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- PDB-8h41: Crystal structure of a decarboxylase from Trichosporon moniliifor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h41
タイトルCrystal structure of a decarboxylase from Trichosporon moniliiforme in complex with o-nitrophenol
要素Salicylate decarboxylase
キーワードHYDROLASE / decarboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


salicylate decarboxylase / secondary metabolic process / carboxy-lyase activity / hydrolase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase / Amidohydrolase / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
O-NITROPHENOL / Salicylate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Cutaneotrichosporon moniliiforme (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Gao, J. / Zhao, Y.P. / Li, Q. / Liu, W.D. / Sheng, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Catalysts / 年: 2022
タイトル: A Combined Computational-Experimental Study on the Substrate Binding and Reaction Mechanism of Salicylic Acid Decarboxylase
著者: Chen, F. / Zhao, Y. / Zhang, C. / Wang, W. / Gao, J. / Li, Q. / Qin, H. / Dai, Y. / Liu, W. / Liu, F. / Su, H. / Sheng, X.
履歴
登録2022年10月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Salicylate decarboxylase
B: Salicylate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,2996
ポリマ－81,9722
非ポリマー3274
水14,826823
1
A: Salicylate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1493
ポリマ－40,9861
非ポリマー1632
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area14500 Å2
手法PISA
2
B: Salicylate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1493
ポリマ－40,9861
非ポリマー1632
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area14960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.916, 92.310, 128.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21(chain B and (resid -1 through 350 or resid 402))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYALAALAchain AAA-1 - 3507 - 358
21GLYGLYALAALA(chain B and (resid -1 through 350 or resid 402))BB-1 - 3507 - 358
22MGMGMGMG(chain B and (resid -1 through 350 or resid 402))BF402

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要素

#1: タンパク質 Salicylate decarboxylase / Salicylic acid decarboxylase


分子量: 40986.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cutaneotrichosporon moniliiforme (菌類)
遺伝子: sdc / プラスミド: pQE80L / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CT50, salicylate decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-OPO / O-NITROPHENOL


分子量: 139.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 823 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.37 % / Mosaicity: 1.247 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% w/v Poly(acrylic acid sodium salt) 5100, 0.02 M MgCl2, 0.1 M HEPES pH 7.5, 10% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月20日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→30 Å / Num. obs: 64395 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 17.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.102 / Χ2: 1.873 / Net I/σ(I): 12.9 / Num. measured all: 382838
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.78-1.8460.59662040.7390.2610.6521.1493.9
1.84-1.926.10.44462600.8620.1920.4851.26294.3
1.92-26.10.33162640.9220.1430.3611.46994.9
2-2.1160.23763470.9590.1040.2591.67495.8
2.11-2.2460.18163840.9750.080.1991.88196.2
2.24-2.425.90.13664350.9850.060.1491.9996.7
2.42-2.665.80.10365270.9910.0460.1132.16397.7
2.66-3.045.80.07565390.9950.0340.0832.34597.2
3.04-3.835.70.05165740.9970.0230.0562.52497.1
3.83-3060.03868610.9980.0170.0422.26697.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JQW

6jqw


解像度: 1.78→29.93 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.194 3212 5 %
Rwork0.1657 61027 -
obs0.1671 64239 96.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 55.92 Å2 / Biso mean: 19.0955 Å2 / Biso min: 7.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.78→29.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5720 0 22 823 6565
Biso mean--18.62 28.47 -
残基数----709
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2138X-RAY DIFFRACTION3.379TORSIONAL
12B2138X-RAY DIFFRACTION3.379TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.78-1.840.27893090.22935858616793
1.84-1.920.23723110.19145920623194
1.92-20.22233140.18295968628295
2-2.110.21233160.17286006632296
2.11-2.240.20593180.16346042636096
2.24-2.420.1983220.17076115643797
2.42-2.660.20393260.16346193651998
2.66-3.040.19983260.16226195652197
3.04-3.830.17033290.15276245657497
3.83-29.930.16463410.15566485682697

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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