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- PDB-8h4h: The apo structure of Aspergillomarasmine A synthetase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h4h
タイトルThe apo structure of Aspergillomarasmine A synthetase
要素Rhodanese domain-containing protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / synthase / PLP-dependent enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


Rhodanese Homology Domain / : / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
Rhodanese domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrenophora teres f. teres 0-1 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lu, M. / Zhang, J. / Wang, Z. / Han, L.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82003627 中国
National Science Foundation (NSF, China)BK20200565 中国
引用ジャーナル: Adv.Synth.Catal. / 年: 2024
タイトル: Investigation of AMA Synthase from Pyrenophora teres f. teres 0-1 for the Synthesis of Aspergillomarasmine A Analogues and Non-Canonical Amino Acids
著者: Zhu, Z. / Ma, Y. / Xie, X. / Wang, Z. / Han, L. / Song, J. / Liang, Y. / Poelarends, G.J. / Chen, Y. / Lu, M. / Zhang, J.
履歴
登録2022年10月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02025年4月30日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / struct_asym / struct_conf / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
N: Rhodanese domain-containing protein
A: Rhodanese domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,7962
ポリマ－117,7962
非ポリマー00
水50428
1
N: Rhodanese domain-containing protein
A: Rhodanese domain-containing protein

N: Rhodanese domain-containing protein
A: Rhodanese domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,5914
ポリマ－235,5914
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)71.890, 264.099, 163.368
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Rhodanese domain-containing protein


分子量: 58897.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrenophora teres f. teres 0-1 (菌類)
遺伝子: PTT_12124 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E3RT21
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, 1.8 M sodium formate / PH範囲: 5.0-5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→81.68 Å / Num. obs: 132471 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 52 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 5035 / CC1/2: 0.862

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDS2.3.0.20200229データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→81.68 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 38.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2603 3305 2.49 %
Rwork0.2399 129166 -
obs0.2405 132471 99.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 162.9 Å2 / Biso mean: 77.6889 Å2 / Biso min: 45.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→81.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7408 0 30 28 7466
Biso mean--78.78 81.61 -
残基数----959
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.330.52071410.45775364550599
2.33-2.370.46961400.44075392553299
2.37-2.40.46411350.404454165551100
2.4-2.440.39461390.38865393553299
2.44-2.490.4011350.377454285563100
2.49-2.530.38591340.358653555489100
2.53-2.580.39581350.36395411554699
2.58-2.630.40681410.343354095550100
2.63-2.690.31181380.32855362550099
2.69-2.750.33711380.31345371550999
2.75-2.820.36471330.3155391552499
2.82-2.90.40081410.307254095550100
2.9-2.980.39831380.290754215559100
2.98-3.080.34011340.283553655499100
3.08-3.190.2871420.28775421556399
3.19-3.320.28441360.26265350548699
3.32-3.470.22781410.244154195560100
3.47-3.650.30591390.24553955534100
3.65-3.880.21621360.23135415555199
3.88-4.180.21351370.19745314545198
4.18-4.60.16851420.18045391553399
4.6-5.270.21181350.18215390552599
5.27-6.630.22421390.20355372551199
6.63-81.680.1941360.16945212534896
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.8259 Å / Origin y: -34.7161 Å / Origin z: -40.5349 Å
111213212223313233
T0.507 Å2-0.0085 Å2-0.0152 Å2-0.5767 Å20.0023 Å2--0.5282 Å2
L0.069 °20.0277 °20.0484 °2-0.8071 °20.0629 °2--0.0133 °2
S-0.0257 Å °-0.0131 Å °0.0612 Å °-0.0507 Å °0.0109 Å °-0.0089 Å °-0.0445 Å °-0.0173 Å °0.016 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allN2 - 487
2X-RAY DIFFRACTION1allA4 - 486
3X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 3
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 48

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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