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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8h2t | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of IadD/E dioxygenase bound with IAA | |||||||||
要素 |
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キーワード | FLAVOPROTEIN / heterohexamer / dioxygenase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3-phenylpropionate catabolic process / dioxygenase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / iron ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Variovorax paradoxus (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.59 Å | |||||||||
データ登録者 | Yu, G. / Li, Z. / Zhang, H. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2023 タイトル: Structural and biochemical characterization of the key components of an auxin degradation operon from the rhizosphere bacterium Variovorax. 著者: Yongjian Ma / Xuzichao Li / Feng Wang / Lingling Zhang / Shengmin Zhou / Xing Che / Dehao Yu / Xiang Liu / Zhuang Li / Huabing Sun / Guimei Yu / Heng Zhang / 要旨: Plant-associated bacteria play important regulatory roles in modulating plant hormone auxin levels, affecting the growth and yields of crops. A conserved auxin degradation (iad) operon was recently ...Plant-associated bacteria play important regulatory roles in modulating plant hormone auxin levels, affecting the growth and yields of crops. A conserved auxin degradation (iad) operon was recently identified in the Variovorax genomes, which is responsible for root growth inhibition (RGI) reversion, promoting rhizosphere colonization and root growth. However, the molecular mechanism underlying auxin degradation by Variovorax remains unclear. Here, we systematically screened Variovorax iad operon products and identified 2 proteins, IadK2 and IadD, that directly associate with auxin indole-3-acetic acid (IAA). Further biochemical and structural studies revealed that IadK2 is a highly IAA-specific ATP-binding cassette (ABC) transporter solute-binding protein (SBP), likely involved in IAA uptake. IadD interacts with IadE to form a functional Rieske non-heme dioxygenase, which works in concert with a FMN-type reductase encoded by gene iadC to transform IAA into the biologically inactive 2-oxindole-3-acetic acid (oxIAA), representing a new bacterial pathway for IAA inactivation/degradation. Importantly, incorporation of a minimum set of iadC/D/E genes could enable IAA transformation by Escherichia coli, suggesting a promising strategy for repurposing the iad operon for IAA regulation. Together, our study identifies the key components and underlying mechanisms involved in IAA transformation by Variovorax and brings new insights into the bacterial turnover of plant hormones, which would provide the basis for potential applications in rhizosphere optimization and ecological agriculture. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8h2t.cif.gz | 358.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8h2t.ent.gz | 290.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8h2t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8h2t_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8h2t_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8h2t_validation.xml.gz | 58.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8h2t_validation.cif.gz | 87.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/8h2t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/8h2t | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 34443MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49656.898 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Variovorax paradoxus (バクテリア) 株: S110 / 遺伝子: Vapar_1493 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C5CSP6 #2: タンパク質 | 分子量: 18952.352 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Variovorax paradoxus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C5CSP7 #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: enzyme complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Variovorax paradoxus (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: No further treatment. |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL CRYO ARM 300 |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2449056 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1000245 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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