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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8h45 | ||||||
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タイトル | Blasnase-T13A/P55N | ||||||
![]() | L-asparaginase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Mutant | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lu, F. / Wang, W. / Chi, H. / Ran, T. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure-based rational design of Bacillus licheniformis L-asparaginase with low/no D-asparaginase activity for a safer enzyme 著者: Lu, F. / Wang, W. / Chi, H. / Ran, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 146.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 111.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8h44C ![]() 8h46C ![]() 8h47C ![]() 8h48C ![]() 8h49C ![]() 8h4aC ![]() 8h4bC ![]() 8h4cC ![]() 8h4dC ![]() 8h4eC ![]() 8h4fC ![]() 8h4gC ![]() 7c8xS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36395.188 Da / 分子数: 2 / 変異: T13A, P55N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: B4121_3474 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-FMT / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.79 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: sodium formate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年10月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.97→19.95 Å / Num. obs: 71787 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 25.6 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 17.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.97→2.01 Å / Num. unique obs: 4561 / CC1/2: 0.431 / Rpim(I) all: 0.636 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7C8X 解像度: 1.97→19.83 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 42.39 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.97→19.83 Å
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拘束条件 |
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