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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8h41 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a decarboxylase from Trichosporon moniliiforme in complex with o-nitrophenol | ||||||
要素 | Salicylate decarboxylaseサリチル酸デカルボキシラーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / decarboxylase (脱炭酸酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Cutaneotrichosporon moniliiforme (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å | ||||||
データ登録者 | Gao, J. / Zhao, Y.P. / Li, Q. / Liu, W.D. / Sheng, X. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Catalysts / 年: 2022 タイトル: A Combined Computational-Experimental Study on the Substrate Binding and Reaction Mechanism of Salicylic Acid Decarboxylase 著者: Chen, F. / Zhao, Y. / Zhang, C. / Wang, W. / Gao, J. / Li, Q. / Qin, H. / Dai, Y. / Liu, W. / Liu, F. / Su, H. / Sheng, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8h41.cif.gz | 174.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8h41.ent.gz | 133.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8h41.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/8h41 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/8h41 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6jqwS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40986.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Cutaneotrichosporon moniliiforme (菌類) 遺伝子: sdc / プラスミド: pQE80L / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P0CT50, サリチル酸デカルボキシラーゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.37 % / Mosaicity: 1.247 ° |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% w/v Poly(acrylic acid sodium salt) 5100, 0.02 M MgCl2, 0.1 M HEPES pH 7.5, 10% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月20日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.78→30 Å / Num. obs: 64395 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 17.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.102 / Χ2: 1.873 / Net I/σ(I): 12.9 / Num. measured all: 382838 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6JQW 解像度: 1.78→29.93 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.47 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 55.92 Å2 / Biso mean: 19.0955 Å2 / Biso min: 7.28 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.78→29.93 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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