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- PDB-8h2m: gp96 RNA polymerase from P23-45 phage (crystal 1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h2m
タイトルgp96 RNA polymerase from P23-45 phage (crystal 1)
要素Tape tail measure protein
キーワードTRANSCRIPTION / RNA polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


metalloendopeptidase activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Peptidase M23 / Peptidase family M23 / Duplicated hybrid motif / PUA domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Tape tail measure protein
類似検索 - 構成要素
生物種Oshimavirus P2345 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Chaban, A. / Sokolova, M.L. / Tagami, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H01328, 22H01346 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Tail-tape-fused virion and non-virion RNA polymerases of a thermophilic virus with an extremely long tail.
著者: Chaban, A. / Minakhin, L. / Goldobina, E. / Bae, B. / Hao, Y. / Borukhov, S. / Putzeys, L. / Boon, M. / Kabinger, F. / Lavigne, R. / Makarova, K.S. / Koonin, E.V. / Nair, S.K. / Tagami, S. / ...著者: Chaban, A. / Minakhin, L. / Goldobina, E. / Bae, B. / Hao, Y. / Borukhov, S. / Putzeys, L. / Boon, M. / Kabinger, F. / Lavigne, R. / Makarova, K.S. / Koonin, E.V. / Nair, S.K. / Tagami, S. / Severinov, K. / Sokolova, M.L.
履歴
登録2022年10月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ref
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.22024年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tape tail measure protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,9941
ポリマ－134,9941
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)137.780, 137.780, 135.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: タンパク質 Tape tail measure protein


分子量: 134994.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GB YP_001467949.1 / 由来: (組換発現) Oshimavirus P2345 (ウイルス) / 遺伝子: P23p96 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7XXD0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 1000, 100 mM Tris-HCl buffer (pH 9.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.08→40.96 Å / Num. obs: 46152 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 86.9 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 3.08→3.27 Å / 冗長度: 76.5 % / Num. unique obs: 7612 / CC1/2: 0.475 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.08→40.96 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 26.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2538 3745 8.12 %
Rwork0.2051 42355 -
obs0.2091 46100 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 167.2 Å2 / Biso mean: 79.0407 Å2 / Biso min: 32.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.08→40.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5933 0 0 0 5933
残基数----754
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.08-3.120.39381390.363715711710100
3.12-3.160.39741390.347615921731100
3.16-3.20.3381360.355315971733100
3.2-3.250.38391380.330815301668100
3.25-3.30.36371460.263815781724100
3.3-3.350.32261450.250215461691100
3.35-3.40.29911310.243715751706100
3.4-3.460.34471530.23415651718100
3.46-3.530.29451280.225915691697100
3.53-3.590.24371490.213615441693100
3.59-3.670.28631420.21415791721100
3.67-3.750.31231340.209615731707100
3.75-3.830.29621260.208715981724100
3.83-3.930.28311380.203815521690100
3.93-4.040.23771220.192715781700100
4.04-4.150.241470.177115671714100
4.15-4.290.23811360.168515711707100
4.29-4.440.21361380.156715601698100
4.44-4.620.18241330.145415861719100
4.62-4.830.21151400.157515571697100
4.83-5.080.22251470.146115581705100
5.08-5.40.19571480.173115651713100
5.4-5.820.24141350.187215601695100
5.82-6.40.22511510.225815621713100
6.4-7.320.28561340.227515761710100
7.32-9.20.20251430.20315701713100
9.21-40.960.26361270.22951576170399
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.2542 Å / Origin y: 46.7669 Å / Origin z: 74.0599 Å
111213212223313233
T0.442 Å2-0.0966 Å20.0334 Å2-0.5925 Å2-0.0797 Å2--0.4879 Å2
L0.4951 °2-0.4143 °20.165 °2-2.6291 °2-0.9166 °2--0.9688 °2
S0.1131 Å °-0.1215 Å °0.1972 Å °0.0646 Å °-0.0316 Å °0.0726 Å °-0.192 Å °0.2492 Å °-0.0807 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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