2.4	0.4641	135	0.4044	5416	5551	100
2.4-2.44	0.3946	139	0.3886	5393	5532	99
2.44-2.49	0.401	135	0.3774	5428	5563	100
2.49-2.53	0.3859	134	0.3586	5355	5489	100
2.53-2.58	0.3958	135	0.3639	5411	5546	99
2.58-2.63	0.4068	141	0.3433	5409	5550	100
2.63-2.69	0.3118	138	0.3285	5362	5500	99
2.69-2.75	0.3371	138	0.3134	5371	5509	99
2.75-2.82	0.3647	133	0.315	5391	5524	99
2.82-2.9	0.4008	141	0.3072	5409	5550	100
2.9-2.98	0.3983	138	0.2907	5421	5559	100
2.98-3.08	0.3401	134	0.2835	5365	5499	100
3.08-3.19	0.287	142	0.2877	5421	5563	99
3.19-3.32	0.2844	136	0.2626	5350	5486	99
3.32-3.47	0.2278	141	0.2441	5419	5560	100
3.47-3.65	0.3059	139	0.245	5395	5534	100
3.65-3.88	0.2162	136	0.2313	5415	5551	99
3.88-4.18	0.2135	137	0.1974	5314	5451	98
4.18-4.6	0.1685	142	0.1804	5391	5533	99
4.6-5.27	0.2118	135	0.1821	5390	5525	99
5.27-6.63	0.2242	139	0.2035	5372	5511	99
6.63-81.68	0.194	136	0.1694	5212	5348	96

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 1.8259 Å / Origin y: -34.7161 Å / Origin z: -40.5349 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.507 Å²	-0.0085 Å²	-0.0152 Å²	-	0.5767 Å²	0.0023 Å²	-	-	0.5282 Å²
L	0.069 °²	0.0277 °²	0.0484 °²	-	0.8071 °²	0.0629 °²	-	-	0.0133 °²
S	-0.0257 Å °	-0.0131 Å °	0.0612 Å °	-0.0507 Å °	0.0109 Å °	-0.0089 Å °	-0.0445 Å °	-0.0173 Å °	0.016 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	N	2 - 487
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	4 - 486
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	2 - 3
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 48

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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