PDB-8h4f: Blasnase-T13A/P55F with D-asn

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8h4f

タイトル

Blasnase-T13A/P55F with D-asn

要素

L-asparaginase

キーワード

HYDROLASE / Mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

asparagine metabolic process / asparaginase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus paralicheniformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Lu, F. / Wang, W. / Chi, H. / Ran, T.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure-based rational design of Bacillus licheniformis L-asparaginase with low/no D-asparaginase activity for a safer enzyme
著者: Lu, F. / Wang, W. / Chi, H. / Ran, T.

履歴

登録	2022年10月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8h4f.cif.gz	149.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8h4f.ent.gz	113.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8h4f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8h4f_validation.pdf.gz	464.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8h4f_full_validation.pdf.gz	471.1 KB	表示
XML形式データ	8h4f_validation.xml.gz	28.9 KB	表示
CIF形式データ	8h4f_validation.cif.gz	42.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/8h4f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/8h4f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8h44C 8h45C 8h46C 8h47C 8h48C 8h49C 8h4aC 8h4bC 8h4cC 8h4dC 8h4eC 8h4gC 7c8xS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-asparaginase

B: L-asparaginase

ヘテロ分子

73.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L-asparaginase

B: L-asparaginase

ヘテロ分子

A: L-asparaginase

B: L-asparaginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
147 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.443, 92.443, 231.509
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-526- HOH
2	1	B-547- HOH

#1: タンパク質	L-asparaginase 分子量: 36290.113 Da / 分子数: 2 / 変異: T13A, P55F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus paralicheniformis (バクテリア) 遺伝子: B4121_3474 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6I7U6Y2
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-DSG / D-ASPARAGINE / D-アスパラギンタイプ: D-peptide linking / 分子量: 132.118 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₈N₂O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 451 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.9 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: sodium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→19.97 Å / Num. obs: 86412 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20 % / CC_1/2: 1 / R_pim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 23.6
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / Num. unique obs: 4499 / CC_1/2: 0.538 / R_pim(I) all: 0.68

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	v1.16	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7C8X

7c8x

解像度: 1.9→19.82 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2113	3880	-
R_work	0.1914	-	-
obs	-	86294	99.86 %

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4974	0	43	451	5468

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0105	5104
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0795	6897
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0717	770
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0073	896
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.6001	3012

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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